科研小伙伴们，如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析，那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE，安装过程在之前写的文章 cytoscape安装及使用-1 中已经安利给大家了，不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合 MENA 网站进行相关性分析的cytoscape操作教程，如果想我继续发布其他内容请多多点赞，我看到会很高兴哒！因为自己也很咸鱼，懒散发布文章都是看自己最近学到什么新技巧记录下来，顺便能帮助到各位解决难题。

结果如下：
黄色的圆圈表示OTU，蓝色的线表示负相关的OTU，红色的线表示正相关的OTU。

进入正题：

1. 在这里抛出 MENA网站的链接：[MENA]****(http://ieg4.rccc.ou.edu/mena/) ，这个网站免费使用，但有个小小的问题：每个月有几天会打不开（可以耐心多等待几天）。

2. 网站页面：
   

3. 注册及登录：
   
   

4. 完成注册，进行登录。
   

5. 主页面有各功能划分：

6. 先下载网站内部的案例数据格式，包括上传文档的横列 纵列抬头安排：
   

7. 举例如右下角的格式：
   

8. 上传数据注意事项：文中不能出现数值0，用blank空格键代替等。
   

9. 上传文件后注意是“文档（间隔符）txt”格式，然后给自己的文档再起个名字，方便网站识别。
   

10. 正在计算。
    

11. 计算成功，选择网络构建。
    

12. 选择构建的文件。
    

13. 进行网络分析参数设置（数据过滤、功能性计算和RMT参数设置，这里对RMT计算过程感兴趣的小伙伴自己去了解）。
    

14. 开始进行计算。
    

15. 计算结果展示。
    

16. 回到主页进行网络分析。
    

17. 网络特征分析。
    

18. 选择文件。
    

19. 网络特征结果（红色勾勾表示较重要的信息）。
    

20. 点线分析及结果。
    
    

21. 模块分析及结果。
    
    
    

22. 网站结果可视化-1。
    
    
    图片另存为即可保存，简单粗暴的网站图示，
    emmmm，大概只能用“巨丑”二字形容。
    我们接下来选择用 cytoscape 来制作高大上图片！

23. 可视化-2。
    

24. 保存相关文档，打开cytoscape。
    

25. 导入数据（sif格式那个）。
    
    
    
    
    
