@singwhatiwanna 大神讲的很详细，我来从执行和代码角度分析一下：通过查看AS IDE插件的源码 解释具体过程。

先说结论：点击Run按钮其实依次执行了3部分内容

1. 检查项目和读取基本配置
2. Gradle Build
3. Apk Install & LaunchActivity

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Android Studio 本质上其实还是 Intellij IDEA ，AS对IDEA扩展的代码放在： JetBrains/android 。打包进AS之后，代码位于：ANDROID_STUDIO/plugins/android/lib/android.jar。解压并反编译就可以看到源码。

点击Run按钮对于IDEA来说，其实是执行一个事先配置好的 [ Run/Debug Configuration ]，对于Android项目来说，往往是一个名为 [ Android App ] 的 Configuration。

按照IntellIJ SDK约定，一个Configuration的执行包括俩个过程：RunState 的创建 和 执行。

检查项目和读取基本配置

RunState的创建过程就对应开头所说的 过程1，完整代码请查看： AndroidRunConfigurationBase.java

如下图所示，基本上完成了对项目的检查，InstantRun相关配置，包括选择目的机器（没错，就是每次都会弹出来让你选择机器的模态对话框。。。）等过程。

Gradle Build

在RunState创建完成之后，IDEA允许你在执行之前，执行一些任务，比如一个Java项目在运行之前，你得编译。我们的Android项目也是类似，在安装和部署之前，你得编译打包。这个过程称之为：Before Launch。

Android Studio默认为我们提供 Gradle-aware Make 。这一块的代码在： MakeBeforeRunTaskProvider.java

如下图，本质上去执行了Gradle Tasks，在Debug环境下默认是assembleDebug, 如果用户更改了Build Variants也会相应变化。

（在Configuration页面你去修改Gradle-aware Make，改成任意Gradle任务，就可以去执行自己的Task啦...)

Apk Install & LaunchActivity

在构建完成之后，会回到RunState的执行阶段，这一阶段应该叫做部署 : InstantRun相关逻辑，版本判断，设备判断，输出日志，调用pm命令安装APK，唤起首屏等等。相应代码在 AndroidRunState.java 。

是不是比想象中要复杂？正如 @coxier 所说，通过命令行运行之所以有时候会快一点，是因为少了前后俩个步骤。另外，与这个问题相关的是点击同步Gradle Sync按钮实际上做了什么，其实只要去翻翻代码就瞬间明白了。

最后，官方的解释在这：

JetBrains/android