)
pyplot.show()
运行结果:
3.HoloViews
HoloViews是一个开源的Python库,可以用非常少的代码行中完成数据分析和可视化,除了默认的matplotlib后端外,还添加了一个Bokeh后端。Bokeh提供了一个强大的平台,通过结合Bokeh提供的交互式小部件,可以使用HTML5 canvas和WebGL快速生成交互性和高维可视化,非常适合于数据的交互式探索。
pip install HoloViews
conda install -c ioam/label/dev holoviews
git clone git://github.com/ioam/holoviews.git
cd holoviews
pip install -e
下载安装(https://pypi.python.org/pypi/holoviews)
import numpy as np
import holoviews as hv
#调用bokeh
hv.extension('bokeh')
#数据输入
frequencies = [0.5, 0.75, 1.0, 1.25]
#定义曲线
def sine_curve(phase, freq):
xvals = [0.1* i for i in range(100)]
return hv.Curve((xvals, [np.sin(phase+freq*x) for x in xvals]))
# 调用函数,输出图像
dmap = hv.DynamicMap(sine_curve, kdims=['phase', 'frequency'])
dmap.redim.range(phase=(0.5,1)).redim.range(frequency=(0.5,1.25))
运行结果:
4.Altair
Altair是Python的一个公认的统计可视化库。它的API简单、友好、一致,并建立在强大的vega - lite(交互式图形语法)之上。Altair API不包含实际的可视化呈现代码,而是按照vega - lite规范发出JSON数据结构。由此产生的数据可以在用户界面中呈现,这种优雅的简单性产生了漂亮且有效的可视化效果,且只需很少的代码。
数据源是一个DataFrame,它由不同数据类型的列组成。DataFrame是一种整洁的格式,其中的行与样本相对应,而列与观察到的变量相对应。数据通过数据转换映射到使用组的视觉属性(位置、颜色、大小、形状、面板等)。
pip install Altair
conda install altair --channel conda-forge
import altair as alt
# 加载数据集
cars = alt.load_dataset('cars')
alt.Chart(cars).mark_point().encode(
x='Horsepower',
y='Miles_per_Gallon',
color='Origin',
运行结果:
win = pg.plot()
win.setWindowTitle('pyqtgraph example: FillBetweenItem')
win.setXRange(-10, 10)
win.setYRange(-10, 10)
N = 200
x = np.linspace(-10, 10, N)
gauss = np.exp(-x**2 / 20.)
mn = mx = np.zeros(len(x))
curves = [win.plot(x=x, y=np.zeros(len(x)), pen='k') for i in range(4)]
brushes = [0.5, (100, 100, 255), 0.5]
fills = [pg.FillBetweenItem(curves[i], curves[i+1], brushes[i]) for i in range(3)]
for f in fills:
win.addItem(f)
def update():
global mx, mn, curves, gauss, x
a = 5 / abs(np.random.normal(loc=1, scale=0.2))
y1 = -np.abs(a*gauss + np.random.normal(size=len(x)))
y2 = np.abs(a*gauss + np.random.normal(size=len(x)))
s = 0.01
mn = np.where(y1<mn, y1, mn) * (1-s) + y1 * s
mx = np.where(y2>mx, y2, mx) * (1-s) + y2 * s
curves[0].setData(x, mn)
curves[1].setData(x, y1)
curves[2].setData(x, y2)
curves[3].setData(x, mx)
timer = QtCore.QTimer()
timer.timeout.connect(update)
timer.start(30)
#启动Qt
if __name__ == '__main__':
import sys
if (sys.flags.interactive != 1) or not hasattr(QtCore, 'PYQT_VERSION'):
QtGui.QApplication.instance().exec_()
运行结果:
6.ggplot
ggplot是基于R的ggplot2和图形语法的Python的绘图系统,实现了更少的代码绘制更专业的图形。
它使用一个高级且富有表现力的API来实现线,点等元素的添加,颜色的更改等不同类型的可视化组件的组合或添加,而不需要重复使用相同的代码,然而这对那些试图进行高度定制的的来说,ggplot并不是最好的选择,尽管它也可以制作一些非常复杂、好看的图形。
ggplot与pandas紧密联系。如果你打算使用ggplot,最好将数据保存在DataFrames中。
linux系统
pip install numpy
pip install scipy
pip install statsmodels
