作业示例（基本） - 上海交大超算平台用户手册 Documentation

cpu ¶

cpu 队列 slurm 脚本示例：多节点（160 核）
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test        # 作业名
#SBATCH --partition=cpu        # cpu 队列
#SBATCH -n 160                # 总核数 160
#SBATCH --ntasks-per-node=40   # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
cpu 队列 slurm 脚本示例：单节点（40 核）
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test        # 作业名
#SBATCH --partition=cpu        # cpu 队列
#SBATCH -n 40                 # 总核数 40
#SBATCH --ntasks-per-node=40   # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
cpu 队列 slurm 脚本示例：单节点（20核），比如为了独占整个节点的大内存
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test        # 作业名
#SBATCH --partition=cpu        # cpu 队列
#SBATCH -n 20                 # 总核数 20
#SBATCH --ntasks-per-node=20   # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH --exclusive            # 独占节点（核数小于 40，cpu 队列必须加上此命令）
huge¶
huge 队列 slurm 脚本示例：单节点（20 核，最高可用 80 核）
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test         # 作业名
#SBATCH --partition=huge        # huge 队列
#SBATCH -n 20 # 总核数 20
#SBATCH --ntasks-per-node=20    # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
192c6t¶
192c6t 队列 slurm 脚本示例：单节点（96 核，最高可用 192 核）
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test        # 作业名
#SBATCH --partition=192c6      # 192c6t 队列
#SBATCH -n 96                 # 总核数 96
#SBATCH --ntasks-per-node=96   # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
dgx2¶
dgx2 队列 slurm 脚本示例：单节点，分配 2 块 GPU，GPU:CPU 配比 1:6
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test        # 作业名
#SBATCH --partition=dgx2       # dgx2 队列
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=12     # 1:6 的 GPU:CPU 配比
#SBATCH --gres=gpu:2           # 2 块 GPU
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
arm128c256g¶
arm128c256g 队列 slurm 脚本示例：单节点60核
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=60
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
source /lustre/share/singularity/commercial-app/vasp/activate arm
mpirun -n $SLURM_NTASKS vasp_std
常用软件作业示例¶
下面根据不同应用软件，示例 slurm 作业脚本
LAMMPS 作业示例¶
cpu 队列 slurm 脚本示例 LAMMPS
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test         # 作业名
#SBATCH --partition=cpu         # cpu 队列
#SBATCH -n 80                  # 总核数 80
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load lammps
srun --mpi=pmi2 lmp -i YOUR_INPUT_FILE
GROMACS 作业示例¶
cpu 队列 slurm 脚本示例 GROMACS
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test         # 作业名
#SBATCH --partition=cpu         # cpu 队列
#SBATCH -n 80                  # 总核数 80
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load gromacs/2020-cpu
srun --mpi=pmi2 gmx_mpi mdrun -deffnm -s test.tpr -ntomp 1
Quantum ESPRESSO¶
cpu 队列 slurm 脚本示例 Quantum ESPRESSO
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test         # 作业名
#SBATCH --partition=cpu         # cpu 队列
#SBATCH -n 80                  # 总核数 80
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load quantum-espresso
srun --mpi=pmi2 pw.x -i test.in
OpenFOAM¶
cpu 队列 slurm 脚本示例 OpenFoam
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test         # 作业名
#SBATCH --partition=cpu         # cpu 队列
#SBATCH -n 80                  # 总核数 80
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 每节点核数
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load openfoam
srun --mpi=pmi2 icoFoam -parallel
TensorFlow¶
gpu 队列 slurm 脚本示例 TensorFlow
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p dgx2
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=12
#SBATCH --gres=gpu:2
module load miniconda3
source activate tf-env
python -c ’import tensorflow as tf; \
       print(tf.__version__); \
       print(tf.test.is_gpu_available());’
其它示例¶
Job Array 阵列作业¶
一批作业，若所需资源和内容相似，可借助 Job Array 批量提交。Job Array
中的每一个作业在调度时视为独立的作业。
cpu 队列 slurm 脚本示例 array
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test           # 作业名
#SBATCH --partition=small         # small 队列
#SBATCH -n 1                      # 总核数 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1       # 每节点核数
#SBATCH --output=array_%A_%a.out
#SBATCH --error=array_%A_%a.err
#SBATCH --array=1-20%10           # 总共 20 个子任务，每次最多同时运行 10 个
echo $SLURM_ARRAY_TASK_ID
作业状态邮件提醒¶
–mail-type= 指定状态发生时，发送邮件通知: ALL, BEGIN, END, FAIL
small 队列 slurm 脚本示例：邮件提醒
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=small
#SBATCH -n 20
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH --mail-type=end           # 作业结束时，邮件提醒
#SBATCH --mail-user=XX@sjtu.edu.cn