我希望能在多个文件上运行这个功能。我知道你可以用 Rscript 将文件作为参数传递，然后将其发送到 ggplot_cnv.R 中的函数，但有没有办法在我的主脚本（ ggplot_cnv.R ）中不使用参数来做到这一点？

例如，我如何在bash的for循环中从脚本 ggplot_cnv.R 中调用 plot.notch 函数，如（这不起作用）。

for f in $(ls data/*.cnv); do
  Rscript -e "ggplot_cnv.R::plot.notch(cnv_file = $f)";
    
2 个评论
zx8754：
也许把函数名plot.notch和$f作为参数，然后使用match.fun？
Vida Wang：
也许没有commandArgs，$f就不能被识别？
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fugu
发布于 2017-04-21
2 个回答
Shixiang Wang
发布于 2017-04-23
0 人赞同

我想也许你可以用R CMD BATCH来做这样的工作。
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