声子是固体物理中的一个重要概念,它提供了使用大量重要性能的方法,例如比热、热膨胀、热传导、电子-声子相互作用、电阻系数和超导电性等。密度泛函理论(DFT)方法能预测这些性能,CASTEP提供了必要的功能。在点阵动力学计算中有两种主要的方法:密度泛函微扰理论(DFPT)和有限位移方法。第一种方法通常比较快速并且更加精确,但是它的执行是有问题的,并且受到一系列的限制。目前,在CASTEP中DFPT只能用于具有fixed occupancies(绝缘体)、没有自旋极化并且只能对norm-conserving赝势使用。这样,对广泛的材料种类 (包括磁性材料和金属),声子计算只能通过采用有限位移算法来执行。
注意:本教程中的计算对CPU时间和内存需求方面的要求很高。
在本教程中,将学习如何使用CASTEP来执行有限位移运算以获得磁性金属的声子散射和态密度。
1. 优化Fe晶胞的结构
从输入Fe的结构开始,它包含在Materials Studio提供的结构库中。
从菜单栏选择File | Import...,定位到Structures/metals/pure metals并选择Fe.msi。
通过将晶胞转化为原胞通常能减少计算时间。
从菜单栏选择Select Build | Symmetry | Primitive Cell。
显示Fe原胞。
现在使用CASTEP 优化Fe的几何结构。
从工具栏选择CASTEP工具,然后选择Calculation,或者从菜单栏选择Modules | CASTEP | Calculation。
显示CASTEP Calculation对话框。
在Setup选项卡上,将Task从Energy改为Geometry Optimization,设置Quality为Medium,设置Functional为LDA。选中Spin polarized复选框,取消选择Use formal spin as initial。设置Initial spin值为2。
LDA/CA-PZ局域交换关联泛函被认为是可获得的最准确的描述之一,将initial spin值设为2是因为我们正在模拟铁磁性的Fe晶体。
几何优化的默认值不包含晶胞的优化。
点击More...按钮,在CASTEP Geometry Optimization对话框上,选中Optimize cell,关闭对话框。
选择Electronic选项卡并设置Pseudopotentials值为Ultrasoft。
选择Job Control选项卡,为job选择Gateway位置并设置Runtime optimization为Memory。
点击More...按钮,打开CASTEP Job Control Options对话框,在Live updates区域取消选择所有选项,关闭对话框。
点击Run按钮启动job。
2. 计算声子散射和声子态密度(DOS)
为了计算声子散射和声子态密度,必须执行单点能量计算,并为计算选择适当的性能。
确保Fe CASTEP GeomOpt目录中的Fe.xsd是活动文档。
在CASTEP Calculation对话框上选择Setup选项卡,并设置Task为Energy。
在Properties选项卡上,选择Phonons复选框,选择Both 选项以选中态密度和散射。取消选择Calculate LO-TO splitting,将Method选为Finite displacement。
纵向光学横向光学(LO)劈裂不能对金属进行计算,因为它们在Γ-point是相同的。有限位移方案被设计用于金属和自旋极化系统(以及为那些具有高效超软势能的系统)。对铁磁性Fe这是理想的计算声子势能的方法。
点击More...按钮,显示CASTEP Phonon Properties Setup对话框。确保Method为Finite displacement。设置Supercell defined by cutoff radius值为3.6 Å。将Dispersion和Density of states的Quality值都设置为Fine。关闭CASTEP Phonon Properties Setup对话框。
注意:Cutoff radius的选择对有限位移运算是至关重要的参数。当使用较大的cutoff radius值时精度较高,因为这时考虑了更多的近邻。然而,随着该值的增加,计算时间增加的非常迅速。出于实际原因,在本教程中,对该参数选择了较小的值。声子频率的收敛作为cutoff radius的函数在执行有意义的实验计算时应该被研究。
选择Job Control选项卡并为计算选择Gateway。
