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【第二期】实用化学结构命名及文件格式转换工具汇总

【第二期】实用化学结构命名及文件格式转换工具汇总

化学药学工作中经常会与化合物结构的不同名称及相同化合物的不同文件格式打交道,目前多种命名法及存储格式并存,那么对于不同结构名称及不同的存储格式转换的问题如何解决呢?今天小编就给大家介绍几款实用的化学结构名称及文件格式转换工具,一起看看吧~~~

化学结构名称转换

01Collector

Collector是一款能从专利、文献及各类图片中把化学结构快速提取成与原图呈现形式一致的AI软件,在Collector中也可以进行名称与结构的转换。

访问地址: stonewise.cn/mol_produc (免费软件)

它同时支持支持OCSR(化学结构识别)和 IUPAC(标准化学名称识别),且支持识别后结构的 SDF/XLS/SMILES/PNG 文件格式下载及 MOL/SMLES 格式快速一键复制。

collector特色功能:

  • 免费使用 :兼容Win和MacOS操作系统;邮箱/手机号注册为用户后,可免费使用一键截图提取功能
  • 极速识别 :随时随地轻松提取结构,识别时间仅需1秒钟左右;一次截屏一个结构,一键快速识别结构
  • 批量提取 :支持批量提取专利/文献/图片中的结构, 上传文件格式包括JPG/PNG/ PDF,一次性快速提取成千上万化学结构
  • 准确度高 :对于正常截图的化学结构,均可一键识别;分析测试上万个各类化学结构,识别准确度居行业领先水平
  • 实时校正 :内置功能齐全的化学编辑器,可实时与原图对照进行校准;支持实时校正识别后的结构,在线校准模式便捷易用
  • 保存格式 :支持识别后结构的SDF/XLS/SMILES/PNG文件格式下载及MOL/SMLES格式快速一键复制
  • 识别方式 :同时支持支持OCSR(化学结构识别)和 IUPAC(标准化学名称识别)
  • 定位去重 :识别后结构可自动定位至原文件结构位置;自带定位校准模式,对同一结构会去重后展示并标记重复数量和位置
Collector主界面

02ChemDraw

Chemdraw是目前用得最广泛的化学绘图工具,在ChemDraw中也可以进行名称与结构的转换。

访问地址: chemdraw.com.cn/biaoqia (付费软件)

ChemDraw支持 IUPAC名称与结构 的相互转换。并且可以通过复制的方式,将结构转换成 SMILES, SLN, InChI, InChIKey, mol 等形式。ChemDraw也可进行简单的文件格式转换,将文件打开后保存成其它格式的文件,例如 mol, sdf, png 等。

ChemDraw主界面

03OPSIN

OPSIN专门解析化合物的 IUPAC Name ,可以转换成化学结构或者其它命名。

访问地址: opsin.ch.cam.ac.uk/

OPSIN主界面
OPSIN检索后界面

OPSIN目前支持 InChI, InChIKey, SMILES 等格式的输出。使用简单,将IUPAC Name复制到输入框中提交即可检索。

04Chemical Identifier Resolver

Chemical Identifier Resolver是由NCI/CADD Group提供结构名称转换免费在线服务。

访问地址: cactus.nci.nih.gov/chem

Chemical Identifier Resolver主页面

Chemical Identifier Resolver可通过浏览器访问。在输入框中输入化学结构名称,将其转换成结构或者其它类型的命名。目前该服务支持 IUPAC Name, CAS, InChI, InChIKey, Smiles, sdf 等多种常见命名及文件格式。也可以将化学结构转换成 图片格式gif以及3D格式 显示。

Chemical Identifier Resolver可输入及转换格式列表

化学文件格式转换

01Collector

Collector是由望石智慧公司开发,是一款免费的AI软件,兼容Win和MacOS操作系统,用户可编辑已提取结构的各类理化性质数据,所得结构式和分析结果可随时导出为计算机可读的各类格式 (SDF/MOL/SMILES/XLS/PNG) 。访问地址: stonewise.cn/mol_produc Collector支持识别后结构的 SDF/XLS/SMILES/PNG文件格式下载及MOL/SMLES格式快速一键复制 ,而且支持 批量 提取专利/文献/图片中的结构, 上传文件格式包括 JPG/PNG/ PDF

Collector批量识别界面

02Online SMILES Translator

Online SMILES Translator是由NCI/CADD Group提供的一个免费在线服务。访问地址: cactus.nci.nih.gov/tran

Online SMILES Translator可进行不同文件格式之间的转换。目前支持 SMILES, SDF, PDB, MOL 等常见的化学文件格式。可以输入化合物的SMILES或直接在线绘制化学结构,也可以将电脑本地的文件上传进行转换。

03Open Babel

Open Babel是一款化学文件格式转换的开源软件,支持Windows, Linux, MacOSX等操作系统。

访问地址: openbabel.org/wiki/Main

Open Babel目前支持113种文件格式,可以读取84种文件格式,保存85种格式。支持常用的化学文件格式 Smiles, InChi, sdf, mol, mol2, cdx, pdb 之间的转换:Open Babel也可以将化学结构转换成多种图片格式,例如, png, pov, svg 等。

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发布于 2022-01-25 10:26