在构建过程中，在Docker文件中激活并切换Anaconda环境

Question 1

我尝试了好几个小时，都不知道如何在构建过程中在Docker文件中激活和切换Anaconda环境。

这里是最初的代码。

FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04
# Set user
ENV SETUSER myuser
RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER
# Install Anaconda
RUN wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
RUN bash Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh -b
RUN rm Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
# Set path to conda
ENV CONDA_ENV_NAME mynewenv
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda create -q --name $CONDA_ENV_NAME python=3.6 && \
    /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda clean --yes --all
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base #Just for testing anaconda environment
起初，Docker中的Anaconda会抱怨shell没有设置好，所以在conda创建命令后我加入了。
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base
在构建docker镜像后运行这3条命令可以工作（即在调用docker run container-name后交互运行），但由于某些原因，在以下情况下不能工作building容器。我发现$PATH变量在构建过程中没有被更新，所以在构建时和构建后比较了我的$PATH。
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/envs/$CONDA_ENV_NAME/bin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/condabin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN conda activate base
现在，构建时的Docker $PATH和构建后运行容器时交互式修改的$PATH是一样的，但我仍然得到shell没有正确设置的错误。
CommandNotFoundError。你的shell没有被正确配置为使用'conda activate'。
要初始化你的外壳，请运行
    $ conda init
目前支持的shell是
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - 权力的象征
参见'conda init --help'获取更多信息和选项。
重要的是：你可能需要在运行'conda init'后关闭并重新启动你的shell。
Why is this not working???
我看到可能有使用miniconda docker模板的变通办法，但我不能用。我如何在Docker构建过程中创建和切换Anaconda环境？谢谢!

Question 2


          
           
            
             你的Docker文件里有太多的RUN命令。这不只是因为每个RUN都会在镜像中创建一个新的层。还因为每个RUN命令都会启动一个新的shell，而
             
              conda activate
             
             只适用于当前的shell。
            
            
             你应该把逻辑上的行动组合并成一条RUN命令。使用
             
              &&
             
             来合并命令，使用
             
              \
             
             来断行，以便于阅读。
            
            RUN conda activate <myenv> \
 && conda install <whatever> \
请记住：在RUN命令结束后，shell就会消失。因此，如果你想在之后对conda环境做一些其他事情，你必须再次运行conda activate，或者使用-n <myenv>把一些东西放到环境中，而不先激活它。
当你从图像中启动一个容器时，你也将不得不在容器内调用conda activate。

Question 3


          
           
            
             
              假设你想安装conda环境并在其中运行一些东西，这种方法使用了
              
               
                ENV PATH
               
              
              来间接地在conda环境中启动python。人们可能会怀疑这种方法是否真的激活了环境，但只要随后的命令能起作用，而且确实能起作用，这可能就不重要了。
             
             FROM continuumio/miniconda3:latest
WORKDIR myappdir
COPY environment.yml .
RUN set -x && \
#   apt-get update && apt-get -y install gcc && \
    conda install -n base -c defaults conda=4.* && \
    conda env create -n condaenv  # Installs environment.yml && \
    conda clean -a
COPY myapppkg myapppkg
ENV PATH /opt/conda/envs/condaenv/bin:$PATH
ENTRYPOINT ["python", "-m", "myapppkg"]
我建议不要使用conda run，因为它是实验性的，有很多严重的错误，如this one影响它。虽然这个特定的错误现在已经被修复，但正如conda run -h所显示的那样，它继续具有 "实验 "性质，这意味着它可能再次破坏上游，限制了人们对它的信任。
For reference:
List of Miniconda Docker tags
List of conda updates by channel: defaults, conda-forge

Question 4


          
           
            
             
              
               我还没有用nvidia图像进行测试，但是
               
                多阶段的Docker构建
               
               应该可以帮助你，它可能会看起来像这样。
              
              # get Miniconda docker image to get a installed conda env; WARNING: That image is Debian based
FROM continuumio/miniconda3:latest AS miniconda
# your Docker commands
FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04
# Set user
ENV SETUSER myuser
RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER
# Miniconda: get necessary files from build
COPY --from=miniconda /opt/conda /opt/conda
# Set correct permissions
RUN chown -R $SETUSER: /opt/conda
#   New terminals will have conda active
# If nvidia's Docker image has no .bashrc
# COPY --from=miniconda /home/$SETUSER/.bashrc
# else
RUN echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc && \
    echo "conda activate base" >> ~/.bashrc
# switch shell sh (default in Linux) to bash
SHELL ["/bin/bash", "-c"]
# give bash access to Anaconda, then normal anaconda commands, e.g. (-q: quiet, -y: answer yes)
RUN source /home/$SETUSER/.bashrc \
 && conda create -q --name testy \
 && conda activate testy \
 && conda install -y your_package
从这个GitHub问题中得到启发。https://github.com/ContinuumIO/docker-images/issues/89

Question 5


          
           
            
             
              
               
                在尝试了所有的解决方案之后，最后对我有用的是在创建conda环境之后，在调用
                
                 conda activate
                
                之前，将conda脚本源化。下面是我的Docker文件的摘录，我创建了三个不同的conda环境，我想在每个环境中安装
                
                 pip
                
                。
               
               RUN bash miniconda.sh -b -p /opt/conda
RUN source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh && conda init bash
RUN source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh && \
    conda create --name py37 python=3.7 -y && source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh && \
    conda activate py37 && conda install -c anaconda pip -y && \
    conda create --name py38 python=3.8 -y && source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh && \