编译 | 苏宓
出品 | CSDN(ID:CSDNnews)
Python 的运行速度快吗?虽说不同场景不同定论,但整体而言,它没有 C、Java 快。这也导致 Python 凭借可读性、简单易上手、良好的生态系统横行 AI 领域时,一提到速度,就成为众多开发者头疼的问题。
为了解决这一难题,麻省理工学院的计算机科学家出手了,他们共同研发了一种名为 Codon 的 Python 编译器,可以将 Python 代码转化为本地机器代码,而不会对运行时的性能产生影响。
当前,Codon 已经在 GitHub 上开源:https://github.com/exaloop/codon,斩获 6300 个 Star。
Codon 与 C/C++ 性能相当
"在单线程上,比 Python 的典型速度提高了 10-100 倍或更多,"Codon repo写道,"Codon 的性能通常与 C/C++ 的性能相当(有时甚至更好)。"
与 Python 不同的是,Codon 支持本地多线程,这可以使速度提高许多倍。
Codon 最初是作为一个在 Python 中创建高性能特定领域语言(DSL,domain-specific language)的框架而开发的。DSL 是专注于特定目的的语言,而不是像 Python 或 C 这样的通用编程语言。
据官方 GitHub repo 透露,Codon 源于 Seq 项目,后者是一个用于生物信息学和遗传学的 DSL,现如今它已经成长为一个与 Python 3 基本兼容的语言编译器。
近期,外媒 The Register 通过该工具的研究团队内部最新分享了一个关于 Codon 的论文。本论文的作者包含了,MIT、维多利亚大学等多名研究人员,如 Ariya Shajii(Exaloop)、Gabriel Ramirez(MIT CSAIL)、Haris Smajlović(加拿大维多利亚大学)、Jessica Ray(MIT CSAIL)、Bonnie Berger(MIT CSAIL)、Saman Amarasinghe(MIT CSAIL)和 Ibrahim Numanagić(维多利亚大学)。
这篇论文指出,"与其他面向性能的 Python 实现(如 PyPy 或 Numba)不同,Codon 是作为一个独立的系统从头开始构建的,它可以提前编译为静态可执行文件,并且不与现有的 Python 运行时(如 CPython 或 RPython)绑定执行。因此,Codon 可以实现更好的性能,并克服运行时的特定问题,如全局解释器锁"。
在论文中,作者也讨论了各种基于 Codon 的高性能 DSL,这些 DSL 设计用于生物信息学、数据压缩和并行编程,也利用了 Codon 的编译器基础设施。但是 Codon 可以大幅加速标准的 Python 程序,尽管那些依赖外部库(如 Django 或 DocUtils)的程序必须依赖 CPython 桥接,这就限制了 CPython 的性能。
"Codon 不需要使用像 numpy 这样的 C 语言实现的库来重写程序,也不需要完全用 C 语言重写,而是可以使用相同的 Python 实现,并给出你用 C 语言重写的相同性能",麻省理工学院教授和 CSAIL 首席研究员 Saman Amarasinghe说 道,"因此,我相信 Codon 是成功的 Python 应用程序的最简单的前进道路,这些应用程序由于缺乏性能而达到了一个极限。"
那么 Codon 是否真的如说的那样快?在 Codon 论坛上,一位开发者进行了测试:
$ cat fib.py
def fib(n):
if n == 0:
return 0
elif n == 1:
return 1
else:
return fib(n-1) + fib(n-2)
if __name__ == "__main__":
import sys
print(fib(int(sys.argv[1])))
CPython 3.11
$ python fib.py 40
102334155
# mem: 8'816_KB
# time: 18.42_s
PyPy 7.3.9
$ pypy fib.py 40
102334155
# mem: 74'596_kB
# time: 4.99_s
# ~= 3.7x
Codon compiled
$ codon build -release fib.py
$ ./fib 40
102334155
# mem: 5'612_kB
# time: 0.26_s
# ~= 70.8x
Codon with python interpreter
# in fibpy.py, we just add `@python` decorator to fib function
$ codon build -release fibpy.py
export CODON_PYTHON=/path/to/libpython3.11.so
$ ./fibpy 40
102334155
# mem: 12'828
# time: 18.49
# ~= 1x
最终发现,一个简单的 Codon 编译的斐波那契脚本比 CPython 版本快 70 多倍。
除此之外,该研究团队也在 GitHub 上贴出了 Codon 基准测试套件的结果,比较了 Python、PyPy、C++ 和 Codon 在一系列任务和应用上的表现。该基准测试是在以下设置上运行的:
最终结果如下所示:
据 Codon 官方文档显示,虽然 Codon 的语法和语义与 Python 的几乎相同,但还是有一些值得一提的区别,如数据类型方面:
-
整数。Codon 的 int 是一个 64 位有符号的整数,而 Python 的(在版本 3 之后)可以是任意大的。然而 Codon 通过 Int[N] 支持更大的整数,其中 N 是位宽。
-
字符串。Codon 目前使用 ASCII 字符串,与 Python 的 unicode 字符串不同。
-
字典。Codon 的字典类型不保留插入顺序,与 Python 3.6 的不同。
此外,Codon 和 Python 在类型检查、数值运算、模块等维度还有些许的不同,更详细的内容可参考:https://docs.exaloop.io/codon/general/differences据悉,Codon 已经被商业化地应用在金融和生物信息学、深度学习等领域。
参考来源:
https://www.theregister.com/2023/03/11/python_codon_compiler/
GitHub 地址:https://github.com/exaloop/codon
编译 | 苏宓出品 | CSDN(ID:CSDNnews)Python 的运行速度快吗?虽说不同场景不同定论,但整体而言,它没有 C、Java 快。这也导致Python 凭借可读性、简单易上手、良好的生态系统横行 AI 领域时,一提到速度,就成为众多开发者头疼的问题。为了解决这一难题,麻省理工学院的计算机科学家出手了,他们共同研发了一种名为Codon 的 Python 编译器,可以将 Pyth...
2、强制类型
转
换如(int)a,而不是int(a)
3、取整数部分用(int)3.14
4、if (a>b)后边不加冒号,条件要用括号括起来,当if语句块不只一条时要用{}括起来。
5、
C++
不必考虑缩进
加“壳”,能在
C++
中进行操作,但是不发生数据拷贝,底层的存储方式还是按照
python
的方式;
数据类型
转
换,从
python
中的存储方式,直接
转
换成
C++
中的数据类型,发生数据拷贝,效率较低,尤其是在数据量比较大的情况下,这种
转
换的代价很高。
这一点非常值得关注,当
Python
中考虑调用
C++
接口时,大多情况下都是为了提高程序的运行速率(有时候可能是为了能够调用
C++
的库)。因此,通过以上哪一种方式传递数据需要衡量。
如果你有现成的C
Python
时现在很火的一种
语言
,在云计算、人工智能、自动化测试等领域使用率非常高。之所以有这么大的市场使用率,
python
也是有它自己的独特之处,首先
python
易学,并且是一种解释性
语言
,不需要经过
编译
,并且它有着非常丰富的第三方库,可以帮助你处理各种工作,包括:电子邮件、数据库、web、GUI、单元测试等。
Python
采用强制缩进的方式使得代码有着极佳的可读性。
seq = Seq(sequence, generic_dna)
aa_lengths = []
for strand, nuc in [(+1, seq), (-1, seq.reverse_complement())]:
for frame in range(3):
length =
for
codon
in range(frame, len(nuc)-2, 3):
if nuc[
codon
:
codon
+3] in ['ATG', 'GTG', 'TTG']:
length += 1
elif nuc[
codon
:
codon
+3] in ['TAA', 'TAG', 'TGA']:
aa_lengths.append(length)
length =
aa_lengths.append(length)
return aa_lengths
# 读取FASTA文件
record = SeqIO.read("sequence.fasta", "fasta")
# 统计ORF的氨基酸长度
aa_lengths = count_ORF_aa_length(str(record.seq))
# 输出结果
print("ORF的氨基酸长度:", aa_lengths)
这个脚本使用了Bio
python
库中的SeqIO、Seq和generic_dna模块,可以统计一个DNA序列中所有ORF的氨基酸长度。