conda的安装与使用（最新版）-阿里云开发者社区

conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

安装conda

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

conda官网： https://conda.io/miniconda.html

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这里选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新而更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.7了）
安装命令：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行
注意，以前的教程都是教一路yes下来的，但是会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。具体的惨痛教训请参见：
Anaconda is a snake.
所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。
添加清华conda镜像源
添加清华源:（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
显示安装的频道
 conda config --set show_channel_urls yes 
查看已经添加的channels
conda config --get channels
已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
利用conda安装生物信息软件
安装命令:
 conda install gatk
搜索需要的安装包:
提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在
conda available packages
当然, 也可以用这个命令进行搜索
 conda search gatk
安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
 which gatk
如需要安装特定的版本:
conda install 软件名=版本号
conda install gatk=3.7
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
查看已安装软件:
conda list
更新指定软件:
conda update gatk
卸载指定软件:
conda remove gatk
退出conda环境
退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:
. ./deactivate
就退出当前的环境了
创建软件的软链接
跟着命令一路敲到这里的小旁友们估计发现了，现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了，敲命令没法执行了！

怎么办呢！其实只要把安装好的软件软连接到一个处在环境变量里的位置就可以使用了。三步走：
第一步，创建一个文件夹

我一般的习惯是在/home目录下创建一个.soft文件夹
第二步，将这个文件夹添加到环境变量中
export PATH="~/.soft:$PATH"
第三步，软链接
ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/.soft
这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ./bashrc
创建conda环境
之前创建的时候显示的是（base）这是conda的基本环境，有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级，有可能会引发别的软件的报错，所以，可以给一些特别的软件一些特别的关照，比如创建一个单独的环境。

在conda环境下，输入conda env list（或者输入conda info --envs也是一样滴）查看当前存在的环境：

使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件
我为什么能知道这么多呢？因为我看了我洲更学长hoptop的课啊！推荐给你们！
https://ke.qq.com/course/310838
conda的cheatsheet。conda官方提供的小抄了解一下~
https://conda.io/docs/user-guide/cheatsheet.html
ps：简书终于提供markdown编辑器的同步滚动了！开心！
                如果高效使用apt-get、pip来下载安装依赖包、软件呢？
            在Python开发中，需要安装一下包、依赖库或软件等，有时出现网络、权限和无法安装等问题困扰着我们，经历过一段时间的洗礼，悟出了一些要点分享给大家
            说明本文参考 https://segmentfault.com/a/1190000012755243。在前文基础上整理、增加说明，避坑。
踩过的坑： 安装k8s 1.9.0 实践：问题集锦
环境信息（采用一个master节点+两个node节点)
            1.下载pip
地址：https://pypi.python.org/pypi/pip#downloads
注意选择tar.gz压缩包，目前最新版本为9.0.1，这里选择的版本是：pip-9.0.1.tar.