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尔云生信代码|机器学习-支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)的构建

专栏 / 尔云生信代码|机器学习-支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)的构建

尔云生信代码|机器学习-支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)的构建

2022年03月03日 12:00 --阅读 · --喜欢 · 尔云间
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生信文章已经开始用SVM-RFE算法了,比如这篇5+分SCI文章!看小云如何用代码实现。

科研有捷径,输入代码,一键获取科研成果!就是这么省事,来具体看下有多方便!

搜索http://985.so/a9kb查看全部代码(目前共计50+持续新增中),也可以点击右侧【目录】,可以看到更多有趣的代码;真香提示:文末可以知道如何获取代码~

支持向量机递归特征消除(简称SVM-RFE)是由Guyon等人在对癌症分类时提出来的,最初只能对两类数据进行特征提取。它是一种基于Embedded方法。支持向量机广泛用于模式识别,机器学习等领域,SVM采用结构风险最小化原则,同时最小化经验误差,以此提高学习的性能。

SVM-RFE算法

SVM-RFE是一个基于SVM的最大间隔原理的序列后向选择算法。它通过模型训练样本,然后对每个特征进行得分进行排序,去掉最小特征得分的特征,然后用剩余的特征再次训练模型,进行下一次迭代,最后选出需要的特征数。

小编最近发现已有部分研究将SVM-RFE算法应用于生信文章,如下图。这篇影响因子 > 5分简单纯生信文章。

但是具体要如何实现??? 今天,小编以代码提供的数据为例进行说明。


代码具体包括:

Step1输入数据并构建SVM-RFE模型

Step2训练svm分类器和交叉验证

Step3 计算错误率和准确率并绘图

下面是代码中附带数据逐步分析结果

svm-error图
svm-accuracy图

神奇吧,就是如此简单,我们用的都是入门级函数,稍微懂点R语言就能实现。

通过SVM-RFE筛选出目标基因之后,我们还可以进行预后模型构建、免疫肿瘤微环境和免疫细胞相关性分析等,想做免疫分析的可以扫码关注我们。

如需代码及示例数据等文件,请扫码聊天框回复 “B24”领取!