入门生信时，我最接触的编程语言是python和R，最后才是shell。学习shell时，我也只是草草了事，没有仔细对比三种编程语言间的差别和特点，自认为很聪明的把python和R的相关基础知识直接迁移到了shell。最近踩到了坑，才让我意识到：基础不牢，缺乏思考，非常吃亏！

问题描述：

批量进行bwa比对，代码如下：

for i in {1..9}
bwa mem -t 2 -R '@RG\tID:W0${i}\tSM:W0${i}\tPL:illumina' \$ref ./$W0{i}_1.fq.gz ./$W0{i}_2.fq.gz | samtools sort -@ 2 -m 1G -o ./W0${i}.sort.bam -

运行非常成功！结果正常输出！然后我就愉快地去重并call variant，但是当我查看g.vcf文件时发现样本名为W0

{i}，我运行了一下命令

for i in `ls *.g.vcf`
grep -n -G 'W0${i}' ${i}