    完成！这时候还可以继续修改点和线直到自己满意为止！这里我粗略展示优化过的图片。
    

请访问以获取一组精选的用户教程。 如何制作和展示 Cy tosca pe 教程 此存储库包含 Cy tosca pe 培训模块的集合，可用于撰写研讨会演示。 该回购还包括一个recover.js代码的克隆，该代码为这些模块和研讨会启用了演示模式。 演示，协议和模块 在reveal.js强大的框架的基础上，我们开发了一些定制的功能和样式，专门用于 Cy tosca pe 培训材料。 除了下面的内容之外，您还可以从manifest 进一步了解有关使用manifest.js的更多信息。 浏览已经准备好的可用培训材料： -为目标受众编写的特定节目; 设计用于向团体展示投影机； 通常由自定义幻灯片和常规模块组成（请参见下文）。 -专注于特定任务的简明材料; 旨在在多个演示文稿中重复使用（请参见上文）。 -针对通用工作流程或协议的通用教程; 设计用于在单个监视器上显示和通过 Cy Browser 点击蓝字 关注我们新生儿湿疹肠道菌群 网络 结构 图 谱iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.90●2023年2月16日，南方医科大学谢黎炜、马颖团队在iMeta在线发表了题为“Microbial network signatures of early colonizers in infan... 本人的科研工作主要是基于基因相 互作 用 网络 开展的，所以对于 网络 可视化与 网络 的拓扑分析是十分必要的，这里主要介绍 Cy tosca pe 软件的使用，在这方面功能很全面和方便。 一、 Cy tosca pe 软件下载和安装 1.进入下载官网（https:// cy tosca pe .org/download.html）直接下载即可； 2.下载后直接双击安装，该软件需要JAVA运行环境，如果需要会提示下载，直接点击Download，等待下载完毕即可； 3.按以下步骤依次点next，一直到finish安装完成 目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的 互作 网络 图 ，绘制这样的 图 是一件很 难 事情，下面我会分几次来分别讲述，如何绘制： 一、基本 互作 图 的绘制 首先，需要一个绘制 互作 网络 的软件， cy tosca pe ，该软件是用Java来写的，在安装之前需要先安装Java，在这里我不详细去介绍，怎么下载并安装这个软件。 其次，需要准备两个文件，第一个代表 互作 关系的表格，这个表格里面主要包含两列，如下表所示，很多人会问，如... 欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理 网络 数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下 网络 数据，采用 cy tosca pe 这种 图 形界面工具更加的简单便捷。 cy tosca pe 相信很多人都用过，通常都是用来进行 网络 的可视化，对于分析 网络 的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在 cy tosca p... 分子生态 网络分析 ( MENA )构建微生物 网络 示例续前文“微生物共发生 网络 ”，本篇继续简介分子生态 网络分析 (Molecular Ecological Network Analysis， MENA )方法。 MENA 通过基于随机矩阵理论(RMT)构 网络 ，与其它 网络 构建方法相比，该方法的特别之处在于 网络 是自动定义的，并且对噪声具有鲁棒性，从而为与高通量宏基因组学数据相关的问题提供了出色的解决方案(De... 简介Introduction 本文提供 MENA , LSA, SparCC和 CoNet四种 网络 构建方法，作者为CoNet作者。由宏基因组公众号翻译整理，并补充及更新部分程序参数。 说明：计算过程在Ubuntu16.04系统的服务器，没服务器的伙伴可以使用QIIME提供的虚拟机； 网络 可视化在Win10上安装 Cy tosca pe 展示及导出。 必须软件Prerequisites 最新版Windows版 Cy tosca pe 下载并安装 http://www. cy tosca pe .org/ 在 Cy to. 由于最近在做BRCA-lncRNA相关的生信课题研究，在看到相关论文中的一些模型和方法，整理一下，供自己和大家一起学习。 1.生存分析: log-rank检验在什么情况下失效? 2.DESeq2详细用法 3.TCGA+biomarker———风险因子关联 图 4.ROC曲线，混淆矩阵，开集闭集等概念 物种研究作为微生物群落分析的核心内容，在数据分析、文章写作中都占有非常高的比重。大家最常用的物种分析方法，比如统计检验、lefse等；最常用的可视化形式，比如堆叠 图 、热 图 、盒型 图 等。但其实物种之间并不是独立存在的，群落中的细菌内部、真菌内部、细菌与真菌之间由于竞争、协同等直接/间接关系，物种间存在着千丝万缕的 联系 。所以，一篇16S/ITS/宏基因组的深度好文，怎么可以少了物种关系分析呢？... 这次将介绍代谢与转录组联合分析的常用方法，主要包括 相关性分析 、KEGG通路分析、典型 相关性分析 等，这里 相关性分析 是两两代谢物表或者基因表达量之间计算 相关性 ，典型相关是多变量多个代谢物和多个基因一起的两组数据进行降维，可类比于PCA。下面将用一些实际案例来说明这些分析方法。 文章《Comparative transcriptome and metabolome profiling reveal molecular mechanisms underlying OsDRAP1-mediated salt tol 原文为自Microbial association network construction tutorial http://psbweb05.psb.ugent.be/conet/microbialnetworks/index.php简介Introduction本文提供 MENA , LSA, SparCC和 CoNet四种 网络 构建方法，作者为CoNet作者。 2017-05-22由中科院遗传发育 蛋白 互作 之STRING/ Cy tosca pe 蛋白 互作 网络 蛋白 互作 网络 是分子 网络 的一种，就蛋白质而言，包括蛋白-DNA 互作 、蛋白-RNA 互作 、蛋白-蛋白 互作 。今天讲的是蛋白-蛋白 互作 。 互作 关系包括抑制、激活、催化等，通过 互作 发挥特定的生物学功能。实验层面可以通过以下方式对 互作 关系进行验证。酵母双杂(Y2H)筛选、Co-IP和GST-pulldown验证。蛋白 互作 数据库STRING(https...