MIMIC数据提取教程 - 提取患者首次入ICU数据

一、提取患者首次入ICU信息

思路：

1. 患者入ICU信息存储在mimic_icu.icustays表中，intime为患者入ICU的时间。我们的思路是根据患者的subject_id分组 （分组SQL我们一般使用：group by 或者 partition by ）
2. 然后以intime升序排序，看每行记录对应的是该患者第几次入ICU，
3. 最后取第一次入ICU的，即为首次入ICU信息。

比如233患者三次入ICU，我们需要根据入ICU时间intime从小到大生成排名，也就是入ICU顺序

这里stay_id 410这条就是患者233首次入icu的信息

为了实现这个思路，我们需要用到row_number()排名函数，用SQL实现如下

这个SQL的意思是：以subject_id分组，每组以intime从小到大排序，生成排名，比如该subject_id下最小的intime所在的这一行，排名设为1。

• 按照subject_id分组: partition by用来对表分组，在这个例子中，所以我们指定了按“subject_”分组（partition by subject_id）
• 按intime排名: order by子句的功能是对分组后的结果进行排序，默认是按照升序（asc）排列, 在本例中（order by intime）是按intime这一列排序，加了desc关键词表示降序排列。
  

通过下图，我们就可以理解partiition by（分组）和order by（在组内排序）的作用了。

接着，我们需要从这个查询的结果中取stay_order=1的，那么如何从这些查询结果中再查询数据呢？有很多种方式都可以实现，比如将上述查询的结果创建成表、物化视图、或者用子查询，这里介绍一个比较优雅的常用的方案，with子句。

with可以将查询结果作为一个临时表，供后续查询复用该临时表，这样可以将复杂的大型查询分解为多次简单查询

用SQL实现提取首次入ICU信息：

WITH stay_order_view AS (
        SELECT
                subject_id,
                hadm_id,
                stay_id,
                intime,
-- 以subject_id分组, 每组以intime从小到大排序（默认升序），生成排名
                ROW_NUMBER ( ) OVER ( PARTITION BY subject_id ORDER BY intime ) AS stay_order 
                mimiciv_icu.icustays