科研著作
:
[1] 2024年出版科普专著《AIGC+元宇宙/Web3.0 100问:洞悉数字经济时代的底层技术》入选CCF第五期“科普阅读推荐图书”(10部)
[2] 2023年出版 《AIGC+元宇宙/Web3.0 100问:洞悉数字经济时代的底层技术》,机械工业出版社;
[3] 2021 Blockchain for Big Data: AI, IoT and Cloud Perspectives, CRC Press;
[4] 2021年出版 《生物医药大数据与智能分析》,中国邮电出版社;
[5] 2021年出版 《医学预测学》,科学出版社;
[6] 2019年出版 《云计算与大数据技术理论及应用》,清华大学出版社;
[7] 2018年出版 《大数据导论》,高等教育出版社;
[8] 2013年出版 《大规模社会网络中影响最大化高效处理技术》,国防工业出版社;
[9] 2010年出版 《无线传感器网络中高效传输技术》,国防科技大学出版社。
发表论文:
[1] Yutao Dou, Wei Li, Yangtao Zheng, Xiaojun Yao, Huanxiang Liu, Albert Y.Zomaya and ShaoliangPeng*, Quick-MIMIC: A Multimodal DataExtraction Pipeline for MIMIC with Parallelization, Big Data Mining andAnalytics(中科院一区,IF 13.6)
[2] Wenwu Zeng, Yutao Dou, Liangrui Pan, Liwen Xu*, Shaoliang Peng*. Improving prediction performance of general protein language model by domain-adaptive pretraining on DNA-binding protein. Nature Communications, 2024. (中科院一区,top期刊)
[3] Boya Ji, Xiaoqi Wang, Debin Qiao, Liwen Xu*, Shaoliang Peng*. SpaCCC: Large language model-based cell-cell communication inference for spatially resolved transcriptomic data[J]. Big Data Mining and Analysis, 2024: 2024.02. 21.581369.中科院一区
[4] Xiaoqi Wang, Yuqi Wen, Yixin Zhang, Chong Dai, Yaning Yang, Xiaochen Bo, Song He, Shaoliang Peng*. A hierarchical attention network integrating multi-scale relationship for drugresponse prediction. Information Fusion,2024.(CCF A类期刊,IF18.6,通讯作者)
[5] Xiongjun Zhao, ZhengYu Liu, Fen Liu, Guanting Li, Yutao Dou, Shaoliang Peng*. Report-Concept Textual-Prompt Learning for Enhancing X-ray Diagnosis. ACM MM,2024.(CCF A类会议,通讯作者)
[6] Pronthep Pipitsunthonsan, Liangrui Pan, Shaoliang Peng, Thanate Khaorapapong, Sutkhet Nakasathien, Sittiporn Channumsin, Mitchai Chongcheawchamnan. Palm bunch grading technique using a multi-input and multi-label convolutional neural network. Computers and Electronics in Agriculture, 2023. (中科院一区,top期刊)
[7] Hong Wang, Chong Dai, Yuqi Wen, Xiaoqi Wang, Wenjuan Liu, Song He, Xiaochen Bo, Shaoliang Peng*. GADRP: graph convolutional networks and autoencoders for cancer drug response prediction. Briefings in Bioinformatics, 2023. (中科院一区,top期刊,通讯作者)
[8] Shaoliang Peng*, Wenxuan Bao, Hao Liu, Xia Xiao, Jiandong Shang, Lin Han, Shan Wang, Xiaolan Xie, Yang Xu. A Peer-to-Peer File Storage and Sharing System Based on Consortium Blockchain. Future Generation Computer Systems, 2023. (SCI 1区, top期刊, 第一作者、通讯作者)原文链接
[9] Xiaoqi Wang, Yingjie Cheng, Yaning Yang, Fei Li, Shaoliang Peng*. Multi-task Joint Strategies of Self-supervised Representation Learning on Biomedical Networks for Drug Discovery. Nature Machine Intelligence, 2023. 原文链接
[10] Xiaoxiao Cheng, Chong Dai, Yuqi Wen, Xiaoqi Wang, Song He, Xiaochen Bo, Shaoliang Peng*. NeRD: a multichannel neural network to predict cellular response of drugs by integrating multidimensional data. BMC Medicine, 2022. 原文链接
[11] Yaning Yang, Xiaoqi Wang, Deshan Zhou, Dong-Qing Wei, Shaoliang Peng*, SVPath: an accurate pipeline for predicting the pathogenicity of human exon structural variants, Briefings in Bioinformatics, 2022.
