单细胞分析之转录因子分析（pyscenic)

pySCENIC是SCENIC管道(单细胞调控网络推断和聚类)的快速python实现，使生物学家能够从单细胞RNA-seq数据推断转录因子，基因调控网络和细胞类型。

首选，创建conda虚拟环境

conda create -n pyscenic python=3.9

从github上下载pyscenic

git clone https://github.com/aertslab/pySCENIC.git
cd pySCENIC

安装依赖包

pip install -r requirements.txt

安装pyscenic

python setup.py install

这样就安装ok了

接下来根据需要分析的物种下载转录因子相关数据库

转录因子列表

wget https://github.com/aertslab/pySCENIC/blob/master/resources/hs_hgnc_tfs.txt
wget https://github.com/aertslab/pySCENIC/blob/master/resources/mm_mgi_tfs.txt

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