上海交通大学医学院附属第六人民医院（简称六院）药剂科是上海市首批临床药学重点专科，上海交通大学医学院药学专业博士点和上海中医药大学中药学专业博士点，设有临床药学教研室。是中国药学会药学服务专委会、中国药师协会药品临床评价专委会、中华医学会临床药学专科分会、上海市医院协会临床药事管理专委会、上海市药学会医院药学专委会、上海市医学会临床药学分会的主委和副主委单位。现有药学专业技术人员184人，其中主任药师4人，副主任药师16人，包括Pharm.D在内的博士15人。医院“十四五”及2035规划着力打造“金字塔式”学科体系，将药剂科列为“四大高原学科”之一。
六院药剂科设立门诊西药房和中草药房、急诊药房、发热药房、儿科药房、住院药房、静脉用药调配中心、小洋山药房、药品采购与药品政策研究部、制剂室、质检室、临床药学室、审方中心、治疗药物监测及个体化用药研究室、临床药学教研室等20余个部门。主要负责全院药事管理与药物治疗学委员会的日常工作；推动基本药物、集采药品和国谈药品等政策落地，保障药品供应；牵头落实和推进全院抗菌药物管理、精神麻醉类药品管理、药品不良反应监测、处方点评、药品质量与药事管理质控、药品议价和药品评价保障等药事核心工作；同时进行药学成果转化。经过长期积累，在药事管理、临床药学、教学、学术研究等领域硕果累累。获“2023年度上海市巾帼文明岗”荣誉称号，门急诊中西药房在2019年被评为一星级“全国青年文明号”，工会在2023年被评为“全国教科文卫体系统模范职工小家”。