是的，云效流水线支持多模块 Maven 工程。您可以将整个工程作为一个代码仓库，并使用 Maven 的多模块功能来组织和管理不同的 Spring Boot 应用。

以下是如何配置流水线以实现每个服务的单独构建和部署的一般步骤：

1. 在云效中创建一个流水线，并将整个多模块 Maven 工程连接到该流水线。
2. 针对每个 Spring Boot 应用，创建独立的构建阶段（Build Stage）和部署阶段（Deploy Stage）。可以使用云效提供的任务插件或自定义脚本来实现这些阶段。
3. 在构建阶段中，配置 Maven 命令以编译、打包和发布当前应用的可执行 JAR 或 WAR 文件。您可以在 Maven POM 文件中指定要构建的模块，或者在构建命令中使用 -pl 参数指定特定的模块。
4. 在部署阶段中，根据具体需求选择适当的部署方式。您可以使用 Docker 构建镜像并将其部署到容器平台，或者直接将可执行 JAR 或 WAR 文件部署到服务器环境中。
5. 重复以上步骤，为每个 Spring Boot 应用配置相应的构建和部署阶段。

通过这种方式，您可以在云效流水线中为每个 Spring Boot 应用设置独立的构建和部署过程，实现每个服务的单独构建和部署。

请注意，具体的配置步骤可能因您的项目结构和需求而有所不同。您可以根据实际情况和云效平台的特点来进行相应的调整和定制。