点击More...按钮,打开CASTEP Job Control Options 对话框并选中所有Live updates选项,关闭对话框。
点击Run按钮。
Job被提交并开始运行。一个叫做Fe CASTEP Energy的新目录被建立在Fe CASTEP GeomOpt目录中。当能量计算结束时,新的结果文件被放置在该目录中,包括Fe_PhonDisp.castep和Fe_PhonDOS.castep。
3. 显示声子散射和态密度
从Materials Studio菜单栏选择Modules | CASTEP | Analysis,从性能列表中选择Phonon dispersion,确保Results file选择器显示Fe_PhononDisp.castep。
从Units下拉列表选择cm-1,从Graph style下拉列表选择Line。
点击View按钮。
一个新的图表文件-Fe Phonon Dispersion.xcd被建立在结果目录中。它看起来如下图所示。
声子散射的实验值如下图所示。
总体来说,计算的精度是可以接受的。可以通过用更大的cutoff radius值运行计算来得到与实验结果之间更好的一致性。
现在生成声子态密度曲线。
从Materials Studio菜单栏选择Modules | CASTEP | Analysis ,从性能列表中 选择Phonon density of states,确保Results file选择器显示Fe_PhonDOS.castep。
设置DOS display为Full,点击More... 按钮,打开CASTEP Phonon DOS Analysis Options对话框,选择Interpolation作为Integration method,设置Accuracy level为Fine。点击OK按钮。
在CASTEP Analysis对话框上点击View按钮。
建立了一个新的图表文件-Fe_PhonDOS Phonon DOS.xcd。如下图所示。
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声子是固体物理中的一个重要概念,它提供了使用大量重要性能的方法,例如比热、热膨胀、热传导、电子-声子相互作用、电阻系数和超导电性等。密度泛函理论(DFT)方法能预测这些性能,CASTEP提供了必要的功能。在点阵动力学计算中有两种主要的方法:密度泛函微扰理论(DFPT)和有限位移方法。第一种方法通常比较快速并且更加精确,但是它的执行是有问题的,并且受到一系列的限制。目前,在CASTEP中DFPT只能用于具有fixed occupancies(绝缘体)、没有自旋极化并且只能对norm-conserving赝势.
如果有交点,那就是交点后的数据一致,那就是呈现y型
取两者的短链为参考链,快进到一样长度(初始指针不动,等待len1-len2后再动),如果ptra = ptrb就是有共同节点(排除nil)
2.如何判断一个单链表有没有环, 并找出入环点
三指针,ptr1以一格一跳;ptr2以两格一跳,
如果有环,必定在ptr1跑完所有节点前和ptr2相遇,
如果有相遇,这时ptr3指向链表头,同时移动ptr1和ptr3,
在本教程中将检验CO分
子
在Pd(110)晶面的吸附,Pd表面在多种催化反应中发挥了至关重要的作用。理解分
子
如何与这样的表面相互作用是理解催化反应的第一步。在本例中,密度泛函理论(DFT)模拟能促进这一理解,可以解决以下问题:分
子
吸附在何处?多少分
子
会吸附在表面上?什么是吸附能?吸附结构如何?吸附机制是什么?
我们将关注一个吸附位-短桥位,因为它是已知的能量优先位置。覆盖率也是固定的(1ML)。在1ML的覆盖率下,CO 分
子
会彼此排斥,这会防止CO分
子
准确地垂直于表面。通过考虑(1x1)和(2x1)表面原.
抱歉,我之前的回答有误。在
CASTEP
模块
中,确实没有"Single Point"任务类型选项。请忽略我之前的回答。
在
CASTEP
中,要
计算
材料的表面能,你可以选择"Geometry Optimization"(几何优化)任务类型。这将通过优化原
子
位置来找到材料的平衡结构,并
计算
其表面能。
在"Task"选项卡中,选择"Geometry Optimization"任务类型后,你可以勾选"Energy"选项来
计算
能量。在
计算
完成后,你可以从
CASTEP
的结果中获取表面能的数值。
请注意,具体的操作界面和选项可能会因
CASTEP
版本的不同而有所变化。建议你参考
CASTEP
的官方文档或用户手册来获取更详细的操作指南,并根据你的具体情况进行相应的参数设置。