Notebooks

Bio-OS的交互式分析环境集成了Jupyter Notebook.
Jupyter Notebook是一个开源分析环境，您可以在其中通过交互式分析和可视化效果实时了解研究数据。您可以导入数据——包括存储在云中的已处理基因组学、表型和转录组学数据——并使用 R 或 Python 中的自定义或预建库进行分析。
Jupyter Notebooks 环境可供新手使用，并具有可移植性和可重复性。Notebooks以易于理解和分享的形式将分析方法和发现结合在一个地方。作为传统科学论文的逻辑演变，Jupyter Notebook极大地缩短了阅读分析完成方式和实际重现分析之间的路径。很难夸大这个概念的强大程度以及Notebooks对计算科学中发现的可重用性和可重复性的影响。

切换运行配置

Notebook支持切换Notebooks的运行资源，可以切换应用配置以及资源配置。应用配置主要是选择启动的默认镜像，资源配置则可以选择资源规格。

1. 点击【运行资源配置】

2. 选择应用配置和资源配置

3. 点击更新环境（如果当前Notebook实例已经启动，点击更新环境将会删除实例并重新启动）

应用配置

当前提供三个预设的镜像：datascience、GATK以及Bioconductor。
Datascience镜像为平台提供的最基础镜像，仅包含一些数据科学的常用工具
GATK镜像中包含GATK4.2.6.1、Python3.7.12和R4.1.3。 GATK 是用于分析高通量测序数据的工具的集合，可用于变异发现。另外镜像中还包含生物信息分析中常用的Python和R包分析工具。
R/Bioconductor镜像中包含Python和R工具包之外还包含Bioconductor，Bioconductor是建立在R语言环境上的，用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集，由一系列R扩展包组成。

资源配置

资源配置可以选择三挡资源类型，分别为最小资源、默认资源、以及较大资源。您可以按照需求选择所需要的资源启动Notebook。启动Notebook会在集群中申请对应的资源用量进行启动。

存储配置

Notebooks中默认使用ebs弹性快存储，但是您也可以使用对象存储作为存储对象，当您想要在Notebook中直接读取在工作流的输出结果，可以打开存储配置，并完成密钥配置（密钥主要是为了允许Bio-OS访问您的对象存储桶）后，即可在Notebook中直接读取当前Notebook所在Workspace对应的对象存储桶。

注：目前仅有专属集群中的VKE集群支持Notebooks使用对象存储，共享集群暂不支持。

• 密钥配置

1. 点击【集群管理】-【专属集群】-【密钥配置】

2. 输入Access Key 和Secret Access Key后点击确定

3. Notebook运行配置中打开【存储配置】，点击【更新环境】

4. 编辑Notebook之后，在左侧文件列表中会出现 tos_data 文件夹，即为当前Workspace绑定的tos对象存储桶

创建新的Notebook

1. 点击新建Notebook，并输入名称和选择语言。目前支持的语言有Python和R语言。

2. 点击右侧编辑按钮可以对notebook进行编辑。
   
3. 在 notebook 中运行代码单元的方法有以下三种：

   1. 选择单元格并按键盘上的 Shift + Enter （您的键盘可能会显示“return”而不是“enter”）。

   2. 单击菜单栏中的运行图标。

   3. 使用Cell 下拉菜单中的适当命令。

代码单元如何运行？

当您运行代码单元时，Jupyter计算内核将读取代码，并将这些指令传递到运行Jupyter的实际操作系统（例如 Python、R），并检索结果以在笔记本中显示它们。 当命令运行时，命令的输出日志出现在代码单元的正下方。
如果单元格中的代码与内核的语言不匹配，则应用程序计算将返回错误。如果未指定输出，则通过注意单元格左侧方括号 [ ] 中的数字，您将知道代码已成功执行。

如何知道代码是否执行

首次启动笔记本时，每个代码单元左侧的方括号为空 []，表示这些单元在此会话期间尚未运行。括号 [*] 中的星号表示单元正在运行。一旦命令被执行，星号将被一个整数代替，该整数表示自内核启动以来执行的命令数。您可以多次执行同一个单元格，或在一个单元格中执行多条命令。

如果您通过转到下拉菜单单元格>所有输出并选择“清除”来清除输出，则整数括号将再次被空括号替换。但是，如果您重新启动内核，整数计数只会重置为零。

如何在Markdown单元格中编辑内容

Notebook不仅能进行python或者R语言代码运行，单元格也支持编辑Markdown格式的内容，首先请将单元格类型切换到Markdown，如下图所示。然后请双击要编辑的单元格。