使用R的pheatmap包绘制热图时,会遇到很多缺失值的情况,此时需要对其进行去除或替换处理,但利用“
is.na()
”发现一直报错:
Error in hclust(d, method = method) :
外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
折腾了许久,后来发现是用以下代码进行缺失值替换时,未成功替换NA值:
data1[is.na(data1)] <- 1
原因:
原来是我在原始数据中手动将缺失值替换为了NA导致
解决方法:
将excel中手动输入的NA值替换为空白,在输入到R中时,R会自动将空白处替换为NA,此时再按照上述代码运行就正常了。
附加:
当利用pheatmap()函数绘制图形时,持续报错“Error in hclust(d, method = method) :
外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)”。
pheatmap(data1, scale = "row")
检查发现:
pheatmap进行scale="row"时,
需对行均一化,就要去除整行全是0的数据才行,删除原始数据中的空行后问题解决。
使用R的pheatmap包绘制热图时,会遇到很多缺失值的情况,此时需要对其进行去除或替换处理,但利用“is.na()”发现一直报错:Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)折腾了许久,后来发现是用以下代码进行缺失值替换时,未成功替换NA值:data1[is.na(data1)] <- 1原因:原来是我在原始数据中手动将缺失值替换为了NA导致解决方法:将excel中手动输入的NA值替换为空白
Error in hclust(d, method = method) :
外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
此外: Warning messages:
1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA
2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA
问题详述:
笔者今天先学习了一下R语言和Rstudio的关系,并了解了RStudio是R语言
群集(Collection):
定义:结构化的数据类型,作用是存储数据并且提供数据向/从群集中添加、删除和更新操作,以及对群集的不同属性值的设置与返回操作。
分类:线性群集(数组)、非线性群集(树、堆、图、集)。
线性群集可能是直接存取群集,也可能是顺序存储群集;非线性存取群集可以是层次群集,也可以是组群集。
线性群集:
直接存取群集:最常见的实例就是数组,其次还有字符串和结构。
可能遇到报错:
1、Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop(“size cannot be NA nor exceed 65536”) :
missing value where TRUE/FALSE needed
没有处理数据转化距离。
2、Error in h
fviz_nbclust(df1, kmeans, method = "wss") Error in do_one(nmeth) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg1)哪里出错怎么改正