通俗阐释 比例风险(Cox)回归模型

1. 引言

比例风险回归模型,又称Cox回归模型,是由英国统计学家D.R.Cox与1972年提出的一种 半参数回归模型 。模型可以用来描述了不随时间变化的多个特征对于在某一时刻死亡率的影响。它是一个在生存分析中的一个重要的模型。

比例风险回归模型是我在学习广义线性模型的时候看到的一个例子,出于好奇,就想学习一下它是啥玩意儿。我一直忿忿不平的是,写书写资料的人往往喜欢写一堆数学公式,却把建立模型Motivation的给去掉了,而 科学的创新往往就是来自这一点点灵感,公式的推导只是其中很机械化、很trivial、但也很重要的一部分工作。

关于Cox回归模型,笔者在学习时感到难以理解的有两点,一是Cox回归模型中比例风险假设的 现实意义和合理性 ;二是Cox回归模型的 极大似然估计 有点Tricky,直接看公式会让人难以理解。

我写本文能为大家提供一点对模型的直观、通俗的理解。

2. *Motivation

假如你现在要研究一个人从出生开始,到t时刻时死亡的概率为多大。那么它会受什么影响呢?直观的来看:

  • 一方面,它会受时间推移的影响。一个健康的人,随着年纪的增大,他死亡的概率也会不可避免的越来越大;
  • 另一方面,它会受一些客观因素影响,比如,一个吸烟的人在某一时刻t死亡的概率,比一个不抽烟的同龄人概率会更大;再比如,一个富豪,每年都花大价钱为自己养生、雇佣营养师为自己控制饮食起居,那么他可能就比我这个穷屌丝死亡的概率更小。
  • 综上所述,我们抽象出了两部分的因素,一部分受 时间 的影响,你可以理解为是理想情况下、不受任何外界影响下的死亡的概率、是一个基准;另一部分受 客观因素 的影响,这些因素会影响整体的概率,使得它在基准上增加或减少。

    理解了这一部分,就不难理解模型的基本假设了。

    3. 危险率

    我前面用的说法“t时刻时死亡的概率”是非常不严谨、难以量化的。这个概念更应该是统计意义上的概率。我们不妨称它为 危险率

    在时刻t的危险率被定义为: t 时 刻 将 要 死 掉 的 人 数 t 时 刻 仍 存 活 的 总 人 数 \frac {t时刻将要死掉的人数}{t时刻仍存活的总人数} t 时 刻 仍 存 活 的 总 人 数 t 时 刻 将 要 死 掉 的 人 数 ​ ,可以理解为“某一时刻危险人群的比例”。举例来讲,假设在t时刻之前,原来有10个人,t时刻后有3人去世了,那么这时的危险率显然应该被定义为 3 10 \frac{3}{10} 1 0 3 ​ 。

    在此我们要建模的,就是这个危险率 与 时间和客观因素 关系。

    4. 模型基本假设

  • X X X :客观因素,由m个影响因素组成: X = ( X 1 , X 2 , . . . , X m ) X=(X_1,X_2,...,X_m) X = ( X 1 ​ , X 2 ​ , . . . , X m ​ )
  • t t t :时间
  • h ( t , X ) h(t,X) h ( t , X ) :当时间为 t t t ,客观因素为 X X X 的时候的危险率
  • 假设的内容: h ( t , X ) = λ 0 ( t ) e x p ( β ⋅ X ) h(t,X)=\lambda_0(t) exp(\beta \cdot X) h ( t , X ) = λ 0 ​ ( t ) e x p ( β ⋅ X )
  • 在这里, λ 0 ( t ) \lambda_0(t) λ 0 ​ ( t ) 是一个仅与时间有关的函数,其选择具有充分的灵活度,一种可能的选择是采用概率论中的Weibull分布、指数分布等。

    β \beta β 是模型的参数。由于只要给定数据,就能够求出模型的参数 β \beta β 。

    对公式进行变形,得到:

    l n ( h ( t , X ) ) = β ⋅ X + l n ( λ 0 ( t ) ) ln(h(t,X))=\beta \cdot X +ln(\lambda_0(t)) l n ( h ( t , X ) ) = β ⋅ X + l n ( λ 0 ​ ( t ) )

