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Code
›
21 Markdown格式 | R语言教程
| markdown markdown编辑器 html代码 markdown表格 |
| https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/markdown.html |
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活泼的生姜
5 月前 |
evalCpp()
转换单一计算表达式
cppFunction()
转换简单的C++函数—Fibnacci例子
sourceCpp()
转换C++程序—正负交替迭代例子
sourceCpp()
转换C++源文件中的程序—正负交替迭代例子
sourceCpp()
转换C++源程序文件—卷积例子
wrap()
把C++变量返回到R中
as()
函数把R变量转换为C++类型
as()
和
wrap()
的隐含调用
//[[Rcpp::export]]
sourceCpp()
函数中直接包含C++源程序字符串
cppFunction()
函数中直接包含C++函数源程序字符串
evalCpp()
函数中直接包含C++源程序表达式字符串
depends
指定要链接的库
invisible
要求函数结果不自动显示
clone
函数
is_na
seq_along
seq_len
pmin
和
pmax
ifelse
sapply
和
lapply
sign
diff
kable()
函数制作表格
这里介绍的markdown格式是Pandoc软件进行了功能扩充后的版本。
21.2 Markdown格式文件的应用
Markdown格式用在一些微博、论坛中作为缺省格式， 用户在网络浏览器软件的输入框中按照markdown格式输入， 网站自动将其转换为html富文本内容显示出来。 科学计算常用的Jupyter笔记本的文件格式也是基于markdown格式。
因为markdown格式就是纯文本， 而且其格式十分简单， 所以可以仅仅用普通文本编辑器编写markdown格式的文件， 不需要转换为其它格式。
有一些独立运行的编辑软件， 在其中输入了markdown格式文件后， 可以并列地显示转化为html富文本后的结果， 很多还支持自动备份到云服务中。 但是，这些独立运行的编辑器大都有商业因素。 比如，国内的印象笔记软件是提供了云存储的笔记软件， 在其PC端就支持创建markdown格式的笔记， 可以在输入时即时显示html效果。
RStudio软件不是专用的Markdown编辑器，
它是一个R程序的集成编辑、运行环境，
对个人用户免费，
在R Studio中可以编辑Markdown文件和含有R代码的Markdown文件，
可以一键将其转化成HTML、MS Word docx文件，
在单独安装的LaTeX编译软件支持下还可以直接编译成PDF。
RStudio支持下的增强的Mardown格式，
称为RMarkdown格式，
以
.Rmd
为扩展名，
支持大多数的LaTeX公式，
在bookdown扩展包支持下还支持公式、定理、图表等自动编号和引用、链接。
这个格式的升级版本称为Quarto格式，以
.qmd
为扩展名。
21.3 markdown格式说明
这部分内容参考了markdown手册和Rstudio的文档， 以及 ( Xie, Allaire, and Grolemund 2019 )。
21.3.1 概述
Markdown格式是John Gruber于2004年创造的， Markdown 的目标是实现“易读易写”。 Markdown定义了一种简单好用的文本文件格式， 作为单独的文本文件， 此格式没有什么多余的标签， 又可以转化为很多其它的格式。
Markdown 的语法全由一些符号所组成， 这些符号经过精挑细选，其作用一目了然。 比如：在文字两旁加上星号，看起来就像 强调 。 Markdown 的列表看起来就像我们平常在邮件中写一个列表的方法。 Markdown 的区块引用看起来就真的像是引用一段文字， 就像你曾在电子邮件中见过的那样。
可以直接在markdown中写HTML标记内容。 markdown能实现的功能是HTML的一部分， 但是比HTML内容更干净， 没有掺杂过多的与要表达的意思无关的标签。 Markdown的理念是，能让文档更容易读、写和随意改。
