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shell字符串单双引号的坑

发布 于 2021-02-04 11:57:37
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入门生信时,我最接触的编程语言是python和R,最后才是shell。学习shell时,我也只是草草了事,没有仔细对比三种编程语言间的差别和特点,自认为很聪明的把python和R的相关基础知识直接迁移到了shell。最近踩到了坑,才让我意识到:基础不牢,缺乏思考,非常吃亏!

问题描述:

批量进行bwa比对,代码如下:

for i in {1..9}
bwa mem -t 2 -R '@RG\tID:W0${i}\tSM:W0${i}\tPL:illumina' \$ref ./$W0{i}_1.fq.gz ./$W0{i}_2.fq.gz | samtools sort -@ 2 -m 1G -o ./W0${i}.sort.bam -

运行非常成功!结果正常输出!然后我就愉快地去重并call variant,但是当我查看g.vcf文件时发现样本名为W0

{i} 这是怎么回事?为了确定这几个g.vcf文件的样本名是不是都为 W0

{i},我运行了一下命令

for i in `ls *.g.vcf`
grep -n -G 'W0${i}' ${i}
 
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