    分析这个公式,结论如下,模型中各危险因素与时间相互独立,同时,对数危险率与各个危险因素呈线性相关。这就是Cox回归中的两个基本假设。

    4. 引理:与其他函数的联系

  • 生存函数,客观因素为X时,在t时刻仍然存活的概率: S ( t , X ) = P ( T > t , X ) S(t,X)=P(T>t,X) S ( t , X ) = P ( T > t , X ) ,(tips:活着,真实寿命T比t长)

  • 死亡函数,客观因素为X时,在t时刻已经死亡的概率: F ( t , X ) = P ( T ≤ t , X ) F(t,X)=P(T\leq t,X) F ( t , X ) = P ( T ≤ t , X ) ,(tips:死了,真实寿命T不超过t)

  • 死亡密度函数,客观因素为X时,在t时刻已经死亡的概率密度: f ( t , x ) = l i m Δ t → 0 P ( t < T < t + Δ t , X ) Δ t = F ( t , X ) ′ f(t,x)=lim_{\Delta t \to 0} \frac {P(t<T<t+\Delta t,X)}{\Delta t}=F(t,X)' f ( t , x ) = l i m Δ t → 0 ​ Δ t

  • Cox 比例 风险 回归模型 ,通常简称为 Cox 模型 ,是一种广义的线性 模型 ,用于研究一种或多种变量对生存时间的影响。事件通常是健康领域如死亡、疾病复发或恢复的事件。它是一种 生存分析 方法,用于确定哪些因素可能影响患者的生存时间。在使用 Cox 模型 时,通常会收集一组个体的数据,这组数据包括了影响生存时间的一些可能因素(如年龄、性别、疾病阶段等),以及这些个体的生存时间。使用 Cox 模型 将可能的影响因素与生存时间进行关联分析,以估计每种因素对生存时间的影响程度。 Cox 模型 对因素的影响使用的是“ 风险 比例 ”来度量的。 拟合Kaplan-Meier和 Cox 比例 风险 模型 Surviv al _an al ysis_example.Rmd 拟合生存 模型 的高级功能,包括 Cox 模型 中的高级选项, cox ph()中的计数选项, Cox 模型 的诊断, Cox 模型 中的时间相关协变量等 expand_nomissing_study1.csv 生存数据的数据文件 拟合分段指数 比例 风险 模型 piecewise_exponenti al _ pro port ion al _ haza rds _ model .R 使用GLM泊松 模型 拟合生存 模型 simple_glm_surviv al .R 拟合生存树 Survivor_trees 生存 模型 和危险比的荟萃分析 metaan al ysis_ haza rd_ratios.R 备忘单和其他资源 备忘单文件夹 Hypotheses: H0:S1(t)=S2(t)H_0:S_1(t)=S_2(t)H0​:S1​(t)=S2​(t)H1:S1(t)≠S2(t)H_1:S_1(t)≠S_2(t)H1​:S1​(t)​=S2​(t) 检验统计量是:q=[∑i=1mwi(d1,(i)−e^1,(i))]2∑i=1mwi2v^1,(i)q=\frac{[\sum_{i=1}^{m} 本篇推文来介绍 Cox 比例 风险 模型 ( Cox pro port ion al haza rds model ),简称为 Cox 模型 。目录如下:1 Cox 模型 形式1.1 模型 的数学形式1.2 模型 说明1.3 模型 的代码形式2 常规 Cox 模型 2.1 单类型单事件2.2 单类型多事件2.3 多类型单事件3 多状态 Cox 模型 3.1 模型 示例一3.2 模型 示例二1 Cox 模型 形式1.1 模型 的数学形式通过对生存曲线的学习,... 生存分析 (Surviv al An al ysis)、 Cox 风险 比例 回归模型 ( Cox pro port ion al haza rds model )及C-index 1. 生存分析 生存分析 指的是一系列用来探究所感兴趣的事件的发生的时间的统计方法。