[12] Xiaoqi Wang, Yaning Yang, Kenli Li, Wentao Li, Fei Li, and Shaoliang Peng*. BioERP: biomedical heterogeneous network based self-supervised representation learning approach for entity relationship predictions. Bioinformatics, 2021.
[13] Deshan Zhou, Zhijian Xu, WenTao li, Xiaolan Xie & Shaoliang Peng*. MultiDTI: Drug-target interaction prediction based on multi-modal representation learning to bridge the gap between new chemical entities and known heterogeneous network. Bioinformatics, DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab473, 2021.原文链接.
[14] Xiaoqi Wang, Bin Xin, Weihong Tan, Zhijian Xu, Kenli Li, Fei Li, Wu Zhong & Shaoliang Peng*. DeepR2cov: deep representation learning on heterogeneous drug networks to discover anti-inflammatory agents for COVID-19. Briefings in Bioinformatics, 2021.DOI:10.1093/bib/bbab226 (SCI 1区, IF=11.62,通讯作者)原文链接.
[15] J Li, Y Li, W Li, H Luo, Y Xi, S Dong, M Gao, ... S Peng*, F Wu and W Yu. Guide Positioning Sequencingidentifies aberrant DNA methylation patterns that alter cell identity andtumor-immune surveillance networks. Genome Research. 2019, 29:270-280. (SCI一区, top期刊,IF=10.10,并列通讯作者)
[16] Zhang, Z.,Zhao, Y., Liao, X., Shi, W., Li, K., Zou, Q*., Peng, S.* Deep Learning in omics: a survey and guideline. Briefings in Functional Genomics, 2019,18(1):41–57.(ESI高被引论文,并列通讯作者)
[17] Shaoliang Peng* , Yingbo Cui , Shunyun Yang , Wenhe Su , Tenglilang Zhang , et al. A CPU/MIC Collaborated Parallel Framework for GROMACS on Tianhe-2 Supercomputer. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2019,16(2):425 - 433.(JCR一区,CCF B类,第一作者、通讯作者)
[18] Gaole An, Jiaqi Sun, Chao Ren, Zhangyi Ouyang, Lingyun Zhu, Xiaochen Bo, Shaoliang Peng*, Wenjie Shu. LIVE: a manually curated encyclopedia of experimentally validated interactions of lncRNAs. Database. 2019:1-6.(JCR一区,通讯作者)
[19] Bu, D., Peng, S.*, Luo, H., Li, X., Li, H., Sun, L., ... & Yi, Z. From big data to knowledge in precision medicine. Science. 2018:359(6375):P35-38.(并列第一作者)
[20] Guo, R., Zhao, Y., Zou Q., Fang X., & Peng, S.* Bioinformatics applications on Apache Spark. GigaScience. 2018,7(8):1-10.(SCI一区,top期刊,通讯作者)
[21] Cui, Y., Peng, S.*,Lu, Y., Zhu, X., Wang, B., Wu, C., & Liao, X. mSNP: A Massively Parallel Algorithm for Large-Scale SNP Detection. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems. 2018,29(11):2557-2567. (JCR一区,CCF A类,通讯作者)
[22] Peng, S., Lu, Y., Liao, X., Lu, K., Yang, C., ... & Wei, D. High-scalable Collaborated Parallel Framework for Large-scale Molecular Dynamic Simulation on Tianhe-2 Supercomputer. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018,13:1-1(JCR一区,CCF B类,第一作者、通讯作者)
[23] Dong, D., Su, W., Shi, W.,Zou, Q., & Peng, S.* (2018). VCSRA: A fast and accurate multiple sequence alignment algorithm with a high degree of parallelism. Journal of Genetics and Genomics. 2018,45(7): 407–410.(JCR一区,通讯作者)
[24] Peng, S., Yang, S.,Bo, X., & Li, F. paraGSEA: a scalable approach for large-scale gene expression profiling. Nucleic acids research. 2017,45(17),e155-e155(SCI一区,top期刊,IF=11.15,第一作者)
[25] Liao, X., Zhu,H., Li, K., Shi, B., & Peng, S.* A novel algorithm for detecting co-evolutionary domains in protein and nucleotide sequences. In 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine(BIBM) (pp. 56-61). (CCF B类会议,第一作者、并列通讯作者)
[26] Xiao, M., Li, J., Li, W.,Wang, Y., Wu, F., Xi, Y., ... & Peng, S. .MicroRNAs activategene transcription epigenetically as an enhancer trigger. RNAbiology. 2017,14(10),1326-1334(JCR一区,通讯作者).
