AllChem
.
MMFFOptimizeMolecule
(
mol
)
Draw
.
MolToImage
(
mol
,
size
=
(
250
,
250
)
)
Chem
.
MolToMolFile
(
mol
,
'YOUR PATH/name.mol2'
)
使用上述代码将smiles和path自行修改为需要转换的SMILE和路径即可。
适用于
SMILES
（简化的
分子
输入行输入系统）文件的
3D
渲染应用程序
用于教育
和
示范目的。 应用程序接受，
使用
方法将
SMILES
字符串从文件
转
换为具有
坐标
的，应用程序利用库（）显示
3D
复合模型。
在开发过程中，我发现不是真正JavaScript库，也不是JQuery插件，
并
且由于我没有时间将其重写为Vue.js组件，因此我最终将其构建改版为Vue。 js应用。
一
些主要功能：
用。渐进式JavaScript框架。
演示与交互。
利用进行
3D
模型渲染。
有验证步骤，仅接受有效的
SMILES
文件。
在所有浏览器（包括移动设备）上都很好用！ （感谢响应式网页设计）
支持多个文件的
转
换
和
渲染。
具有拖放功能。
使用
SASS / SCSS进行样式设置。
已经彻底注释了代码。
感谢，可以在实时演示。
手机浏览器问题
虽然该应用程序具有自适应设计，
并
且可以适应从最小的iPho
算法
和
参数来自：
@article{DBLP:journals/jcisd/EbejerMD12,
author = {Jean{-}Paul Ebejer and Garrett M. Morris and
Charlotte M. Deane},
title = {Freely Available Conformer Generation Methods:
How Good Are They?},
journal = {Journal of Chemical Information and Modeling},
volume = {52},
number = {5},
pages = {1146--1158},
year = {2012},
url = {https://doi.org/10.1021/ci2004658},
doi = {10.1021/
文章目录
一
、引入所需库二、芳香性三、 配位
键
四、闭环五、通过atomic number 指定
原子
六、ChemAxon
SMILES
拓展 CX
SMILES
extensions七、
使用
坐标
和
异构
SMILES
从molfile中识别手性中心
rdkit
涵盖了Daylight
SMILES
所有的标准功能以及
一
些有用的扩展，下面是扩展的部分内容
一
、引入所需库
#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
import os
from
rdkit
import Chem
from rdki
