linux编译lammps (intel mpi) + Voronoi + Colvars package的安装_lammps colvars_ccjjww25的博客

2021-12-23 By Junwu Chen at IPE, Beijing

随着时间的变更，lammps版本提升、编译器更新等原因，本教程可能不会完全适用

1. 下载lammps最新稳定版源码包（可自行下载需要的版本的源码包: 官方 ; github ）

wget方式下载（网络等问题可自行下载后上传服务器）：
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz --no-check-certificate
tar -xzf lammps-stable.tar.gz
2. 安装编译lammps
 
编译环境加载: 
Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载，如我组服务器为： 
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh
高版本GCC加载(如v_7.5.0，此处采用module方式加载)，因为makefile是由GNU make编写 
module load GCC/7.5.0
进入lammps安装目录: 
cd lammps-29Sep2021/src/
选择需要安装的package： 
选择安装其它的包(如不需要，跳过此步) 
如：make yes-kspace yes-manybody yes-molecule 
或：make yes-all && make no-lib && make no-ext （！推荐，本教程采用！） 
对于老版本： make yes-std && make no-lib 
相关命令，详情见官方手册： 
make yes-all            # install all packages
make no-all             # uninstall all packages
make yes-basic          # install a few commonly used packages'
make no-basic           # remove a few commonly used packages'
make yes-most           # install most packages w/o libs'
make no-most            # remove most packages w/o libs'
make yes-lib            # install packages that require extra libraries
make no-lib             # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext            # install packages that require external libraries
make no-ext             # uninstall packages that require external libraries
make package-status     # show which packages are currently installed
make ps                 # show which packages are currently installed
make package-installed  # show which packages are currently installed
make pi                 # show which packages are currently installed
注意：有些软件包需要其它库依赖，无法安装，详情见官方手册 
Voronoi package的安装
 采用官网手册中的Traditional make方法 
make lib-voronoi                          # print help message
make lib-voronoi args="-b"                # download and build the default version in lib/voronoi/voro++-<version>
make lib-voronoi args="-p $HOME/voro++"   # use existing Voro++ installation in $HOME/voro++
make lib-voronoi args="-b -v voro++0.4.6" # download and build the 0.4.6 version in lib/voronoi/voro++-0.4.6
注意：下载voro+±0.4.6可能会网络出错导致lib/voronoi/Install.py脚本运行报错，此时自行下载并上传服务器并修改lib/voronoi/Install.py脚本。
 voro++下载网站: http://math.lbl.gov/voro++/download/
 voro+±0.4.6下载网址: http://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro++-0.4.6.tar.gz 
下载完将安装包上传至lammps-29Sep2021/lib/voronoi目录下
注释Install.py脚本中的79行geturl(url, vorotar)
 
进入lammps-29Sep2021/src/目录 
make lib-voronoi args="-b -v voro++0.4.6"
make yes-voronoi
Colvars package的安装
 采用官网手册中的Traditional make方法 
make lib-colvars args="-m mpi"
make yes-colvars
开始编译(src/目录下)： 
make -j 12 intel_cpu_intelmpi
其中的12代表用12核cpu并行编译，若之前编译过或编译失败过，请在正式编译前运行make clean
                                    linux系统下make方式安装lammps时，需要使用“make yes-包名称”的方式选择需要的包，如“make yes-MANYBODY"。在这个目录里，有个Install.py文件，运行这个文件会自动下载并编译安装Voro++库文件,前提是系统内已经装好python。但voronoi包不同于常规包，必须在make命令之前先进行下载和编译。
                                    COLLECTIVE VARIABLES MODULE: Reference manual for LAMMPS
(‘collective variable’ shortened to colvar)
This manual documents the collective variables module (colvars), a portable software that interfaces
multiple MD simulation simulation programs, with a focus on flexibility, robustness and high performance.
本文介绍如何使用lammps命令计算单原子的体积。
lammps提供了compute voronoi/atom命令计算单原子体积。
基本原理可参考voronoi算法，根据voronoi算法，把单个原子所占据的空间划分为一个多边形，也称为泰森多边形，多边形的体积即为该原子的体积。
命令例句：
compute 1 all voronoi/atom
该例句共输出两个计算结果，第一个结果为单原子的体积，第二个结果为该原子多面体的面数，也可以理解为相邻原子的数目。
因此，引用单原子体积时，直
                                    1.LAMMPS简介   LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数，并且LAMMPS有良好的并行扩展性，适合大型HPC集群下的并行运行。2.安装环境需求1、硬件环...
运行你安装目录下的intel64/bin/mpivars.sh脚本（配置mpi environment）  
打开host文件：cat ./hosts  
并向host文件中写入所有mpi节点名称  
下面是intel提供的一个例子：$ cat ./hosts 
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clusternode1