常见的有1)癌症患者生存时间分析2)工程中的失败时间分析等等。 1.1 定义 给定一个实例 iii,我们用一个三元组来表示 (Xi,δi,Ti)(X_i, \del... 是由英国统计学家D.R. Cox (1972)年提出的一种半参数 回归模型 。该 模型 以生存结局和生存时间为应变量,可同时分析众多因素对生存期的影响,能分析带有截尾生存时间的资料,且不要求估计资料的生存分布类型 Cox 模型 的基本假设为: 在任意一个时间点,两组人群发生时间的 风险 比例 是恒定的;或者说... 知识小结------ 数据分析 ------ Cox 比例 风险 回归模型 ( pro port ion al haza rds model )学习知识点:学习内容:1.公式2.各项解释3.作用与意义 学习知识点: Cox 比例 风险 回归模型 ( pro port ion al haza rds model ) 在翻阅论文时看到,所以去查阅了相关资料,做了总结。虽然过于简陋,但是都是我个人的理解。 学习内容: 2.各项解释 X:客观因素,由m个组成X:客观因素,由m个影响因素组成: X=(X_1,X_2,…,X_m) 在患者预后实验中 Cox 比例 风险 回归模型 单因素多因素 生存分析 欢迎使用Markdown编辑器 Cox 比例 风险 回归模型 临床应用非常广泛, Cox 分析得到的结果是可以直接运用到临床应用的,所以这个分析对癌症临床诊断有非常关键的作用,检测高低 风险 的关键基因,就可以预测病人5年生存率。 Cox 比例 风险 回归模型 ,简称 Cox 回归模型 。该 模型 又英国统计学家D.R. Cox 于1972年提出,主要用于肿瘤和其他慢性病的预后分析,也可用于... COX 比例 风险 模型 ( cox pro port ion al - haza rds model ),以下简称 COX 模型 ,是英国统计学家D.R. COX (1972)提出的一种半参数 回归模型 。该 模型 通常是用于医学研究中,分析一个或多个前定变量对患者生存时间的影响。与单变量分析常用的Kaplan-Meier 曲线和logrank tests 不同, COX 模型 是多因素 生存分析 的方法,并且 COX 模型 可以包含类别变量(例如性别),还可以包含数值变量(例如年龄) 在医学研究中,观察对象生存时间往往受到多个因素的影响。例如,研究某肿瘤患者生存时间与治疗措施的关系,患者的生存时间不仅与治疗措施有关,还受病人的年龄、性别、病情、心理、环境、社会等因索的影响,如果要显示治疗措施的效果,除了治疗措施不同以外,其他影响因素应尽可能相同或相近.这时采用多变量分析方法能够分析包括治疗措施在内的可能因素对生存时间的影响。,有时甚至不知道它的分布类型,这样就不能采用多重线性回归方法分析。本节介绍的。 简 介 Cox Boost使用基于组件似然的增强来拟合 Cox 比例 风险 模型 。特别适用于具有大量预测器的 模型 ,并允许具有无惩罚参数估计的强制协变量。与梯度增强(例如在R包mboost中的glmboost例程中实现,使用 Cox PH损失函数)相比, Cox Boost不是基于损失函数的梯度,而是采用Tutz和Binder(2007)的基于偏移量的增强方法来估计 Cox 比例 风险 模型 。在每个增强步骤中,将前面的... Cox 回归是一种用于 生存分析 的统计 模型 ,它可以用来估计某个因素对生存时间的影响。 Cox 回归基于 Cox 比例 风险 模型 ,该 模型 假设 风险 比率是常数,即不随时间变化。在 Cox 回归中,我们使用最大似然方法来估计 模型 参数。 风险 率( Haza rd Rate),是单位时间内发生的事件数占被试总体的百分比。 风险 比率,正式的英文名称是 Haza rd Ratio。 风险 比率是两个 风险 率( Haza rd Rate)的比值。在医学和公共研究中,常常使用 风险 比率来表示实验组与对照组之间的 风险 差别。 卡普兰-梅耶生存曲线(Kaplan-Meier curve)能够直观表示 风险 率。曲线上的点表示此时存活人数占全组人数的比值,即生存率。生存率与 风险 率之和为1.图中在任意一个时间点上,两个组的 风险 率之比,就是 风险 比率。