[27] Peng, S. High performance computational biology and drug design on TianHe Supercomputers. In 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine(BIBM) (pp. 7-7).(CCF B类会议,第一作者、通讯作者).
[28] Peng, S., Lu, Y., Liao, X., Lu, K., Yang, C., ... & Wei, D. mAMBER:A CPU/MIC collaborated parallel framework for AMBER on Tianhe-2 supercomputer. In 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine(BIBM) (pp. 651-657). (CCF B类会议,第一作者).
[29] Liu, X., Li, M., Li, S., Peng,S*., Liao, X., & Lu, X. IMGPU: GPU-accelerated influence maximization in large-scale social networks. IEEE Transactions on Paralleland Distributed Systems. 2014,25(1):136-145.(JCR一区,CCF A类,并列通讯作者)
[30] Peng, S., Xing, G.,Li, S., Jia, W., & Peng, Y. Fast release/capture sampling inlarge-scale sensor networks. IEEE Transactions on Mobile Computing. 2012,11(8),1274-1286 (JCR一区,CCF A类,第一作者、通讯作者)
[31] Luo, R., Liu, B., Xie, Y.,Li, Z., Huang, W., Yuan, J., ... & Peng, S. SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler. Gigascience.2012, 1(1), 18.(ESI高被引论文,引用次数超过1943,SCI一区,top期刊)
发明
专利:
[1] 2024年授权 专利号ZL202210427451.8 一种基于生成式对抗网络的基因序列插补方法
[2] 2024年授权 专利号ZL202210391128.X基于图神经网络和自动编码器的抗癌药物敏感性预测方法
[3] 2024年授权 专利号ZL202210387736.3一种基于多分辨率重叠注意力机制的医学影像分割方法
[4] 2024年授权 专利号ZL202210274125.8基于改进蛋白质序列位置特异性矩阵的DNA结合蛋白识别方法
[5] 2024年授权 专利号ZL202210038022.1一种变异数据降维输入的驴种群自然选择分类系统
[6] 2024年授权 专利号2024100840934一种基于SGX的区块链联邦学习方法及系统
[7] 2024年授权 专利号2024100373388基于超算平台的医疗数据并行集成处理方法及系统
[8] 2024年授权 专利号202410010463X一种基于多视图学习的miRNA-疾病关联预测方法
[9] 2024年授权 专利号ZL202410010495X一种基于多视图注意力解读细胞间主要通讯组件的方法
[10] 2024年授权 专利号ZL2024100105416一种基于多源异构图学习的蛋白质相互作用预测方法
[11] 2024年授权 专利号ZL2024100768043一种基于图卷积网络的多模态生理信号分析方法
[12] 2024年授权 专利号ZL202210427451.8一种基于生成式对抗网络的基因序列插补方法
[13] 2024年授权 专利号ZL2024100840934一种基于SGX的区块链联邦学习方法及系统
[14] 2023年授权 专利号ZL202111044208.X基于卷积去噪自编码机的piRNA-疾病关联关系预测方法
[15] 2023年授权 专利号ZL202110446165.1基于神经网络的自然选择分类和群体规模变化分析系统
[16] 2023年授权 专利号ZL202110865026.2一种基于自监督图表征学习的药物重定位预测方法
[17] 2023年授权 专利号ZL202210746181.7一种基于隐私保护的药物相似性计算方法
[18] 2023年授权 专利号ZL202210551138.5一种基于联盟区块链的电子病历安全可控共享方法
[19] 2022年授权 专利号ZL202010803336.7一种基于深度学习的多方位X光胸片肺炎诊断方法
[20] 2022年授权 专利号ZL201910296276.1一种基于深度学习的基因表达谱距离度量方法
[21] 2022年授权 专利号ZL202011226195.3一种基于元路径和双向编码器的生物网络链接预测方法
[22] 2022年授权 专利号ZL202110321988.1一种基于多通路图卷积神经网络的药物靶标预测方法
