导读

很多程序输出的fasta序列每60个碱基会换一次行，下面是一个去除碱基序列后的换行符的方法。

cat test
# 一个随便写的文件
>sequence_1
>sequence_2
二、去换行符：python
脚本：python3
#!/usr/bin/env python3
import os
import sys
import re
ms, infile, outfile = sys.argv
with open(infile) as f:
    Dict = {}
    for line in f:
        if line[0] == ">":
            key = line.strip()
            Dict[key] = []
        else:
            Dict[key].append(line.strip())
with open(outfile, 'w') as o:
    for key, value in Dict.items():
        o.write("{}\n{}\n".format(key, ''.join(value)))
运行：python3
python3 trim_enter.py test test2
结果：python3
>sequence_1
AAAAGGGGCCCCTTTT
>sequence_2
aaaaggggcccctttt
三、去换行符：shell
运行：shell单行命令
awk '!/^>/{printf "%s", $0; n="\n"}/^>/{print n $0; n=""}END{printf "%s", n}' test > test2
在不以>开头的行中，打印不带换行符的行，并存储一个换行字符(在变量n中)以供以后使用。

在以>开头的行中，打印存储的换行字符(如果有的话)和该行。

重置n，以防这是最后一行。如果需要，以换行结束。
结果：shell
cat test2
# 随便看看结果
>sequence_1
AAAAGGGGCCCCTTTT
>sequence_2