Python 2.6, 2.7, 3.2 or above, or PyPy 2.0 or above.
A functional MPI 1.x/2.x/3.x implementation like MPICH or Open MPI built with shared/dynamic libraries.
To work with the in-development version, you need to install Cython.
默认已安装有anaconda python 2.7.11
1. openmpi
http://blog.csdn.net/swuteresa/article/details/9405383
1.1 编译器的检查
gcc --version
g++ --version
python --version
1.2.下载(可先cd /opt/目录下再wget)
URL: http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.2.tar.gz
tar xvzf openmpi-1.10.x.tar.gz
cd openmpi-xxx/
1.3.安装openMPI(默认至目录:/usr/local/lib):
./configure
1.4.安装所有需要的文件:
sudo make all install
1.5.添加库共享路径:
sudo gedit /etc/profile
在profile文件的最后加上一行:
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
如果是ubuntu server 则 vi ~/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
使该配置文件生效:
source /etc/profile
1.6.进行测试:
cd openmpi-1.10.2/examples
mpirun -np 4 hello_c
注意:如果是root账户会提示添加 --allow.xxx参数
http://www.mpich.org/downloads/
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.2/mpich-3.2.tar.gz
tar xvzf mpich.xxx.tar.gz
cd mpich.xxx/
./configue
make install
3. Cython
wget https://pypi.python.org/packages/source/C/Cython/Cython-0.23.4.tar.gz#md5=157df1f69bcec6b56fd97e0f2e057f6e
tar xvzf Cython.xxx.tar.gz好像whl在ubuntu server 14下无法安装
cd Cython.xxx/
./configure
如果报错没有 fortran 77 compiler 就安装一个,如果./configure再报fortran 90 compiler不管,
apt-get install fortran77-compiler
./configure
python setup.py install
ipython下
输入import Cython,无错误提示表示成功
ubuntu server 14.04用whl安装有错误提示,用tar.gz即可
wget https://pypi.python.org/packages/source/m/mpi4py/mpi4py-2.0.0.tar.gz#md5=4f7d8126d7367c239fd67615680990e3
tar xvzf mpi4py.xxx.tar.gz
cd mpi4py.xxx/
python setup.py install
ipython下
输入import mpi4py
输入from mpi4py import MPI
均无错误提示,表示安装成功。
此博文包含图片 (2018-11-04 21:37:12)
http://blog.sina.com.cn/s/blog_151391cb60102z0e3.html
标签: it 杂谈 分类: Linux
一、
MPI
多机并行接口协议
MPI
:Message-Passing Interface,“消息传递接口”协议
进程级;分布式存储;显式;可扩展性好;编程复杂
需要分析及划分应用程序问题,并将问题映射到分布式进程集合
需要解决通信延迟大和负载不平衡两个主要问题
集群资源不够起所有insta
在
openmpi
-4.1.5文件中新建文件夹install(也可以叫别的名字,自己定),这样可以让
openmpi
安装
到指定路径里,不然最后
安装
完可能会到处分布。双引号里的内容是
openmpi
安装
的绝对路径,可以右键install->复制,在粘贴到引号里,不用带上括号。2、解压tar.gz(拼文件的时候可以先打几个字母,然后按“Tab”健可进行补全)写完之后,直接摁“Esc”,输入“:”,输入“wq”,即可保存退出。如果显示没有make这个包,就按照提示进行
安装
(一句命令的事儿)。如果没有上锁可以跳过这步。
例如:
mpi
run -n 5 -hostfile hosts --allow-run-as-root -prefix /usr/local/
openmpi
python3 /home/Test.py(此时我选取了5个节点,当然相应的hosts文件也应该修改为只剩下前五行)例如:
mpi
run -n 3 -host master,worker01,worker02 --allow-run-as-root -prefix /usr/local/
openmpi
python3 /home/Test.py。
https://bitbucket.org/
mpi
4py
/
mpi
4py
/src
Dependencies
Python 2.6, 2.7, 3.2 or above, or PyPy 2.0 or above.
A functional
MPI
1.x/2.x/3.x impleme
目录1.
安装
MPICH
2.
安装
JAVA环境3. 下载TAU(及PDT)4. 提取并配置
安装
5. 配置Vs Code或直接使用终端编译运行
本文所使用方法在
ubuntu
16.04
LTS和2020年3月19日最新的20.04LTS每日版本上进行过验证。
TAU (Tuning and Analysis Utilities) Performance System® is a portable pr...
(2)、解压
openmpi
-4.0.5.tar.gz(3)、运行
openmpi
-4.0.5.tar.gz(4)、配置这一行是将其
安装
到 /usr/local/
openmpi
目录下,可以指定为其他目录,如,用户目录下。可以在make后加参数-j8, 表示用8核编译4. 添加环境变量在.bashrc文件中添加下列几行编译执行的命令(如
mpi
cc、
mpi
run)正常使用需要配置一下环境变量:配置环境变量:a. 打开配置文件b. 末尾添加保存后,执行打开新的终端,使环境变量生效。
1.下载
安装
包wget https://www.open-
mpi
.org/software/o
mpi
/v1.10/downloads/
openmpi
-1.10.2.tar.gz2.
安装
依赖插件sudo apt-get install libibnetdisc.dev3.解压缩下载包,至目录/optcp
openmpi
-1.10.2.tar.gz /opt && cd /opt && tar -xvf
ubuntu
16.04
安装
OpenMPI
、
mpi
4py
和torchsparse一、
安装
OpenMPI
1、下载各种文件2、
安装
GCC3、
安装
openmpi
二、
安装
mpi
4py
1、下载
mpi
4py
源文件2、
安装
mpi
4py
三、
安装
torchsparse、torchpack1、下载各种文件2、
安装
sparsehash3、
安装
torchsparse4、
安装
torchpack参考文章
一、
安装
OpenMPI
1、下载各种文件
a. 下载
openmpi
源文件,—> 官网。选择自己想
安装
的版本,这里选择 4.0
mpich
2下用ifort10编译nwchem5.1老是在最后link时出现某些“未定义”错误,试了下
openmpi
(版本1.2.6),似乎是成功了,没有严重的错误提示。一切先用默认模式
安装
openmpi
。<1>Open-
mpi
的
安装
:即 tar -xvzf
openmpi
-xxxx.gzcd
openmpi
-xxxx./configure --prefix=/usr/local/...
1. 下载
openmpi
安装
文件
可以在官网下载
安装
文件
openmpi
-1.10.3.tar.gz
2. 解压并配置:tar -zxvf
openmpi
-1.10.3.tar.gzcd
openmpi
-1.10.3.tar.gz
./configure --prefix="/usr/
openmpi
" FC=ifort F77=ifort CC=icc
可以自行设置
安装
目录和指定相应的编译
安装
openmpi
前需要
安装
一些编译器,确保你已经
安装
了如下工具:gcc,g++,python。可以使用下面的命令测试
gcc --version
g++ --version
python --version
如果出现了版本号则说明已经
安装
了对应的环境。
如果缺少对应的环境,在
ubuntu
环境下使用apt-get
安装
即可
sudo apt-get install g++
如果使用
ubuntu
默认的源可能会出现下面的问题
这时候换一个源应该就能够解决,如使用科大