善用属于符号:
%in%
,以及不要忘记
XX$V1
。
我想要提取数据框cpm2中行名在vector interest中的行,使用如下指令解决。
interest<-read.table("result_coding_gene_id_2.txt")
data<-cpm2[which(rownames(cpm2)%in%interest$V1),]
V1
1 ENSG00000000460
2 ENSG00000001084
3 ENSG00000001497
4 ENSG00000001626
5 ENSG00000002746
6 ENSG00000002822
head(row.names(cpm2))
[1] “ENSG00000000003” “ENSG00000000005” “ENSG00000000419” “ENSG00000000457”
[5] “ENSG00000000460” “ENSG00000000938”
如上,实现需求。
想要实现的目标如题。善用属于符号:%in%,以及不要忘记XX$V1。我想要提取数据框cpm2中行名在vector interest中的行,使用如下指令解决。interest<-read.table("result_coding_gene_id_2.txt")data<-cpm2[which(rownames(cpm2)%in%interest$V1),]interestV11 ENSG000000004602 ENSG000000010843 ENSG0000000.
一句话概括,就是用行名代替下标。
> TCGA_immunity
B.cells.naive B.cells.memory Plasma.cells T.cells.CD8 T.cells.CD4.naive T.cells.CD4.memory.resting
TCGA-F4-6461 0.338445536 0.00000000 0.0075827970 0.019359479 0 0.15701
下面介绍一下R语言中行筛选的方法,主要介绍filter函数
目录标题1. 数据2. 生成ID列和类型3. 提取effect大于0.1的行4. 提取加性效应,且effect小于0的行5. 根据部分行名删选6. 固定字符特征进行行筛选
1. 数据
这里,使用asreml分析中的BLUP值为例,相关的模型为:
m1 = asreml(Phen ~ G , random = ~ vm(Progeny,ainv) + vm(Dam,ainv) + vm(Progeny,dinv),
works
1.数据准备:manager <- c(1, 2, 3, 4, 5)
date <- c("10/24/08", "10/28/08", "10/1/08", "10/12/08", "5/1/09")
country <- c("US", "US", "UK", "UK", "UK")
gender <- c("M", "F", "F", "M", "F")
age <- c(32, 45, 25
>setwd("/Users/qiao/Documents/R_test_two/new_test")
//读取所有数据
>allData<-read.delim("all.test.tab.txt",header=T)
>colnames(allData)[1]<-"name"
>new_d2<-sca...
a.columns.name = 'code'
这样就可以修改过来。
以上这篇python 给DataFrame增加index行名和columns列名的实现方法就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持软件开发网。
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