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Code  ›  XH生信ML笔记的博客_CSDN博客-Troubleshooting,python,机器学习领域博主
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CIBERSORT出现“$ operator is invalid for atomic vectors” 报错

最近用cybersort 分析细胞出现“$ operator is invalid for atomic vectors"错误,快放弃时,看到一个。说是缺少e1071包,安装以后,报错解决。安装e1071包后运行正常。
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Warning: unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.17/

查询一圈,是bioconducter 没有big-sur的二进制编译版本。需要从source下载,加上type=“source”可以解决。最近将r升级到4.3.0,使用biomanager安装enomicFeatures包时出现无法访问index的问题。
发布博客 2023.05.21 ·
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解除R中从github上下载包API限制的问题(Error: Failed to install ‘unknown package‘ from GitHub: HTTP error 403. )

githhub消除api_rate 限制,安装ggforestplot包
发布博客 2021.12.19 ·
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mac 中awk和linux中awk不一致,ARGIND==1不识别的问题。

最近在mac上处理两个文件,发现在centos上用的好好的awk命令mac中无输出,因为以前在grep和sed中遇到mac和centos 使用不一致的问题,整了一下午,发现时mac和centos awk 版本不同$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{a[$1]=$1}ARGIND==2{print $0}' rep.txt good.txt|head# 无任何输出#查看版本$ man awkNAME awk - pattern-directed sca
发布博客 2021.12.09 ·
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matplotlib保存图片为pdf格式,文字以字体形式保存,可以illustrator编辑,而不是喵点格式。

用默认的 plt.savefig()保存的图片,图利和label都是以瞄点保存的,而不是以文字格式。这样在矢量图编辑中想要调整文字大小和字体时都不方便。使用mpl可以设置pdf图片文字以字体形式保存:# matplot 输出的图片为illustrator可编辑的字体import matplotlib as mplmpl.rcParams['pdf.fonttype'] = 42mpl.rcParams['ps.fonttype'] = 42#保存pdfplt.savefig("multi-ti
发布博客 2021.09.01 ·
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python如何把文字类型转换成时间类型并求间隔日期

最近处理一批数据,把excel导入pandas中后,发现默认导入为object,需要转化成日期后计算时间用药时间和发病时间的间隔。使用time,将其转化为时间格式:# date是字符串格式,换算成time64[d]格式import timecopies.date = copies.date.values.astype('datetime64[D]')计算连个时间点的间隔,直接用“➖”即可:# 计算采样时为用药和发病的第几天,注意用values.astype("datetime64[D]")转
发布博客 2021.09.01 ·
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基因芯片GEO数据分析流程-limma

最近工作关系,需要重现一个文章的基因芯片数据分析,查找差异基因,花了一天时间跑了limma流程,供大家参考。论文名字为 Identification of inflammatory mediators in patients with Crohn’s disease unresponsive to anti-TNFα therapy, 是三组之间的差异基因比较。想复现这个图:我图省事,直接GEO数据库中下载了基因表达量的矩阵文件GSE52746_series_matrix.txt.gz, 直接从mat
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Warning in install.packages : package ‘limma’ is not available for this version of R

1. limma 包安装在安装基因芯片包limma和biobase时,出现了“Warning in install.packages : package ‘limma’ is not available for this version of R”报错。原因是先得下载bioconductor的包管理器biocmanager,然后即可安装:> install.packages("limma")Warning in install.packages : package ‘limma’ is
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如何构建一个一个渐变颜色条图例(color bar)?

最近画图时采用默认的渐变色感觉很丑,就想着自己做一个,用scatterplot 做图,默认渐变图例为圆点# 导入模块import seaborn as snsimport matplotlib.pyplot as plttips = sns.load_dataset("tips") # 导入数据ax = sns.scatterplot(x="total_bill", y="tip", hue="size", palette='RdBu_r', data=tips) # 采用seaborn 中的
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centos死机的处理

