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一般来说,R中使用pheatmap绘制聚类热力图的写法如下:

pheatmap(sample_1,scale = "row",fontsize=6, fontsize_col = 8,cluster_cols = F, 
         color = colorRampPalette(c("steelblue", "white", "firebrick3"))(10),

这里的第一参数为数据,第二个参数 scale="row" 表示对于行数据进行 归一化cluster_cols 表示是否对列进行聚类分析,后面的参数即图的样式等等。

更加具体的各参数的说明参考文档

在python中,一般来说使用 seaborn.clustermap 这个包中的函数来进行聚类分析图的绘制,一种写法如下:

sns.clustermap(simple_data, z_score=0, method='complete',
				 col_cluster=False,cmap='RdBu', 
				 figsize=(len(simple_data.columns),
				  len(simple_data.index)))
  • 其中传入的数据为 Dataframe 类型的数据,
  • clustermap中对于数据的归一化处理有两种,一种为 z-scale 变换,另一种为 standard_scale 方式,且值为0表示对行数据归一化,1表示对列归一化,**经过实验,只有 z-scale 变换得到的图像的结果与R中的pheatmap默认的处理结果一致
  • 其他的参数是颜色等的设置

所以如果发现同样的数据,使用不同的方式处理后得到的聚类热力图不一致,可以尝试指定参数 z-scale

此外,pheatmap默认的聚类方法是 complete 且距离的计算方式是 欧几里得距离
而python中默认的聚类方式是 average ,距离计算方式也是 欧几里得距离
所以后一段代码中制定了 method

seaborn.clustermap的其他参数说明

一般来说,R中使用pheatmap绘制聚类热力图的写法如下:pheatmap(sample_1,scale = "row",fontsize=6, fontsize_col = 8,cluster_cols = F, color = colorRampPalette(c("steelblue", "white", "firebrick3"))(10),)这里的第一参数为数据,第二个参数 scale="row" 表示对于行数据进行 归一化 , cluster_cols 表示是否对列 查询已安装的所有的包:library() 或installed.packages()(括号内为空,区别以上两项) 查询具体包的信息: help(package="pheatmap") 或者加载包之后 ?`pheatmap-package`(注意反引号)以及 ?pheatmap 查询包的版本:installed.packages()能列出所有已安装的包的版本,packa...
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如果Python没有seaborn样式,你可以考虑以下几个解决方案: 1. 你可以手动设置matplotlib样式,因为seaborn只是基于matplotlib构建的。使用`matplotlib.style`模块可以轻松地更改绘图的样式。例如,你可以使用`plt.style.use('ggplot')`来设置ggplot样式。 2. 你可以安装seaborn包来使用其样式。使用pip安装命令:`pip install seaborn`,如果已经安装,可以尝试卸载并重新安装,确保版本最新。这样,就可以使用seaborn的默认样式或自定义样式。 3. 你也可以自己定义一些自定义的matplotlib样式,然后在你的代码使用。这样,你可以定制化你的图表样式,以满足你的需求。 希望这些解决方案能够帮助你解决问题!