pip install ggplot
window系统
下载ggplot安装包(https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#ggplot)
pip install ggplot‑0.11.5‑py2.py3‑none‑any.whl
from ggplot import *
ggplot(aes(x='date', y='beef', ymin='beef - 1000', ymax='beef + 1000'), data=meat) + \
geom_area() + \
geom_point(color='coral')
运行结果:
bar_chart.add('Fibonacci', [0, 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55])
bar_chart.add('Padovan', [1, 1, 1, 2, 2, 3, 4, 5, 7, 9, 12])
#保存图片
bar_chart.render_to_png('bar1.png')
运行结果:
9.VisPy
VisPy是一个用于交互式科学可视化的Python库,快速、可伸缩、且易于使用,是一个高性能的交互式2维, 3维数据可视化库,利用了现代图形处理单元(gpu)的计算能力,通过OpenGL库来显示非常大的数据集。
pip install VisPy
from vispy.plot import Fig
#调用类(Fig)
fig = Fig()
#创建PlotWidget
ax_left = fig[0, 0]
ax_right = fig[0, 1]
import numpy as np
data = np.random.randn(2, 3)
ax_left.plot(data)
ax_right.histogram(data[1])
10.NetworkX
NetworkX是一个Python包,用于创建、操纵和研究复杂网络的结构、以及学习复杂网络的结构、功能及其动力学。
NetworkX提供了适合各种数据结构的图表、二合字母和多重图,还有大量标准的图算法,网络结构和分析措施,可以产生随机网络、合成网络或经典网络,且节点可以是文本、图像、XML记录等,并提供了一些示例数据(如权重,时间序列)。
NetworkX测试的代码覆盖率超过90%,是一个多样化,易于教学,能快速生成图形的Python平台。
pip install networkx
下载安装(https://pypi.python.org/pypi/networkx/2.0)
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
import numpy.linalg
#生成随机数
n = 1000
m = 5000
G = nx.gnm_random_graph(n, m)
#定义数据分布特征
L = nx.normalized_laplacian_matrix(G)
e = numpy.linalg.eigvals(L.A)
#绘图并显示
plt.hist(e, bins=100)
plt.xlim(0, 2)
plt.show()
12.geoplotlib
Basemap和Cartopy包支持多个地理投影,并提供一些可视化效果,包括点图、热图、等高线图和形状文件。PySAL是一个由Python编写的空间分析函数的开源库,它提供了许多基本的工具,主要用于形状文件。但是,这些库不允许用户绘制地图贴图,并且对自定义可视化、交互性和动画的支持有限。
geoplotlib是python的一个用于地理数据可视化和绘制地图的工具箱,并提供了一个原始数据和所有可视化之间的基本接口,支持在纯python中开发硬件加速的交互式可视化,并提供点映射、内核密度估计、空间图、泰森多边形图、形状文件和许多更常见的空间可视化的实现。除了为常用的地理数据可视化提供内置的可视化功能外,geoplotlib还允许通过定义定制层来定义复杂的数据可视化(绘制OpenGL,如分数、行和具有高性能的多边形),创建动画。
pip install geoplotlib
from geoplotlib.layers import DelaunayLayer
import geoplotlib
from geoplotlib.utils import read_csv, BoundingBox
data = read_csv('data/bus.csv')
geoplotlib.delaunay(data, cmap='hot_r')
geoplotlib.set_bbox(BoundingBox.DK)
geoplotlib.set_smoothing(True)
geoplotlib.show()
Gleam允许你只利用Python构建数据的交互式,生成可视化的网络应用。无需具备HTML
CSS或JaveScript知识,就能使用任一种Python可视化库控制输入。当你创建一个图表的时候,你可以在上面加上一个域,让任何人都可以实时地玩转你的数据,让你的数据更通俗易懂。
pip install Gleam
from wtforms import fields
from ggplot import *
from gleam import Page, panels
#定义绘图函数
class ScatterInput(panels.InputPanel):
title = fields.StringField(label="Title of plot:")
yvar = fields.SelectField(label="Y axis",
choices=[("beef", "Beef"),
("pork", "Pork")])
smoother = fields.BooleanField(label="Smoothing Curve")
class ScatterPlot(panels.PlotPanel):
name = "Scatter"
def plot(self, inputs):
