首先，应该和经费无关。

然后题主提到的两个使徒其实都可以解释得通：

水天使

会取名为Sachiel（司水之天使）可能是因为原本此名使徒在企划书中的登场时刻是第八集，并且是在太平洋上由贰号机对付的使徒，后来此名使徒被移到第一集而成为故事中登场的第一名使徒，原本贰号机应该对付的使徒就变成Gaghiel了。

当然它本身是从海里出现的也是一个原因吧...

雨天使

这货给我的第一印象明显是这个

然后水黾在雨季是最常见的是不是？...

至于其他的使徒命名基本上要么符合自身的外表（鱼天使、胎天使、空天使），要么符合自身的特性（音乐天使、力天使、自由天使）。

其实最为微妙的一个使徒是第四使徒，Shamshel（Shamsiel，昼天使/阳天使）。当年懵懂的我无论如何不明白为何阳天使是那样一个样子，直到某个老司机告诉我那就是一根大鸡吧...