21.3.2 段落
一个段落由一行或连续的多行组成。 段落之间以空行分隔。 同一段落内的不同行在转换成HTML或docx等格式后会重新排列， 原来的段内换行被当成了空格，这样的规定与LaTeX类似。 普通段落不该用空格或制表符来缩进， 不应在行尾留有空格。
为了在段内换行并且转化后仍保持段内换行， 输入时在前面行的末尾输入两个或两个以上空格。例如：
白日依山尽，黄河入海流。
欲穷千里目，更上一层楼。显示结果为：
白日依山尽，黄河入海流。
欲穷千里目，更上一层楼。
这样做的缺点是末尾的空格时不可见的。
可以使用HTML的
<br>
标签在段内换行，如：
白日依山尽，黄河入海流。<br>
欲穷千里目，更上一层楼。
白日依山尽，黄河入海流。
欲穷千里目，更上一层楼。
21.3.3 段内文字格式
在一段内，用星号或下划线包围的内容如
*强调*
是
强调
格式。
用双星号或双下划线包围的内容如
**加重**
是
加重
格式。
星号、下划线与要强调或加重的内容之间不要空开，
否则会当作普通星号或下划线解释，
在行首还会当作列表。
为了插入普通的星号或下划线，可以使用反斜杠保护，
或者写成段内代码格式。
可以用一对
~
作为界定符给出下标，
如
HO~2~
会变成HO
2
。
可以用一对
^
作为界定符给出上标，
如
Cu^2+^
会变成Cu
2+
。
但是，数学公式一般还是应该使用LaTeX数学公式形式（见
22.10
）。
在普通段落内一部分内容希望显示成代码，
对其中的特殊字符不进行解释，
只要包在两个反向单撇号内。
如
`if(_x_ > 0) y=1;`
会变成
if(_x_ > 0) y=1;
。
如果内容本身就包含反向单撇号，
可以在两边使用更多个数的反向单撇号，
如
`` `x` ``
会变成
`x`
。
在Markdown文件中，
为了使得某些有特殊意义的字符不作特殊解释，
可以在该字符前面加上反斜杠
\
，
取消其特殊含义。
为了原样显示反向单撇号， 可以在两边用双写的反向单撇号界定字符串。
21.3.4 标题和分隔线
以一个井号(“
#
”)开始的行是一级标题，
以两个井号(“
##
”)开始的行是二级标题，
…………，
以六个井号开始的行是六级标题。
标题行前面应该空一行，
否则可能把某些偶然出现在行首的“
#
”号误认为标题行的标志。
对一级标题，
也可以用标题内容下面输入一行等于号“
=
”表示上一行内容是一级标题。
对二级标题，
可以用标题内容下面输入一行减号“
-
”表示上一行内容是二级标题。
等于号和减号的个数不限。
用三个或三个以上连续的星号组成的行， 可以转换成分隔线。下面是一个分隔线：
21.3.5 引用段落
可以用类似Email的回复包含原始邮件内容的办法输入引用段落， 即，在段落的每行前面加一个大于号。 比如下面的诗：
> 白日依山尽，黄河入海流。
> 欲穷千里目，更上一层楼。白日依山尽，黄河入海流。 欲穷千里目，更上一层楼。
注意引用也是段落模式，内容中的换行不起作用，空行导致分段。
引用段落也可以仅在段落第一行写大于号， 其它行顶格写，例如下面的两段引用：
> 远上寒山石径斜，
白云生处有人家。
> 停车坐爱枫林晚，
霜叶红于二月花。远上寒山石径斜， 白云生处有人家。
停车坐爱枫林晚， 霜叶红于二月花。
引用也可以嵌套，如：
> 张三说：李四这样说过 >> 不想当将军的木匠不是好厨子。张三说：李四这样说过
不想当将军的木匠不是好厨子。
注意嵌套内容前后都有空的引用行，否则不能实现嵌套引用。
引用内也可以嵌套其它的Markdown格式如标题、列表等。 引用前后应该有空行把引用内容与其他内容分隔开。
为了在引用中换行， 就需要加引用空行。 为了排版诗、词之类的内容， 希望人为控制换行和引导空格， 可以将引用中的
>替换成|，如：| 白日依山尽， | 黄河入海流。 | 欲穷千里目， | 更上一层楼。白日依山尽，
黄河入海流。
欲穷千里目，
更上一层楼。| 枯藤老树昏鸦， | 小桥流水人家， | 古道西风瘦马。 | 夕阳西下， | 断肠人在天涯。枯藤老树昏鸦，
小桥流水人家，
古道西风瘦马。
夕阳西下，
断肠人在天涯。其中不用
|开头的行仍会当作上一行的续行， 不会强行换行。21.3.6 列表
列表分为不编号的列表和编号的列表。 不编号的列表转化后通常显示圆点开头的列表项。