[23] 2022年授权 专利号ZL202110898820.7一种基于VAE数据增强的CRISPR/Cas9脱靶预测方法
[24] 2022年授权 专利号ZL202010531562.4一种基于深度学习多源异构网络的药物重定位方法
[25] 2022年授权 专利号ZL201910506027.0一种基于高通量测序数据的溶源性噬菌体预测方法
[26] 2022年授权 专利号ZL202010288303.3一种基于异构信息的药物-靶标相互作用预测方法
[27] 2022年授权 专利号ZL202010030316.0一种基于深度学习的CRISPR脱靶效应预测方法
[28] 2022年授权 专利号ZL202010803348.X一种基于局部有偏的蛋白质结构预测方法
[29] 2022年授权 专利号ZL202110627869.9一种基于联盟链的分布式文件存储共享系统
[30] 2022年授权 专利号ZL202010725014.5基于图表示学习的新冠病毒靶标预测和药物发现方法
[31] 2022年授权 专利号ZL202110635383.X基于深度学习的彩色图像龋病识别方法
[32] 2021年授权 专利号ZL202110925770.7基于spark计算引擎的高通量虚拟药物筛选方法及系统
[33] 2021年授权 专利号ZL202111044208.X基于卷积去噪自编码机的piRNA-疾病关联关系预测方法
[34] 2021年授权 专利号ZL202011226196.8一种基于网络表征的抗新冠炎症药物发现方法
[35] 2021年授权 专利号ZL202110364101.7一种基于区块链的主节点公平选举方法
[36] 2021年授权 专利号ZL202010029068.8一种基于自编码器的基因表达谱特征学习方法
[37] 2021年授权 专利号ZL202110159089.6一种基于人工智能的龋病诊断系统
[38] 2021年授权 专利号ZL202011532299.7一种基于子空间随机化单细胞集成聚类方法
[39] 2020年授权 专利号ZL202011419796.6一种基于多源数据融合和网络结构扰动的药物靶标预测方法
[40] 2020年授权 专利号ZL202011299895.5一种基于区块链技术的智慧城市路边停车管理系统
[41] 2020年授权 专利号ZL202011226195.3一种基于元路径和双向编码器的生物网络链接预测方法
[42] 2020年授权 专利号ZL202011225115.2一种基于全局特征关系的卷积神经网络压缩方法
[43] 2020年授权 专利号ZL202010725014.5基于图表示学习的新冠病毒靶标预测和药物发现方法
[44] 2020年授权 专利号ZL202010531562.4一种基于深度学习多源异构网络的药物重定位方法
[45] 2020年授权 专利号ZL202010241653.4一种细菌中功能性前噬菌体及其位置与序列的检测方法
[46] 2020年授权 专利号ZL202010029057.X一种基于注意力的卷积神经网络分频特征提取方法
[47] 2019年授权 专利号ZL201910970181.3一种基于区块链的药企监管方法
[48] 2019年授权 专利号ZL201910539449.8一种基于机器学习的基因表达谱聚类方法
[49] 2019年授权 专利号ZL201910506027.0一种基于高通量测序数据的溶源性噬菌体预测方法
[50] 2019年授权 专利号ZL201910407569.2基于RNN神经网络的可迁移病人分类系统
[51] 2019年授权 专利号ZL201910399732.5一种基于卷积神经网络的阴道病理图像分类方法
[52] 2019年授权 专利号ZL201910381347.8一种基于区块链的疫苗生产监管方法
[53] 2019年授权 专利号ZL201910296276.1一种基于深度学习的基因表达谱距离度量方法
[54] 2019年授权 专利号ZL201910296287.X一种基于共享字典学习的基因表达谱分类方法
[55] 2018年授权 专利号ZL201510960149.9基于动态数据划分和冲突消解的高通量药物虚拟筛选方法
[56] 2017年授权 专利号ZL201410745667.4基于众核协处理器的三级流水序列比对方法
[57] 2017年授权 专利号ZL201310343007.9一种基于MapReduce的非精确任务并行处理方法
[58] 2016年授权 专利号ZL201410029703.7一种基于内容分块的远程文件实时更新方法
[59] 2016年授权 专利号ZL201310294071.2一种减少无线通信丢包率的方法和设备
[60] 2015年授权 专利号ZL201210248732.3一种基于图形处理单元的影响最大化并行加速方法
[61] 2014年授权 专利号ZL201210370492.4一种基于超级计算机的HLA仿真程序的对象调度方法
[62] 2014年授权 专利号ZL201110459479.1移动传感器网中利用管道的节点部署方法
[63] 2014年授权 专利号ZL201218001015.1一种虚拟试验运行控制方法
[64] 2012年授权 专利号ZL201110008407.5一种支持差异度量的角色动态转化方法
[65] 2012年授权 专利号ZL201010510055.9基于社区特性的并行离散事件仿真对象分发方法