【5.2】通过conda安装软件(Python/R/生信软件)环境

conda(Python/R/生信软件)

conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，conda支持python、R、 ruby、 lua、 scala、 java、 javaScript、 C/ C++、 fortran等多种语言，还支持大部分生信软件的安装。

首先介绍如何安装conda；接着介绍如何用conda创建虚拟环境和虚拟环境中安装软件；随后简单介绍一个例子，用conda创建 python 的虚拟环境；随后介绍用conda创建 R语言运行环境；接着介绍用conda管理 perl语言环境；最后介绍用conda安装生信软件。

首先介绍如何安装conda；

# 获得最新的miniconda安装包；
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安装到自己的HOME目录下software/miniconda3中，这个目录在安装前不能存在；
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p ${HOME}/software/miniconda3
# 安装成功后删除安装包
rm -f Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 将环境变量写入~/.bashrc文件中；
echo "export PATH=${HOME}/software/miniconda3/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
# 退出重新登录或者执行以下命令
source ~/.bashrc
# 检查是否安装成功
conda --version
随后介绍使用conda创建虚拟环境，并在虚拟环境中安装软件；
使用conda创建环境、进入环境、删除环境等；
conda info -e     # 查看已有的conda环境；
source activate env_name        # 进入指定的conda环境；
conda deactivate  # 退出当前的conda环境；
conda create -n env_name [python=<version>] # 创建环境，并指定python版本，或者安装包等；
conda remove -n env_name --all  # 删除指定环境；
使用conda在虚拟环境中安装软件；
conda list [-n env_name] # 查看当前环境(指定环境)下安装的包；
conda search pkg_name    # 查看安装包；
conda update pkg_name    # 更新指定的安装包；
conda remove pkg_name    # 卸载指定的安装包
随后简单介绍一个例子，用conda创建一个python环境；
创建一个python环境，并在虚拟环境中安装tensorflow gpu 1.14.0版本库；
# 创建时可以指定Python版本，不指定的话会使用默认的版本(miniconda自带的Python版本)；
conda create -n TensorFlow-1.14.0 -y
# 进入上一步创建好的环境;
source activate TensorFlow-1.14.0 
# 安装相应的库；
conda install tensorflow-gpu=1.14.0 # 根据自己的需要安装相应的库；
# 安装pip并使用pip安装 python 库；
conda install pip     # 环境中需要先安装pip
pip install numpy     # 根据自己的需要安装相应的库
# 退出当前的虚拟环境；
conda deactivate
随后介绍如何使用conda来管理自己的R语言环境；
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 3.6.0版本;
conda create -n myEnvR r=3.6.0 -y
# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR
# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi  
# 如果需要用到图形节点，安装rstudio
conda install rstudio
# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate
如果需要安装4.0的版本，可以通过以下步骤安装，4.0版本暂时无法通过conda安装rstudio
# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 4.0版本;
conda create -n myEnvR4.0 r=4.0 -c conda-forge -y 
# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR4.0
# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi -c conda-forge
# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate
接着介绍用conda管理perl语言环境；
# 创建虚拟环境；
conda create -n myEnv
# 进入创建好的虚拟环境；
source activate myEnv
# 安装perl和cpan
conda install -c bioconda perl perl-app-cpanminus
# 安装perl相关库
cpanm My::Module
最后介绍通过conda安装生信软件。
bioconda 就是一个conda中专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件，以下是通过conda安装生信软件的例子
# 创建虚拟环境
conda create -n anvio 
# 切换到创建好的环境
source activate anvio
# 安装anvio
conda install -c bioconda anvio -y
更多关于生信软件安装的例子，可以查看链接