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1、截取1w83的小分子存为pdb文件
.png "图片关键词")
使用
obabel
转化
obabel
-ipdb
1w83
small.pdb -osmi -O
1w83
small.smi
如果是mol2格式或者sdf格式
obabel
-imol2
1w83
small.mol2 -osmi -O
1w83
small.smi
obabel
-isdf
1w83
small.sdf -osmi -O
1w83
small.smi
2
、获取蛋白
fasta
，然后生成
json
文件
https://
rcsb.org/fasta/entry/1w83/display
{
"name"
:
"1W83"
,
"modelSeeds"
: [
1
,
22
,
333
,
4444
,
66666
],
"sequences"
: [
{
"protein"
: {
"id"
:
"A"
,
"sequence"
:
"MSQERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLARHTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPPLDQEEMES"
}
},
{
"ligand"
: {
"id"
:
"C"
,
"smiles"
:
"Clc1ccc(cc1COc1cnccc1)NC(=O)c1cc(F)cc(c1)N1CCOCC1"
}
}
],
"dialect"
:
"alphafold3"
,
"version"
:
1
}
下图青色的PDB库的结构，绿色为计算的结构
.png "图片关键词")
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