在使用centos时遇到程序死机,只有鼠标可以动,其他程序都点不动,terminal都打不开。不想开关机重启,可以采用tty界面杀死所有程序后成功启动。在gnome图形界面下,按ctrl+alt+F2,跳转到tty登陆界面,显示:xxxx login in :输入你的用户名,注意是user的名字,如我的主机名字是 dfs@peachgood 时,输入dfs,然后输入你的密码,回车。peachgood login in :dfs # 输入dfspasswd: # 输入密码,注意不能用右边的小
发布博客 2021.02.22 ·
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R中fisher 检验FEXACT error 6. LDKEY=621 is too small for this problem问题

问题:> obs [,1] [,2] [,3][1,] 83 29 35[2,] 30 20 10[3,] 23 12 1[4,] 11 13 0> fisher.test(obs)Error in fisher.test(obs) : FEXACT error 6. LDKEY=621 is too small for this problem, (ii := key2[itp=394] = 488497,
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matplotlib 利用plt.subplot() 函数画多个子图

最近写文章要用到子图,目标是一个大图中包含4个子图。画图可以用matplotlib,也可以用集成式的软件包seaborn。画子图最简单的方法就是用plt.subplot()函数。plt.subplt(行,列,第几个图)函数定义要画那张子图,其中行和列定义要画几张图,如plt.subplot(2,3,1)就是定义大图含有2行3列子图,就是6张图,第三位的1表示开始画第一张图,因此后面的图一次就是plt.subplot(2,3,2),plt.subplot(2,3,3),plt.subplot(2,3,4),
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python 时间间隔 timedelta64[ns] 转化成整数格式

首先把时间格式的naT转换成0 days查询数据类型查询数据框data_onset中onset_days 列第13~16行 数据:>>> data_onset.onset_days[13:16]13 13 days14 NaT15 NaTName: onset_days, dtype: timedelta64[ns]Name: onset_days, dtype: timedelta64[ns]格式为timedelta64[ns]首先将缺失
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32 位的EndNote X9 在新版macOS Catalina中无法打开出现需要升级的问题解决

最近换上了mac,系统从win10换到catalina 10.15.7,各种配置软件和坑。今天使用某科大 EndNote X9,成功安装后,在启动台(Launchpad)没看到图标。在文件夹/Application 中也没发现EndNote x9的图标。在finder 中输入 “EndNote X9” 找到了 EndNote X9 图标,发现EndNote X9 在/Applications 文件夹下面 点击 EndNote X9, 出现以下要求升级的提示:搜索了一圈,参考解决EndN
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今天碰到一个计算两个时间间隔的问题,发现excel导入的时间格式均为datetime64[ns],毫秒格式。由于只需要天数,想转化为datetime64[D] 格式。>>>data_total.DURG_DATE查看时间是datetime64[ns]直接修改格式>>> data_total.DURG_DATE.astype("datetime64[D]")直接转换依然不行 原来,pandas series 默认把时间转换为datetime64[ns]格
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RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned问题的解决

本人系统为MacOS catalina 10.15.7新的MacBook pro 用brew install python 安装了python,自动为3.9.0版本。然后pip3 install notebook,安装了jupyter noteboook。随后pip3 install numpy,打开notebook,出现“RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned“ 错误。import numpy as np---------------------
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本人不小心安装了3.9,使用numpy出现了“RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned”,需要彻底删除python 3.9 的各种包,链接和文件。1. 删除3.9 的框架@macbook ~ $ which python # 默认python版本,mac自带/usr/bin/python@macbook ~ $ which python3 #查询pyton3 位置/Library/Frameworks/Python.framework/Versi
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vim 出现“Error detected while processing /Users/zouxiaohui/.vimrc: line 1:。。。。”错误

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新入手一代macbook pro 16 寸,然后发现terminal 颜色太差,想调整一下颜色,准备下载oh-my-zsh,安装的时候发现巨多坑。我的os未升级,版本为 macOS Catalina Version 10.14.0首先你采用美化并增强Mac终端介绍的方法,在终端中运行:@macbook ~ $ git clone https://github.com/robbyrussell/oh-my-zsh.git ~/.oh-my-zshxcode-select: note: no devel
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seaborn relplot 时出现 AttributeError: ‘int‘ object has no attribute ‘view‘ 错误原因

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