Atomselect命令介绍
【注：该命令是VMD采用TCL语言进行编程操作的最基础命令，一定要多多测试，熟练使用】同时注意和mol modselect（基本上无法改变坐标本身，而是改变显示成像）的区别
该命令包含了获得和处理分子（载入文件）中原子的信息的主要操作。使用该命令一般分两步：第一步是通过该命令的功能，通过关键词等信息，选择到要操作的原子，同时赋给某个变量；第二步，是通过变量和内置命令操作选择好的原子。
例子：【1. Set sel [atomselect topall] 2. $sel num 】
如果直接执行 atomselect top all进行选择的话，会默认分配一个选择id=atomselect0，上面命令sel存储的就是atomselect0这个标签，其实它是一个函数名.
一、该命令直接跟的几个参数有list, keywords, macromdelmacro ：
a) atomselect list : 返回没有被删除的选择操作列表，比如atomselect0,atomselect1, atomselect2等。
b) atomselect keywords显示所有可以选择的关键字(就是我们之前讲VMD选择方法介绍的内容部分，包含3种类型和函数；见下表),当你忘记时，可以用这个命令查询下关键词。
c) 语法：atomselect macro [macro_name] [sel_method]
1. atomselect macro 显示所有macro（macro其实指的是singlewords部分；singlewords指的就是那些charged、acidic之类的整体。）
2. atomselect macro lipid 显示lipid的定义（=resname DLPE DMPC DPPCGPC LPPC PALM PC PGCL POPC POPE）
3.atomselect macro abc {resname ALA and hydrogen} 定义一个新的macro，如果已经有定义了，则覆盖;(设好的macro在graphicsrepresentations-selection-singlewords里面也会出现; mol modselect就可以使用了)
4. atomselect delmacro abc 删除abc 这个macro
二、下面讲这个命令的最主要的应用
语法： atomselect <mol_id> <selection_methods> [frameframe_number] (<>表示必要参数，[]表示可选参数)
例：atomselect 3 "resid 25" frame last 选择3号分子（第三次导入的轨迹或坐标）最后一帧的resid25。分子可以是数字或者top，所选内容就是普通的selection，用双引号或者{}括住，帧号可以是数字（表示第几帧）、first、last、now。选择之后，会出现比如atomselect0，然后可以运行如下操作了：
对于刚刚的选择操作，可以跟下面几个命令进行信息的获得和处理（其实上面操作是个TCL过程，就像字符串操作，string后面可以跟很多子命令）
set sel atomselect0
$sel num 显示所选的内容有多少原子
$sel list 显示所选的内容的原子的编号
$sel text 显示所选内容表示的意义
$sel molid 显示所选内容的分子编号
$sel frame 显示所选内容的所在帧。
$sel frame x设置选择的帧为x
$sel delete 删除atomselect0函数。注： sel变量并没删除，需要用unset，注意VMD命令和TCL语言的命令是不同的
$sel global 将atomselect0移入全局命名空间
$sel get mass 得到atomselect0所选范围的质量，还可以是{xy z}得坐标，{x}仅x坐标。get后面可以接任何属性，和mol的属性类似。【原子选择方法部分介绍的属性】
$sel get structure 可以得到结构中每个残基所处的二级结构
$sel getbonds 得到成键列表
$sel setbonds <bondlists> 按照成键列表成键，比如{{2 5} {4 6}}
$sel move 4x4 matrix 根据矩阵移动
$sel moveby {1 1 6} 把所选原子向1，1，6向量方向和距离上移动
$sel lmoveby offset_list: move each atom by an offset given in the list.
$sel moveto { 3 6 5} 把所选内容移动到3，6，5位置
$sel moveto position_list: move each atom to a point given by theappropriate list element
$sel writepdb a.pdb 把目前所选原子写到当前文件夹（vmd所在文件夹）的a.pdb中
大家要习惯结合TCL语言进行命令是使用。
Mol new ab.pdb
Mol addfile ab.dcd
Set sel [atomselect top “resname CA”]
$sel get name
$set list
$set get text
$set get {x y z}
foreach resid [$sel get resid] resname [$sel get resname] {
puts “$resid, $resname”
}
$sel moveby {1 0 0}所以被选中的原子x方向平移一个单位
$sel move [trans x 90] 绕x轴旋转90度
$sel moveto {0 0 0} 把所选原子移动到原点
试着理解如下操作：
get sidechain [atomselect top “sidechain residue 10”]
set CA [atomselect top “name CA and residue 10”]
set CAcoord [lindex {$CA get {x y z} 0} ]
set CB [atomselect top “name CB and residue 10”]
set CBcoord [lindex {$CB get {x y z} 0} ]
$sidechain move [trans bond $CAcoord $CBcoord 10 deg] 绕CA-CB 这个bond转动10度
