利用MapQTL6进行QTL定位分析
MapQTL6是和Joinmap同一家的软件，利用的输入文件也是可以从Joinmap结果中获得。
MapQTL6主要的输入文件有三个,分别是以.map，.loc和 .qua结尾的文件
这几个文件都可以用Notepad++打开和修改
1 第一个文件是392all.map，这个文件是连锁图信息，可以从joinmap的loc文件中获得
joinmap结果文件中的loc文件
392all.map数据结果
2 genotype_phenotype.loc文件和genotype_phenotype.qua文件，分别存储标记信息和表型信息，这两个文件要名字一样，要不然后面会出错
joinmap结果中有一个是.loc文件，里面存储了所需的基因型信息，找出来，然后重命名就好
表型信息用EXCEL输入后，保存成制表符分割的txt文件就好，别的格式可能会出错
3 三个文件准备好就可以导入MapQTL6中进行分析了
基本界面
新建一个项目，file→new project
3.1 导入map文件，将鼠标点到map的标签，然后点击load data into the project
结果：
然后右键392all,让所有连锁群变红
3.2 导入.loc文件和.qua文件，将鼠标点到map旁边的populations部分，然后导入数据
3.3 QTL分析
这个下拉框里面有很多分析方法，这里选择MQM方法
右键genotye_phenotype，然后点击analysis all numerical traits for QTLs
准备工作做好之后，上方有个计算器的图标会变成可点击状态，这时候点一下就开始QTL分析
3.4 结果展示，将鼠标点到sessions上，然后会显示不同表型的分析结果
resuts部分会显示表格形式的结果
另外也可保存为.txt格式文件
result charts这块能够看图形结果，注意左侧竖向的标签，点击charts
3.5 QTL结果筛选
将.txt格式的文件用excel打开
然后选择筛选→LOD→大于3
得到的结果：
locus那块有标记，代表这里是有真实标记，如果没有标记，代表的是模拟出的标记。最后可以根据最大LOD-1的值确定QTL区间
总结：
这个软件最费事的是准备数据，需要准备三个文件，最好是在notepad++中修改和保存，这样比较方便，也不容易出问题。