在Markdown中， 用星号表示一个不编号的列表项。 星号也可以替换成加号或减号， 后面必须有一个或多个空格。 每个列表项可以输入多行， 各行的内容最好左对齐， 左对齐在使用文本格式时较易阅读， 但不是必须的。 两个列表项之间不要空行。
* 白日依山尽， 黄河入海流。 * 欲穷千里目， 更上一层楼。白日依山尽， 黄河入海流。 欲穷千里目， 更上一层楼。 段落顶头的数字加句点和空格表示编号列表， 两个列表项之间尽量不要空行。
1. 第一种解决方法， 收买敌人的高官。 2. 第二种解决方法， 尽可能拖延。第一种解决方法， 收买敌人的高官。 第二种解决方法， 尽可能拖延。 标准的markdown编号列表不能自己定义数字的显示格式， 不允许开始值不等于1。 pandoc支持更自由的列表， 允许输入时有括号或右括号，允许使用字母和罗马数字，但是括号会被去掉。如
(1) 顶层一； a) 内层二； b) 内层三； (2) 顶层二。为了避免错误地产生非本意的编号列表， 在行首写数字加句点和空格时，可以在句点前加反斜杠， 或者在句点前加空格。例如，下面是一个年号：
2016\.如上输入将不会错误地解释为有序列表。
如果列表项目中有多个段落， 这时两个列表项之间应该以空行分隔， 每个项目除了第一行外，输入的每行内容都应该缩进4个空格或者一个制表符。
* R语言第一个版本开发于1976-1980，基于Fortran； 于1980年移植到Unix, 并对外发布源代码。 1984年出版的“棕皮书” 总结了1984年为止的版本, 并开始发布授权的源代码。 这个版本叫做旧S。与我们现在用的S语言有较大差别。 1989--1988对S进行了较大更新， 变成了我们现在使用的S语言，称为第二版。 1988年出版的“蓝皮书”做了总结。 * 1992年出版的“白皮书”描述了在S语言中实现的统计建模功能， 增强了面向对象的特性。软件称为第三版，这是我们现在用的多数版本。 1998年出版的“绿皮书”描述了第四版S语言，主要是编程功能的深层次改进。 现行的S系统并没有都采用第四版，S-PLUS的第5版才采用了S语言第四版。R语言第一个版本开发于1976-1980，基于Fortran； 于1980年移植到Unix, 并对外发布源代码。 1984年出版的“棕皮书” 总结了1984年为止的版本, 并开始发布授权的源代码。 这个版本叫做旧S。与我们现在用的S语言有较大差别。
1989–1988对S进行了较大更新， 变成了我们现在使用的S语言，称为第二版。 1988年出版的“蓝皮书”做了总结。
1992年出版的“白皮书”描述了在S语言中实现的统计建模功能， 增强了面向对象的特性。软件称为第三版，这是我们现在用的多数版本。
1998年出版的“绿皮书”描述了第四版S语言，主要是编程功能的深层次改进。 现行的S系统并没有都采用第四版，S-PLUS的第5版才采用了S语言第四版。
列表项目内如果有引用段落， 需要都缩进4个空格。 如果有程序代码， 需要缩进4个空格后用三个反单撇号表示开始与结束。
列表可以嵌套， 嵌套的列表需要缩进4个空格， 中间不需要空行。
1. 第一类工作包括： + 技术服务； + 咨询服务。 2. 其它工作略。第一类工作包括： 技术服务； 咨询服务。 其它工作略。 如果需要把每个列表项当作段落排版，可以在每个列表项后空行。
21.3.7 源程序
为了让源程序能够自动显示成源程序的样式， 而不至于自动分行、特殊字符解释， 最初的markdown的规定是用空行把源程序与其它内容隔开， 并把源程序行都缩进4个空格（或以上）或者一个制表符。 源程序格式持续到不缩进4个空格的地方为止。
例如，下面的输入：
f <- function(x){ n <- length(x) y <- numeric(n) y[x >= 0] <- 1 ##y[x < 0] <- 0f <- function(x){ n <- length(x) y <- numeric(n) y[x >= 0] <- 1 ##y[x < 0] <- 0更适当的做法是用三个连续的反向单撇号表示代码开头与代码结束， 中间就会当作源程序代码处理。 例如下面的输入
> x <- rnorm(100) > hist(x)> x <- rnorm(100) > hist(x)R的knitr包在Markdown格式的文件中插入R可执行代码时， 就用了这样的方法。 而且，R Markdown格式的代码块不需要用空行与前后分隔开。 如果代码内本身含有反向单撇号行， 只要使得开头与结尾标志中的反向单撇号个数更多就可以了。 这种做法称为“栅栏式”代码段。
