朋也毕业后搬出了自己的家，与智代共同租住在一间公寓中，鹰文也加入了他们的生活。朋也在当地的回收中心找到一份工作，智代则继续着自己的学业，并负责照顾大家的生活起居。智代的心愿已经实现，每天经历的都是轻松有趣的日常，然而迎接他们的是最初，又是最后的夏天 。鹰文带回来了一位名为とも（小智）的小女孩，实际上是他的父亲，曾经在外和名为三岛有子的女人的私生女，即智代和鹰文同父异母的妹妹，她想要来寻找自己的亲生父亲。为了防止とも的存在威胁到坂上家的和平，智代和朋也在鹰文的建议下假扮为夫妻暂时将此事蒙混过去，而喜爱小孩子的智代很快和とも建立了亲密的「母女」关系。之后智代从とも的幼儿园老师口中得知とも可能已经被遗弃，考虑到自己的父母不可能接纳她，智代选择让自己和朋也为とも塑造一个新家，直到找到她的母亲为止 。
后来，河南子坦言道自己在智代的生活圈子中找到了家庭般的和睦感觉而获得了救赎。就这样，众人在欢笑和泪水中度过了一个难忘的夏天 。とも的母亲有子写信来请求索取とも的照片后又很快离去，为了问清楚有子的想法并帮とも找回母亲，智代等人通过种种渠道，找到了有子目前的所在地，发现当地只是一个十分荒凉的小村庄。有子表示如今身患绝症的自己只得以将女儿托付给她的父亲而自己将默默离去 。
智代为とも即将面对的残酷命运感到无能为力，朋也建议有子让とも和她一起度过余生，并为了让村子燃起对未来的希望，准备自行为とも修学校。不忍心让とも经历生离死别的智代对朋也的想法提出了质疑，两人的意见产生分歧，拒绝帮忙修学校的智代独自离去，迷茫的她一天比一天接近崩溃的边缘，朋也只能拜托河南子每天跟随并照顾智代，然后用实际行动说服她 。
某个雨日，朋也在垃圾堆里摔倒后让后头部受到不可估量的重伤。之后，在河南子的号召下，智代在犹豫之下也和其余村民们共同加入了修建学校的队伍，并在夏季的尾声完工 。
とも来到村庄，留在自己亲生母亲的身边，陪她走过最后一程。此时，身着熊装的智代出现在了とも的面前，将一顶用花朵做成的花冠送给了她，表示了自己对她的祝福，祈祷她永远坚强 。朋也因为修学校时发生的事故而留下了脑部的后遗症，某日突然倒下的朋也在醒来后不再认识众人，脑海中只有自己曾经是篮球队成员的记忆，而智代照顾他康复期间无论如何都无法唤起他的记忆。之后，朋也被医生确诊为脑血肿，声称可能出现各种并发症。
尽管深受打击，智代抱着治愈几率不会是零的心态和鹰文、河南子一起为恢复朋也的记忆做了很多事情，却都是徒劳无功，这样 的日子每天都在重复着，一过便是三年。而鹰文和河南子却没有坚持下去，逐个离开了这个小镇，公寓中只剩下智代一人 。
三年中，智代一直重复着相同的事情——每10天朋也便会莫名地头痛，醒来之后便会失去之前的所有 记忆。每次的开始，智代便会告诉朋也两人是情侣，然后带着朋也走遍许多地方——他们曾经相识和相恋的场所，以及一切留下过难忘记忆的地方。
智代耐心地为朋也讲述他们的故事，以及朋也自己的曾经。但朋也始终只能用一个旁观者的身份去聆听 智代的讲述，无法体会到她的情感，到最后只能对智代说一声「谢谢你」，10天之后，便又是莫名的头痛和失忆，一切都归于零。
