R的多线程加速方案（MRO与OpenBlas）

​前言

鉴于conda上的MRO一直停滞在3.5的版本，即使使用也会报curl的SSL过期错误，所以一个非root用户如何在集群上自行解决R多线程的问题逐渐变成了某个rMVP用户（特指我）的重要研究课题。

正好在GitHub上看到某个帖子，Improved instructions for installation from source on Linux? (or alternately a non-root installation script) · Issue #55 · microsoft/microsoft-r-open ( http:// github.com )

毕竟有过一次从R Open源码编译的尝试，当时编译完主程序后，发现其实还是一个普通的R版本，并没有什么变化，但由于当时暂时用不到R Open，纯属折腾着玩，赶课题就没再继续搞了。直到看到他这个帖子我才恍然大悟。虽然是3.4的R Open，但其实道理应该都是一样的，看了他通篇的编译过程，不难理解，其实所谓的Microsoft R Open，应该就是在原生R的基础上多增加了几个定制化的包而已。

手工打磨版MRO（不完美版）

下载MRO源码

# 选择最新版的MRO源码
https://github.com/microsoft/microsoft-r-open/releases/tag/MRO-4.0.2

安装R 4.0.2

然后就是把基础的R环境搭建好，我就没那么费事了，直接conda一顿梭哈，懒得去配置各类环境问题。

mamba create -n mro -c conda-forge -c bioconda r-base=4.0.2

安装Microsoft R Open 特有包

这些需要安装的包其实就在解压后的mro文件夹的additionalPackages里面

tar xvf microsoft-r-open-MRO-4.0.2.tar.gz
cd microsoft-r-open-MRO-3.4.3/additionalPackages

需要注意的是，装包存在一定的顺序，不然会提示部分包还没装好，不能安装改包，基本的顺序如下

所有小写字母开头的可以随意装，可以利用R CMD INSTALL装，也可以利用install.package装，具体看个人习惯，其中deployr-rserve是一个空的文件夹，大概率是已经被抛弃的一个包了，而patches也不是一个R包，是unix自带的一个软件，curl也不需要管。

将所有的小写字母开头的包装好以后，就可以开始装大写字母开头的了（ 这些包没办法用install.packages直接安装 ），其中RevoIQQ是需要倒数第二个装的，其余的包之间无依赖关系，直接装就好了，但这里一般会碰到一个问题，即RODBC这个包可能会报

configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found" ERROR: configuration failed for package ‘RODBC’