今天使用java调用linux命令出现了bug，有开始执行命令的日志打印，但是没有后续的执行结果打印，也没有错误日志出现。结果验证后发现命令还是没有执行成功，于是开始排查问题。以下是java代码：

System.out.println("got cmd job : " + cmd);
        try {
//            String[] cmds = new String[] {
//                    "/bin/sh",
//                    "-c",
//                    cmd };
            Process process = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
            InputStream in ;
            BufferedReader br;
            in = process.getInputStream();
            br = new BufferedReader(new InputStreamReader(in));
            while (in.read() != -1) {
                result = br.readLine();
                log.info("job result [" + result + "]");
            br.close();
            in.close();
            //process.waitFor();
            process.destroy();
        } catch (Throwable e) {
            log.error("执行linux命令出错:" + e.getMessage());
            e.printStackTrace();
首先这段代码在测试环境中可以正常执行，也有执行结果的日志打印，由此可以排除掉是代码的问题。然后验证是否是linux命令写错，将命令放在Linux上运行，成功，排除是命令的问题。
考虑到使用java执行linux命令是单个事务执行，无法一步一步地执行命令，虽然这里使用了命令链接符&&，但为了避免这个问题，编写一个简单shell脚本，然后使用java执行。

以下是脚本：
#!/bin/sh
cd /root/git/mall.masadora.admin/dest
git pull
rm -rf /usr/server/java/tomcat_self_mall/webapps/ROOT/WEB-INF/dest
cp -rf /root/git/mall.masadora.admin/dest /usr/server/java/tomcat_self_mall/webapps/ROOT/WEB-INF
问题依然存在，结果还是和开始一样，回到最初。先考虑为什么没有错误日志打印，在代码中已经使用trycatch进行捕捉了，怀疑是java系统error异常，将 catch中的Exception改为Throwable，仍然没有发现错误日志打印。
没有办法了只能一行代码一行代码进行排查，第一步执行linux命令是java系统类runtime提供的方法，这个没什么好说的不会出问题。然后第二行，这里有一个Process类是执行linux命令后的结果，然后发现它内部除了有getInputStream方法外，还有一个getErrorStream方法，就是它了，修改代码，将errorStream中的内容打印出来，发现错误日志是git：command not found，由此可知是java执行shell脚本时没有获取到执行git命令的权限，在shell脚本上添加这些代码
PATH=/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/git/bin:/usr/local/sbin:~/bin