使用栅栏式代码段时可以在开始行的行尾写大括号， 在大括号内写选项。 其中一种选项是要求按照某种编程语言对结果进行彩色语法显示， 如.cpp表示C++，.c表示C，.r表示R，.python表示python等。 选项
.numberLines要求该代码行编号。```{.cpp .numberLines startFrom=101} #include <math.h> double sqr(double x){ return(x*x);#include <math.h> double sqr(double x){ return(x*x);21.3.8 链接
最简单的链接是原样显示的可点击的链接， 只要把链接地址用小于号和大于号包在中间， 两边用空格和其它内容隔开。 如果是网页，需要加
http://， 如果是邮箱，需要加mailto:。 例如，如下代码:北京大学的网页地址是： <http://www.pku.edu.cn/> 。北京大学的网页地址是： http://www.pku.edu.cn/ 。
除此之外， Markdown 还支持两种形式的链接语法： 行内式和引用式两种形式。 不管是哪一种，链接的显示文字都是用方括号
[...]来标记。要建立一个行内式的链接， 只要在方括号内写链接的显示文字， 右方括号后面紧接着圆括号， 并在圆括号中间插入网址链接即可。 方括号部分与圆括号部分之间不能断开。
请参考：[李东风的教学主页](http://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/index.htm)请参考：李东风的教学主页
在圆括号中，链接后面还可以包含用双撇号包围的标题文字， 与链接之间用空格分开。
引用式的链接， 需要在某处（比如文章结尾）定义一些链接的标识符， 然后用方括号包围链接的显示文字， 后面紧接着方括号包围着链接的标识符。
为了定义链接标识符， 用方括号包围链接标识符， 前面可以有至多3个空格缩进， 右方括号后面紧接着冒号和一个空格， 空格后写链接地址， 然后空格，在两个双撇号中间写一个链接地址的标题。
[baidu]: http://baidu.com/ "百度" [pku]: http://www.pku.edu.cn/ "北大"这时，在文章中就可以用标识符调用链接， 如
[北京大学主页][pku]将变成链接北京大学主页。使用引用式的链接， 有些像论文中把所有参考文献排列在文章末尾， 文中用到某一篇文献只要提及其序号。
还有一种链接是内部链接，用于文内跳转。 在各级标题行的末尾， 可以添加
{#自定义标签}这样的内容， 其中“自定义标签”是自己写的一个标识符， 标识符仅使用英文字母、数字、下划线、减号， 用来区分不同的位置。 在Quarto文件中需要以“#sec-”开头 比如，本文第一节“介绍”添加了sec-markdown-intro为标签， 就可以用“[回到介绍](#sec-markdown-intro)”产生链接 回到介绍。21.3.9 插入图形
图形只能用链接形式， 不可能保存到一个纯文本文件内。 图形文件可以存在于远程服务器上， 也可以是与生成的HTML文件在同一目录结构中的文件。 语法仍使用行内式和参考式两种形式。 转化成HTML、PDF、Word格式后可以把图形内嵌在输出文件内部。
行内式的图片链接， 是普通行内链接格式前面添加了一个叹号， 惊叹后面紧接着方括号， 方括号内写图片的标题，标题可以空缺， 在右方括号后面紧接着圆括号， 圆括号内写图片的链接。
例如，下面的代码可以插入百度的一个logo，使用的是网上的资源:
为了插入保存在本地的与Markdown源文件在同一子目录或下级子目录的图形， 只要在圆括号中写图片文件名（如果与Markdown源文件在同一子目录）或相对路径。 例如，在
D:\work\figs下的图形文件baidu_logo.gif在本Markdown源文件所在目录的figs子目录中, 可以用代码这样含有网上图片和本地图片的Markdown源文件转化为HTML和docx格式， 都可以正常显示插入的图片。
与链接类似， 也可以在文章某处（比如末尾）定义图片的标识符， 然后把行内图片引用中图片地址替换成图片标识符即可。