无数次的循环几乎要击垮智代的精神，想要忘记朋也，放弃一切，因此变得空虚寂寞，几经挣扎后的她还是选择了不再逃避，继续漫无止境地帮助朋也恢复记忆，并一直照顾着他的身体。终于在第三年的某一天里，朋也开始为眼前的少女感到心痛，对她说出了“喜欢你”，而这正是智代一直以来所等待的告白 。智代和朋也的父亲冈崎直幸交流后认为，永远失去朋也比面对没有记忆的他更加难以接受，所以在此之前一直放弃了成功率不足一半的手术。而如今的朋也却同样想要回忆起曾经的爱，两人决定接受手术，同时朋也向智代提出了结婚。智代向直幸报告了朋也将要接受 手术和他们结婚的消息，并为朋也讲述了之前一直回避的有关父子的往事，解决了父子两人曾经的矛盾 。
最后的夜晚，两人相互托付了心愿，朋也希望，不论前方等待着他们的，是什么样的结局，智代都要坚强地继续自己的人生。手术的结果并不顺利，但成功取回了朋也的记忆。此时的智代已经不再害怕，带着爱的记忆陪伴着朋也走过了剩下的日子。大海边，晚霞之下，两人走过了最后一程 。 智代以林中的熊宝宝的署名记录了最后的故事以及对人生的感叹，并将拯救同样生活在苦难和困扰中人们，作为了自己今后生存的意义。她鼓励着所有对生活绝望的人继续前行，直到找到属于他们自己的「人生的宝物」。
很多人纠结于《智代After》的结局，也就是朋也是否死亡。在PC版中朋也在手术取回记忆后不久死亡留下智代一人。而她的ED歌词是最好的证明，即使世上只剩下孤独的我，也不会忘记曾经的感动，孤身一人也能继续前行，怀抱希望，走向遥远的彼方，轻唱着我们谱写的歌曲，怀想着我们共绘的蓝天，即使已经无法共同前行。未来依然在我的脚下。《智代After》的片尾歌《Life is like a Melody》所讲述的正是智代的心声，以及对不再回来的朋也所寄去的思念。
虽说由于结局的不尽人意，导致后传被批的体无完肤，玩家怨声载道，特别是在很多人都认为新世代，特别是阿宅一族，自私懒惰，目光狭窄，与世无争，自暴自弃的时候，跟他们说这件事无异于商业自杀。但笔者认为，这无疑是麻枝准最巅峰的作品之一了。
突然想起海明威在《老人与海》中的那句话：一个人并不是生来要给打败的。你尽可以杀死他，可就是打不败他。 从收留とも并许诺她一个全新的生活，到击退骚扰滋事的混混，以及让鹰文与前女友河南子冰释前嫌，再到后来朋也执意为了让村子燃起对未来的希望，兴师动众修建学校而不幸遭受重伤……生活一次又一次地在刁难着这一家人，而主人公朋也却一次又一次地迎难而上，尽可能地发光发热，用乐观积极的态度，用「爱」这一强大的武器回击着残酷的生活。以至于原本消极的智代也受到了鼓动，从一个依赖性很强的小女人，在看到自己的爱人如此坚强地面对现实，又历经3年「从零开始」式的无限循环后，终于看开、看破、看透了生活的本质，蜕变为一位有责任，有担当的成熟女性。
世界上只有一种真正的英雄主义，那就是认清生活的真相后，还依然热爱生活。麻枝准创作此篇外传的用意正如罗曼·罗兰所说的那样，无不是在兢兢业业地，甚至有点不自量力地想要去劝服日本新一代，认识到「爱」与「希望」的力量，不计得失地加入到新社会的建设中来，加入到努力实现人生目标的人的行列中来。拥有这种社会责任感的游戏作者，在这个略显浮躁的世界大环境之中，又有能几个呢。
而这整套的娓娓劝导，其实对很多人也有不可忽视的启示意义。我们所遇到的问题，跟当年日本很相似，但在程度上却有过之而无不及。特别是丧文化风行的今天，「努力不一定有回报但不努力一定很爽」，「道理都懂却做不到」，诸如此类的负能量言论招摇过市，这种近乎病态的虚无主义在大众共鸣的推波助澜之下肆意横行。
