for(featherURL in dbFiles)
download.file(featherURL, destfile=basename(featherURL)) # saved in current dir

(1041.7 MB)

在下载文件的时候遇到这个报错： Timeout of 60 seconds was reached 这时就要把timeout的时间延长，给足充足的时间让其下载文件。
下载好后，接着运行如下代码：
library(SCENIC)

保证cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文件

scenicOptions <- initializeScenic(org="hgnc",
dbDir="cisTarget_databases", nCores=1)
此时，就频繁报错了！

提示位置找不到文件，检查了文件位置，将文件移到相应位置后继续运行还是报错了。
：This Feather file is old and will not be readable beyond the 0.3.0 release
意思是feather文件太老了，不能用了。而且刚报error RStudio就崩溃了。

所以我想的办法是去SCENIC官网上找到新版的hg19的两个文件：
hg19-500bp-upstream-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather；
hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather，运行initializeScenic还是报错，提示说找不到mc9nr.feather文件。
我有点爆炸，下载了最新的文件却还是读了不了。

用data <- read_feather("hg19-500bp-upstream-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather")读入的时候提示Error: Invalid: Not a feather file。但我查看了文件属性，是feather格式文件，不知道问题出在哪了。

继续搜报错，找到了一位前辈分享的帖子，提供了个新方向，可能原因是下载的文件不完整，于是便去查如何在window检查feather文件的完整性，这里发现了个有用的工具——7-Zip，可以很方便的检查文件完整性。
这不检查不知道，一检查吓一跳，果真是文件不完整出的问题，7-Zip检查的结果和官网上提供的txt结果不一致。
只能重新下载文件，第二次下载的再检查就完全一致了。

此刻真的要尖叫了，昨晚卡到现在的bug，终于过了。但有点想不明白，为啥同一个下载链接，怎么下载下来的大小还不一样，第一次下载的还比第二次下载的稍微大一些，但检查完整性就不一样。

教训！！！对于大文件下载不要偷懒不去检查文件的完整性！！！不然后面频繁报错真搞心态

链接： cisTarget databases - Feather v1 databases (aertslab.org)
SCENIC: Introduction and setup (htmlpreview.github.io)
听说你也在运行scenic这句命令scenicoptions <-initializescenic(org="mg, dbdir="cistarget-databases）的时候R会崩溃？ - 简书 (jianshu.com)
单细胞转录因子分析之SCENIC流程 - 知乎 (zhihu.com)