在使用RStudio的可视化方式编辑Quarto格式文件时， 可以直接将图形文件复制粘贴入正在编辑的文件中， 相应的图形文件自动复制保存在项目目录中， 这可以简化插入图片的操作。 Quarto中有选项可以调整图片大小、显示标题等属性。
21.3.10 表格
Markdown文本格式的表格就像是用减号、等号、竖线画的文本格式表格一样， 转化为HTML、docx等格式后就变成了富文本的表格。 有如下几种表格：
21.3.10.1 管道表
管道表在两列之间用竖线分开， 在列标题下面用减号画横线， 用如下方法指定各对齐方式：
在列标题下的横线开始加冒号，表示左对齐； 在列标题下的横线末尾加冒号，表示右对齐； 在列标题下的横线两端加冒号，表示居中对齐； 列标题下面仅有横线没有冒号，表示缺省对齐方式，一般是左对齐。 在表格内容后面空一行后写用
Table:开头的表格说明。这种方法不需要输入内容上下对齐，适用于中文内容。 后面所讲的简单表、换行表、有格表需要能够输入内容对齐， 对于中英文混合内容很难做到对齐， 所以仅管道表比较适合中文内容。
管道表示例| 姓名 | 收入 | 职业 | 颜色偏好 | |:------|-----------:|:---------------:|-----------| | 赵四海 | 123456 | 业务经理 | 红 | | 刘英 | 50 | 无 | 蓝 | | 钱德里 | 3200 | 保洁 | 灰 | Table: 管道表示例一个简单表的例子 Income Color Subject Income Job color ------ -------- ------------------ ----- Jane 123456 Research red Ayer Assistant John 50 N/A blue Tukey William 3200 Cleaner blue ---------------------------------------------------- Table: 一个换行表的例子Name Income Job Color ------ -------- ------------------ ----- Jane 123456 Research Assistant red John 50 N/A blue William 3200 Cleaner blue Table: 一个简单表的例子可以用普通文本编辑器编写markdown格式的文件， 用pandoc转换为HTML或MS Word docx等格式。 因为pandoc需要UTF-8编码的输入文件， 所以应该把markdown文件保存为UTF-8格式， MS Windows下的Notepad++软件可以很容易地编辑文本文件 并在各种编码之间转换。
从pandoc网站下载并安装pandoc。 安装程序很奇怪地安装到了C:\Users\登录用户名\AppData\Local\Pandoc中， 请将此子目录复制到一个合适的位置， 比如C:\Pandoc。 如果把此路径加入到Windows系统的可执行文件搜索路径中 （在“控制面板-系统和安全-系统-高级系统设置-环境变量”中， 为系统变量的Path添加一个分号分开的路径C:\Pandoc即可以不用全路径访问 pandoc.exe可执行文件。为了用pandoc转化某个markdown文件， 首先在该文件所在子目录打开一个Windows命令行窗口， 在MS Win10系统中只要在文件管理器的“文件”菜单选择 “打开Windows PowerShell”即可。 比如，文件名是
test.md, 用如下pandoc命令可以转换为.docx文件(MS Word文件的新版本):C:\Pandoc\pandoc -o test.docx test.md用如下pandoc命令可以转换为.html文件:
C:\Pandoc\pandoc -s -o --mathjax test.html test.md如果把pandoc.exe加入了Windows操作系统的Path环境变量中， 上面的
C:\Pandoc\pandoc可以简写为pandoc。如果使用RStudio编辑markdown文件、Quarto或者R Markdown文件， 它会自动调用内置的pandoc程序。
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