p = ggplot(meat, aes(x='date', y=inputs.yvar))
if inputs.smoother:
p = p + stat_smooth(color="blue")
p = p + geom_point() + ggtitle(inputs.title)
return p
class ScatterPage(Page):
input = ScatterInput()
output = ScatterPlot()
ScatterPage.run()
15.vincent
Vincent是一个很酷的可视化工具,它以Python数据结构作为数据源,然后把它翻译成Vega可视化语法,并且能够在d3js上运行。这让你可以使用Python脚本来创建漂亮的3D图形来展示你的数据。Vincent底层使用Pandas和DataFrames数据,并且支持大量的图表—-条形图、线图、散点图、热力图、堆条图、分组条形图、饼图、圈图、地图等等。
pip install Vincent
import vincent
bar = vincent.Bar(multi_iter1['y1'])
bar.axis_titles(x='Index', y='Value')
bar.to_json('vega.json')
X[:, :, 0] = np.exp(- (x - 1) ** 2 - (y) ** 2)
X[:, :, 1] = np.exp(- (x + 0.71) ** 2 - (y - 0.71) ** 2)
X[:, :, 2] = np.exp(- (x + 0.71) ** 2 - (y + 0.71) ** 2)
X[:, :, 3] = np.exp(-0.25 * (x ** 2 + y ** 2))
im = ax.imshow(X, extent=(10, 20, 10, 20),
origin='lower', zorder=1, interpolation='nearest')
fig.colorbar(im, ax=ax)
ax.set_title('An Image', size=20)
plugins.connect(fig, plugins.MousePosition(fontsize=14))
mpld3.show()
mkt = '^GSPC'
MKT = (web.DataReader([mkt,'^VIX'], 'yahoo', start, end)['Adj Close']
.resample('MS') # month start b/c FED data is month start
.mean()
.rename(columns={mkt:'SPX','^VIX':'VIX'})
.assign(SPX_returns=lambda x: np.log(x['SPX']/x['SPX'].shift(1)))
.assign(VIX_returns=lambda x: np.log(x['VIX']/x['VIX'].shift(1)))
data = (web.DataReader([f1], 'fred', start, end)
.join(MKT, how='outer')
.dropna())
p(data.head())
p(data.info())
msno.matrix(data)
# 取样.
x, y, z = numpy.mgrid[-50:50:100j, -50:50:100j, -10:60:70j]
u, v, w = lorenz(x, y, z)
fig = mlab.figure(size=(400, 300), bgcolor=(0, 0, 0))
# 用合适的参数画出轨迹的流动.
f = mlab.flow(x, y, z, u, v, w, line_width=3, colormap='Paired')
f.module_manager.scalar_lut_manager.reverse_lut = True
f.stream_tracer.integration_direction = 'both'
f.stream_tracer.maximum_propagation = 200
# 提取特征并绘制
src = f.mlab_source.m_data
e = mlab.pipeline.extract_vector_components(src)
e.component = 'z-component'
zc = mlab.pipeline.iso_surface(e, opacity=0.5, contours=[0, ],
color=(0.6, 1, 0.2))
# 背景设置
zc.actor.property.backface_culling = True
# 图片展示
mlab.view(140, 120, 113, [0.65, 1.5, 27])
mlab.show()
运行结果(其实是动态的很炫,就是文件太大了)
row[1] = float(row[1]) if row[1] is not None else None
chart = leather.Chart('Data from CSV reader')
chart.add_bars(data, x=1, y=0)
chart.to_svg('csv_reader.svg')
运行结果:
在 Python 中,将数据可视化有多种选择,因此何时选用何种方案才变得极具挑战性。
如果你想做一些专业的统计图表,我推荐你使用Seaborn,Altair;
数学,科学,工程领域的学者就选择PyQtGraph,VisPy,Mayavi2;
网络研究和分析方面,NetworkX,python-igraph会是一个不错的选择。
地理投影就选geoplotlib,folium;
评估数据缺失就选missingno;
有了HoloViews再也不用为高维图形犯愁;
如果你不喜欢花俏的修饰,那就选择Leather。
如果你是一名新手但有MATLAB基础,matplotlib会很好上手;有R基础的就选ggplot;
如果你是新手或懒癌晚期者,Plotly将会是一大福音,它提供了大量图表集可供你选择与使用。