在VDJdb官网不知为何注释失败，在网上找VDJdb使用教程的时候找到了用immunarch包进行注释的教程（ 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（九）：Annotate clonotypes using immune receptor databases - 简书 (jianshu.com)
因为groovy安装有点问题，安装了windows的installer，配置了环境变量，但是在命令行里groovy -v是没有的，故不能根据上图步骤执行。
下载的“vdjdb-db-master”数据库文件夹里没有代码所需的注释文件（vdjdb.slim.txt），到github上找，后来根据官网上的链接（” https://gitlab.com/immunomind/immunarch/-/blob/master/private ）找到并下载，但是缺失了最后两列“clain”、“Pathology”，所以不能筛选疾病类型。

vdjdb =read.table("D:\\vdjdb.slim.txt",sep='\t',header=T,quote = "", fill=TRUE)
#, sep='\t',header=F
fix(vdjdb)
dim(vdjdb)
#colnames(vdjdb)=vdjdb[1,]
#rownames(vdjdb)=vdjdb[,1]
#vdjdb<-vdjdb[-1,]
colnames(data$A1.TRA)
colnames(immdata$data)
rownames(vdjdb)
vdjdb
vdjdb_st =read_tsv("D:\\SearchTable-2019-10-17 12_36_11.989.tsv","vdjdb-search", .species = "HomoSapiens", .chain = "TRA",.pathology = "ccRCC")
fix(vdjdb_st)
vdjdb_st
colnames(data)
dim(data)
colnames(vdjdb_st)=vdjdb_st[1,]
vdjdb_st<-vdjdb_st[-1,]
View(data)
library(immunarch)
data(immdata)
Convert.A1.TRA<-repLoad("C:\\Users\\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\\Downloads\\vdjtools-1.2.1\\vdjtools-1.2.1\\弦图Convert\\ConvertA1TRA.txt")
Convert.A1.TRA<-repLoad("D:\\mixcr-3.0.13\\弦图\\A1.TRA.txt")
Convert.A2.TRA<-repLoad("C:\\Users\\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\\Downloads\\vdjtools-1.2.1\\vdjtools-1.2.1\\弦图Convert\\Convert.A2.TRA.txt")
file_path = "D:\\mixcr-3.0.13\\弦图\\N.A"
A1.TRA<- repLoad(file_path)
View(A1.TRA)
A1.TRA
#Convert.A1.TRA<-as.list(Convert.A1.TRA)
#Convert.A2.TRA<-as.list(Convert.A2.TRA)
#sapply(data, function(element) {print(names(element))})
#data<-list(Convert.A1.TRA,Convert.A2.TRA)
names(data)[1] <- "A1.TRA"
names(data)[2] <- "A2.TRA"
class(data)
dbAnnotate(A1.TRA$data,vdjdb,"CDR3.aa", "cdr3")
dbAnnotate(immdata$data, vdjdb, "CDR3.aa", "cdr3")
dbAnnotate(immdata$data, vdjdb_st, "CDR3.aa", "CDR3")
最后一行的注释代码里，"cdr3aa"是自己的数据里的。"cdr3"是数据库的。

更改读取数据方式为repLoad以后，读入的数据类型就是list，不需要转换。（之前用read.table的方式读入，需要很麻烦的转换成二层嵌套的list结构，但其实不应该这样）

读入不了数据（横线处：unsupported format，skipping），应该是不能用转换格式后的数据。
改成读mixcr直接出来的数据，放在“D:\mixcr-3.0.13\弦图\N.A”（A1.TRA-A6.TRA）。还需要上传一个metadata.txt，里面要有一列列名为Sample，每行为样品名的矩阵，样品名可直接用数字简单代替。

得到用immunarch注释的结果如下：
出来了一个A1.TRA.annot.summary文档，有sample_id  metadata_blank  db.column.name  db.column.value unique  frequency   reads   db.unique   weight  但是是空的。
输入文件是这样的：
我认为也许用转换格式后的文件java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRA Convert.A1.TRA.txt A1.TRA

奇迹发生啦
A3.TRA也是很快注释完了，先把TRA的都运行了一遍，都很快注释完成。

也许是TRB与TRA不同的原因，运行A2.TRB和A3.TRB时，都遇到java heap space，是时候再看看它还有哪些原因了。

先尝试了一下上次解决同样问题时用到的export MAX_MEMORY_OVERRIDE=12800

但是这个命令是liunx的，下面寻找在windows上设置的办法。
解决TRB的问题：
linux上VDJmatch的尝试
因为linux上运行快，并且也许不会遇到内存限制的问题。将文件复制到目录下。
报： java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)

试了下TRA也是同样报错，所以应该不是A和B的关系。
先不用linux，换个角度，解决windows上内存不够的情况。在网上找到的方法：
要下载对应的包，虽然有点疑虑，因为TRA不用这样，但还是决定先试试。这个教程里写的很清楚。

Maven 环境配置 | 菜鸟教程 (runoob.com)

在这里还看到了mvn -v是linux和mac的命令。

两种方法（下图）。但依然报'mvn' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序
问题找到了，配置path变量的时候前面多打了一个分号，并且要重新打开命令行进行测试是否配置成功mvn -v或者mvn -version都可以。

重新跑TRB的命令，发现切换路径以后，直接

java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRB Convert.A1.TRB.txt A1.TRB就可以，不用像VDJtools一样先加载。

依然是Java heap space。

set MAVEN_OPTS=”-Xmx20000M -XX:MaxPermSize=512m”
依旧不行。根据上次的一次尝试，将用户变量里的MAVEN_OPTS如下更改：

-Xms4000m -Xmx20000m -XX:MaxPermSize=1024m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled XX:SurvivorRatio=8 -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+UseParNewGC -XX:+UseCMSCompactAtFullCollection -XX:+CMSParallelRemarkEnabled -XX:CMSInitiatingOccupancyFraction=70
老师之前成功的设置是在linux上用export MAX_MEMORY_OVERRIDE=12800，根据网络上其中一种在linux上的解决方法是export MAVEN_OPTS=-Xmx1024m -XX:MaxPermSize=512m，已知windows上设置用户变量的方式是把MAVEN_OPTS设置成-Xms4000m -Xmx20000m -XX:MaxPermSize=1024m，所以尝试在windows里把MAX_MEMORY_OVERRIDE设置为12800（猜测这个办法应该不行，在搜MAX_MEMORY_OVERRIDE的时候找到了另一种方法windows下配置tomcat服务器的jvm内存大小的两种方式 - 海绵般汲取 - 博客园 (cnblogs.com)）明天试一下用tomcatw

再尝试：set "JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Xms4000m -Xmx20000M"（不行）

java -Xms4000m -Xmx20000 vdjmatch