简单的回答是，即使线程处于相同的进程中，也无法无缝地为线程A中的窗口创建线程B模式的窗口。如果您拥有这两个窗口的代码，您可能会接近，但在这种情况下，您将获得更好的结果，通过将您的所有UI放在一个线程。

如果您试图向用户建议线程B的窗口是线程A的模式，那么就有许多微妙的Z顺序和激活行为，您必须纠正(正如您已经注意到的)，以免遭受某种不可思议的山谷效应，在用户看来，线程B的窗口显然是试图成为某种东西--它不是这样的，因此看起来是坏的。

为了避免这种情况，我会采取这样的做法：

1. 用户单击caner.exe主窗口中的"FDA检查“。canner.exe显示一个模态对话框，表明它正在打开一个外部程序(“打开肉毒杆菌中毒设置.”)。这将禁用主窗口等，以便用户知道正在进行的模态交互。
2. canner.exe调用 ShellExecuteEx 启动botulism.exe。
3. canner.exe对从ShellExecuteEx()返回的句柄调用 WaitForInputIdle 。WaitForInputIdle()将在botulsim.exe为用户交互做好准备时返回(大约，但通常足够接近)。如果botulism.exe通常需要5秒钟或更长的时间来显示它的UI，那么我可以在循环中对WaitforInputIdle()使用一个短暂的超时，并偶尔使用PeekMessage()/ProcessMessage()处理任何挂起的消息。
4. canner.exe更改其对话框文本以反映它正在等待用户关闭botulism.exe (“关闭肉毒杆菌中毒设置以继续.”)。
5. canner.exe在循环中调用 MsgWaitForMultipleObjects 以等待botulsim.exe关闭。当传递的句柄发出信号或线程队列中有消息等待时，MsgWaitForMultipleObjects()将返回。
6. 如果用户在canner.exe等待时单击caner.exe模式对话框中的“关闭”框，则canner.exe会提示用户botulism.exe仍在运行(“僵尸中毒设置仍然打开，继续吗？”、“是的，我知道”或“不，我还没有完成”)。如果确认，canner.exe将关闭对话框并取消在步骤1中开始的原始FDA检查，并返回主窗口的消息循环。
7. 当MsgWaitForMultipleObjects()指示botulism.exe完成时，canner.exe关闭对话框并继续正常进行步骤1中开始的FDA检查。

这样，如果一切正常而迅速地进行，交互很可能是无缝的，但是如果子进程出了问题，或者Z顺序发生了变化等等，就会清楚父进程等待的原因，以及用户需要做什么才能取消或继续他开始的任务。

让我们来看看您的方法#3，它非常接近您想要的。我怀疑问题在于，当辅助应用程序关闭时，Windows决定不希望将焦点恢复到禁用的窗口。在这种情况发生之前，您可以尝试重新启用窗口，但这可能很棘手(而且不值得为此付出努力)。

不要直接禁用窗口，而是尝试通过忽略用户输入来禁用它。因此，与其调用EnableWindow，不如更改消息循环以过滤输入消息。特别是，如果

msg >= WM_KEYFIRST || msg <= WM_KEYLAST || msg >= WM_MOUSEFIRST || msg <= WM_MOUSELAST

然后丢弃该消息；否则，将其传递给常规调度循环。您所做的是创建自己的禁用窗口，但Windows不知道这一点。

你有两件事要模拟:所有权和情态。

要模拟所有权:您需要将新子进程窗口的所有者设置为您的窗口。这将缓解任何z排序问题。虽然我不知道这是否从另一个过程起作用。如果没有，那么您可能必须附加线程输入队列，然后调用它。或者使用其他代码注入技术。

SetWindowLong <target window handle>, GWL_HWNDPARENT, <new owner handle>

为了模拟模态，我认为您在正确的轨道上使用EnableWindow和WaitForSingleObjectEx。

EnableWindow是正确的，这通常是消息框和其他“模式”窗口所做的事情。对于zorder更改，您可以拦截WM_WINDOWPOSCHANGING消息并设置SWP_NOZORDER标志以防止zorder更改。请确保只在设置EnableWindow(false)时才执行此操作。

只是合乎逻辑的建议，

也许您可以创建 不可见模式形式 ，并从他那里使用方法#1。

试试这个。这将停止调用方，直到子进程退出为止。

    private void btnChildApp_Click(object sender, EventArgs e)
        Process p = Process.Start(@".\ChildApp.exe");
        p.WaitForExit();
    }