infercnv报错Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : ‘x‘ must be an array of a
最新推荐文章于 2023-11-30 09:12:42 发布
小羊小羊，遇事不难
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跑infercnv的过程中报错
Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) :
'x' must be an array of at least two dimensions
infercnv::run函数跑到第三步骤就进行不下去了，
网上搜索解决办法，发现github上有人给出建议
参考
Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be an array of at least two dimensions · Issue #276 · broadinstitute/infercnv · GitHub
试了上面的方法，删除了只有0,1个细胞的C10,C11后跑成功了。
infercnv报错Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : ‘x‘ must be an array of a
跑infercnv的过程中报错Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be an array of at least two dimensionsinfercnv::run函数跑到第三步骤就进行不下去了，网上搜索解决办法，发现github上有人给出建议参考Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be
" build " - build app
" test " - run tests
" test:coverage:ci:codecov " - run test and submit codecoverage to codecov
" fo
rm
at " - fo
rm
at code with prettier
" lint " - check your code with eslint
" lint:fix " - fix your code with eslint
" cm " - run commitizen to cre
dim.js
dim.js 是与 配套使用的前端模块管理框架，dim 通过 release 环节将计算出的模块列表、别名、依赖关系、配置等信息传递给 dim.js，由 dim.js 负责运行时的模块加载、合并请求、缓存等工作。
主要 API 说明
require.async(modules, callback)
说明：加载并运行一组 JS 模块
@param {string|
array
} modules - 要加载并运行的模块列表
@param {function} callback - 全部模块及其依赖加载成功后的回调函数
require.async(['ajax', 'event'], function (ajax, event) {
ajax.get('/someObjs', {length: 10}, function (data) {
之前一直对软件包的
报错
没有认识，因为用的都是一些软件工程设计非常好的软件（BWA、
Nu
mpy等）。就算是用Python、Perl、R也都是用一些非常常见的包，所以很难碰到奇葩的
报错
，你随便怎么用都不会卡住，因为设计者早就料想到了各种情况。
但现在开始研究单细胞，大家都自立门户开发自己的包，实际情况是搞生信的人写代码的能力都不咋地，写出来的工具漏洞百出，真是折磨死我们这些使用者。
案例一：...
在之前的文章里写了安装
infercnv
包的方法，后续运行该包的过程中，遇到了一些问题，现将问题及解决办法记录下来，以供大家参考，如有不足，烦请各位指正，谢谢！
问题一：关于输入文件
在运行
infercnv
之前，需要准备三个文件：1.单细胞表达矩阵文件；2.细胞类型注释文件；3.基因坐标文件。三个文件的样子
1.表达矩阵文件
行名为基因名，列名为细胞样本名，表达矩阵必须为数值型矩阵：
示例的表达矩阵：
raw_counts_matrix="C:/Users/heyin/Documents/R/win-l
原创：黄小仙
Error
: object of type ‘closure’ is not subsettable
对象大于被取子集，看看对象是不是空的，有时候文件路径或者名称不对，数据并没有导入成功
Remove duplicates before running TSNE
有重复的数据行，Rtsne package里有个参数 check_duplicates = FALSE
Error
......
这个错误是由于OpenCV的batch no
rm
alization（批量归一化）函数中参数blobs的数量不足3而引起的。在进行批处理归一化时，需要传入至少3个参数，即batch_size、channels和spatial_
dims
。这些参数分别代表批处理中的样本数量、图像通道数和空间维度。
可能导致这个错误的原因有以下几点：
1. 数据维度不正确：在进行批处理归一化时，输入数据的维度必须符合要求。例如，如果输入的是一个三维图像数据（batch_size=1，channels=3，spatial_
dims
=2），则参数blobs应该至少包含3个元素。
2. 数据规模太小：如果输入的数据规模太小，可能无法满足批处理归一化的要求。在进行批处理归一化前，需要先确保数据的规模足够。
解决此错误的方法是适当调整参数blobs的数量，使其满足要求。可以检查输入数据的维度和规模，并根据实际情况调整数据的形状和大小。另外，还需查看文档或参考OpenCV的使用指南，以确保正确使用batch no
rm
alization函数。
R中函数enrichKEGG报错Error in download.KEGG.Path(species) :‘species‘ should be one of organisms listed in
13089
plot_pseudotime_heatmap报错Error in intI(i, n = x@Dim[1], dn[[1]], give.dn = FALSE) : invalid chara
早睡睡睡:
Error in paramSweep_v3() : could not find function “paramSweep_v3“
WCLnb175:
DimPlot画图报错Error: Must request at least one colour from a hue palette.
勇敢小W不怕困难:
R中报错：Error :$ operator is invalid for atomic vectors
smile_allday:
R中报错：Error :$ operator is invalid for atomic vectors
2301_76153543:
devtools::install_github安装包报错Error: Failed to install ‘unknown package‘ from GitHub: HTTP error 401
RunUMAP报错Error in uwot(X = X, n_neighbors = n_neighbors, n_components = n_components, : n_neighb
