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使用R的pheatmap包绘制热图时,会遇到很多缺失值的情况,此时需要对其进行去除或替换处理,但利用“ is.na() ”发现一直报错:

Error in hclust(d, method = method) : 
  外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)

折腾了许久,后来发现是用以下代码进行缺失值替换时,未成功替换NA值:

data1[is.na(data1)] <- 1

原因:
原来是我在原始数据中手动将缺失值替换为了NA导致
解决方法:
将excel中手动输入的NA值替换为空白,在输入到R中时,R会自动将空白处替换为NA,此时再按照上述代码运行就正常了。

附加:
当利用pheatmap()函数绘制图形时,持续报错“Error in hclust(d, method = method) :
外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)”。

pheatmap(data1, scale = "row")

检查发现:
pheatmap进行scale="row"时,
需对行均一化,就要去除整行全是0的数据才行,删除原始数据中的空行后问题解决。

使用R的pheatmap包绘制热图时,会遇到很多缺失值的情况,此时需要对其进行去除或替换处理,但利用“is.na()”发现一直报错:Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)折腾了许久,后来发现是用以下代码进行缺失值替换时,未成功替换NA值:data1[is.na(data1)] &lt;- 1原因:原来是我在原始数据中手动将缺失值替换为了NA导致解决方法:将excel中手动输入的NA值替换为空白 Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用不能NA/NaN/Inf(arg10) 此外: Warning messages: 1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 问题详述: 笔者今天先学习了一下R语言和Rstudio的关系,并了解了RStudio是R语言
群集(Collection): 定义:结构化的数据类型,作用是存储数据并且提供数据向/从群集中添加、删除和更新操作,以及对群集的不同属性值的设置与返回操作。 分类:线性群集(数组)、非线性群集(树、堆、图、集)。 线性群集可能是直接存取群集,也可能是顺序存储群集;非线性存取群集可以是层次群集,也可以是组群集。 线性群集: 直接存取群集:最常见的实例就是数组,其次还有字符串和结构。 可能遇到报错: 1、Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop(“size cannot be NA nor exceed 65536”) : missing value where TRUE/FALSE needed 没有处理数据转化距离。 2、Error in h
fviz_nbclust(df1, kmeans, method = "wss") Error in do_one(nmeth) : 外接函数调用不能NA/NaN/Inf(arg1)哪里出错怎么改正