津南区疾病预防控制中心始建于1953年，原名津南区卫生防病站，2007年8月津南区结核病防治所并入卫生防病站，编制由原63名增至81名，2009年4月更名为津南区疾病预防控制中心，2014年10月中心加挂津南区精神卫生中心，编制由原81名增至86名，2020年11月优化完善津南区疾病预防控制体制，规格调整为副处级，编制调整至127名。2023年12月27日，整合天津市津南区疾病预防控制中心和天津市津南区卫生计生综合监督所职责，重新组建天津市津南区疾病预防控制中心，规格为副处级，由天津市津南区疾病预防控制局管理，合并后核定事业编制177名，由原疾病预防控制中心127名事业编制和原卫生监督所50名参公事业编组成。

津南区疾病预防控制中心是津南区卫生健康委员会所属的承担全区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究的公益一类事业单位。