二、使用北极星环境的镜像--运行北极星程序-matlab-R-mpi编译器

北极星的运行的环境为centos:7.6.1810

1、搜索镜像；推荐在login06下载为内网：

运行：dockersearch bjx  # 或者dockersearch centos

运行结构如下图：

其中login06：

docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0:latest    ##1G 左右，有北极星基本的库镜像，满足使用了，推荐下载

docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_all:latest  ##7.5G 左右，有北极星所有yum安装库的镜像，在login06上下载

其他登陆节点根据提示：

docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjxenv_0:latest    ##1G 左右，有北极星基本的库镜像，满足使用了，推荐下载

docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjxenv_all:latest  ##7.5G 左右，有北极星所有yum安装库的镜像，在login06上下载

2、获取北极星基本镜像

创建进入目录，后面同

mkdir ~/lustre1/bjxdocker

cd  ~/lustre1/bjxdocker

获取基本镜像login06

singularitybuild  --sandbox centos7.6_bjxenv_0    docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0

其他登陆节点为 docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjxenv_0:latest

centos7.6_bjxenv_0为沙盒的目录

3、测试运行matlab

singularityshell  -B /appsnew,/apps   -w    centos7.6_bjxenv_0

-B选项，为挂载的目录， /appsnew；/apps为必须挂载的。 其他如果出现找不到大量库的时候运行这个：

singularityshell  -B /appsnew,/apps,/lustre1,/lustre2,/gpfs1,/lustre3,/usr,/lib64,/etc,/sys   -w    centos7.6_bjxenv_0

其他/lustre1；/lustre2；/gpfs1；/lustre3可以按照分区挂载，登陆节点可以都挂载，如果在当前目录中运行无需挂载这些

-w 为可写

centos7.6_bjxenv_0为沙河的目录， 进入系统后，系统的/root目录是你所在用户的home目录

运行结果：箭头为挂载的文件系统

Apptainer> source /appsnew/source/matlab2021b-bjxserver.sh

Apptainer> matlab

4、运行matlab

可以将centos7.6_bjxenv_0打包sif文件运行，这里不推荐，打包后不能改sif里面的内容

#加入matlab配置文件到环境里

echo "source /appsnew/source/matlab2021b-bjxserver.sh">> centos7.6_bjxenv_0/environment

singularityexec   -B /appsnew,/apps centos7.6_bjxenv_0 matlab

其中 ,/usr,/lib64,/etc,/sys为所在系统的路径， 其他如果出现找不到大量库的时候运行这个：

singularityexec   -B /appsnew,/apps,/lustre1,/lustre2,/gpfs1,/lustre3,/usr,/lib64,/etc,/sys  centos7.6_bjxenv_0 matlab

运行结果如下图：

4、运行R

同上

echo "source /appsnew/source/R-4.2.0.sh ">>centos7.6_bjxenv_0/environment

singularityexec   -B /appsnew:/appsnew,/apps:/apps centos7.6_bjxenv_0 R

其他如果出现找不到大量库的时候运行这个：

singularityexec   -B /appsnew,/apps,/lustre1,/lustre2,/gpfs1,/lustre3,/usr,/lib64,/etc,/sys  centos7.6_bjxenv_0 R

5、mpi编译器，参考mpi-amber部分

6、使用完全环境，比较大7G左右  docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_all:latest：

singularitybuild  --sandbox centos7.6_bjxenv_0    docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_all

出现以下错误：提示空间不够

#创建.apptainer的软链接

rm -r ~/.apptainer

#在比较空闲的文件系统创建你的.apptainer文件夹

mkdir /lustre2/gao_pkuhpc/.apptainer

ln -s /lustre2/gao_pkuhpc/.apptainer ~/.apptainer