rm(list = ls()) dir="D:/R/project/project1/scRNA_dataset/阶段性红细胞为人类红细胞生成/GSE214810_RAW/" list.files(dir) #运行log "barcodes.tsv.gz" "features.tsv.gz" "matrix.mtx.gz" counts <- Read10X(data.dir = dir) class(counts) #[1] "dgCMatrix" #attr(,"package") #[1] "Matrix" scRNA <- CreateSeuratObject(counts = counts) scRNA

在R语言中将seurat格式文件，转换为csv格式

library(Seurat)
library(tidyverse)
#write.csv(t(as.matrix(文件名@assays$RNA@counts)),file = csv文件路径)
write.csv(t(as.matrix(scRNA@assays$RNA@counts)),file = 'D:/V/pythonProject2/02.csv')
在python中将seurat格式的文件转换为loom，方便在pySCENIC中使用
 
import os
import sys
import loompy as lp
import numpy as np
import scanpy as sc
import pyscenic
os.getcwd()
os.listdir(os.getcwd())
x = sc.read_csv(r"D:\V\pythonProject2\02.csv")#csv文件路径
row_attrs = {"Gene": np.array(x.var_names), }
col_attrs = {"CellID": np.array(x.obs_names)}
#lp.create(loom格式文件名, x.X.transpose(), row_attrs, col_attrs)
lp.create("02.loom", x.X.transpose(), row_attrs, col_attrs)
 
                    在python中将seurat格式的文件转换为loom，方便在pySCENIC中使用。在R语言中将seurat格式文件，转换为csv格式。使用seurat包，生成SEURAT格式的文件。
SCENIC（单细胞重组网络推断和聚类）是一种从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型的计算方法。
 该方法的描述和一些使用示例可在《。
 当前在R（此存储库）和Python中有SCENIC的实现。 如果您不太喜欢使用R，我们建议您检查一下SCENIC（其中包含Nextflow工作流程）和Python / Jupyter笔记本，以轻松运行SCENIC （强烈建议您批量运行SCENIC或更大的数据集）。 然后，可以在R，Python或SCope（Web界面）中浏览任何实现的输出。
 有关在R运行SCENIC的更多详细信息和安装说明，请参阅以下教程：
 这些示例的输出位于：  :
 常见问题：
2021/03/26：
2020/06/26：
 该SCENICprotocol包括Nextflow工作流程，并pySCENIC笔记本现在正式发布。 有关详细信息
计算全国各省的质心—打开XZQ的属性表—添加两个双精度类型的字段X,Y
采用Join方法将全国各省的GDP数据连接到XZQ属性表中—导出属性表txt文本
以GDP为权重计算个年份各省坐标的加权值—计算各年份国权质心坐标
质心上图—文件—添加数据—添加X,Y坐标—选择质心表，并指定X,Y字段分别为CenterX,CenterY—确定—将质心图层转换为shp文件—为质心点设置标签—生成质心移动路线—点到线—分析工具—领域分析—近邻分析
实验5缓冲区分析和叠加分析
生成垃圾填埋场的缓冲区—缓冲
项目地址:https://gitcode.com/aertslab/SCENIC
SCENIC是一个全面的、基于R语言的生物信息学工具包，它旨在帮助研究者揭示细胞中基因表达的调控网络。通过对单细胞RNA测序数据进行分析，SCENIC能够预测转录因子与靶基因之间的相互作用，并构建出细胞内复杂的基因调控图谱。
技术分析
SCENIC的核心算法基于两...
                    非常感谢博主的及时回复，解答了我几天的困惑。我们都在尝试为不同的机器学习计算SHAP值。
其次，这是个非常有价值的解决方法。如果不是博主的解答，许多人大概率会和我一样做许多弯路：
如果使用网上的shapper包，发现会报错（原理似乎是和Python有关，因为它会提示你配置py 的shap包，没错就是所有分析的源头），总之我想复现R help 上面的例子还是同样的错误————Error in as.data.frame.default(new_data) : 
  RuntimeError: cannot coerce class ‘c("numpy.ndarray", "python.builtin.object")’ to a data.frame
我能力有限还处理不了。
最后博主提示我安装 R ibreakdown包之后，就顺利解决了。我个人猜测，这个包也含有shap函数。
我还发现DALEX 包也有个函数shap_ 能提供一些统计值，但不完全一样，给大家参考。
最后，博主解决了GPT毫无办法的问题，感谢感谢~
                SCENIC分析（三）
                    fern01: 
                    您好，想请教一下，我用的hg38,运行initializeScenic这一步的时候报错，说hg19的文件找不到，怎么解决呀
                SCENIC分析（三）
                    CSDN-Ada助手: 
                    恭喜用户持续创作，并发布了第三篇博客！标题为“SCENIC分析（三）”确实引人入胜。您在前两篇博客中对SCENIC分析进行了深入解读，我很期待能够阅读到这篇的内容。
在下一步的创作中，或许您可以考虑进一步探索SCENIC分析的实际应用领域，或者分享一些与该方法相关的案例研究。这样一来，读者们可以更好地理解并应用这一分析方法。当然，这只是一个建议，希望能对您的创作有所帮助。再次恭喜您，期待您后续的博客！
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