有人把亚型分析做成了一站式R包

0.前情回顾

关于聚类和亚型，前面已经介绍了一致性聚类和NMF：
（两个链接）

1.优秀的CancerSubtypes

就如TCGA差异、生存、富集一套打包下来的R包GDCRNAtools，今天这个包也是妥妥的集才华与美貌于一身，多种聚类方法、多种feature筛选方法、多种聚类方法、多种结果验证方法，应有尽有了。

文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/19/3131/3866880
官方教程：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/CancerSubtypes/inst/doc/CancerSubtypes-vignette.html

特点是操作简单，代码的集成化程度比较高。而且多种算法使用了相同的输入数据，也方便比较聚类的结果。

2.能干点啥

各种算法的对比和介绍在作者写的文章里有介绍,点进去看2-2即可：

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/19/3131/3866880
CC和NMF是对单一数据来说的，它的数据可以只是一个表达矩阵，也可以是两个，例如示例里面的： 

GBM=list(GeneExp=GeneExp,miRNAExp=miRNAExp)