单细胞分析 scenic 跑一半总是会中断 如何解决

引自免费微信小程序： 皆我百晓生

在遇到Scenic包中的 runGenie3 函数在运行过程中因错误而中断的问题时，可以尝试以下几个步骤来解决这个问题：

检查内存使用情况 ：由于Scenic可能处理大量的数据，所以有可能是由于内存不足导致的中断。确保你的系统有足够的RAM来运行程序。如果你的电脑内存有限，考虑使用更大的内存资源，例如服务器或者云端计算平台。

增加磁盘空间 ：有时候，磁盘空间不足也可能导致程序中断。检查你的磁盘空间是否足够，并清理不必要的文件以腾出空间。

调整参数 ：尝试减少 nParts 的值（默认为20），这样可以减少同时运行的部分数量，也许能避免因内存限制导致的中断。比如设置 nParts = 10 或更小。

更新软件 ：确保你的R环境、Scenic包以及所有依赖项都是最新版本。有时旧版本的软件可能存在已知问题，更新到最新版可能会修复这些问题。

查看日志信息 ：错误信息提到"all connections are used"，这可能是与打开的文件描述符数量有关。在Linux/Unix系统上，可以通过 ulimit -n 命令查看当前的最大文件描述符数，如果这个数值较低，可以尝试提高它（例如通过 ulimit -n <new_limit> ）。

调试代码 ：如果以上方法都无法解决问题，那么可能需要深入研究代码，找出导致错误的具体原因。尝试在每次运行GENIE3部分之前添加一些日志输出，以便追踪程序执行到哪里出错。

以下是修改后的代码，增加了日志输出：

library(Scenic)
# 保存原始选项
original_options <- scenicoptions
# 自定义一个日志函数
log_output <- function(part) {
  cat("Running GENIE3 part ", part, "\n")
# 修改Scenic选项以包含日志输出
scenicoptions$log_function <- log_output
tryCatch({
  runGenie3(exprMat_filtered_log, scenicoptions, nParts = 10)
}, error = function(e) {
  message("An error occurred: ",条件句捕获的错误消息)
# 恢复原始选项
scenicoptions <- original_options
使用debugging工具：如果你仍然无法确定问题所在，可以使用R的debugging工具，如browser()函数，在代码的关键位置插入断点进行单步调试。
联系开发者：如果问题依然存在，你可以尝试联系Scenic包的开发者或者在GitHub上的项目讨论区寻求帮助，提供详细的错误信息和你的代码片段。
记住，这些只是一些通用的建议，具体问题可能需要根据你的具体情况进行调整。如果你在操作过程中遇到困难，或者需要更多关于如何实施上述步骤的帮助，请随时告诉我。