免疫表位数据库(IEDB)使用指南
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一. IEDB :
- 免疫表位数据库(IEDB)是由美国国立过敏与感染性疾病研究院(NIAID)资助的免费资源。 它记录了在传染病,过敏,自身免疫和移植背景下在人类,非人灵长类动物和其他动物物种中研究的抗体和T细胞表位的实验数据。 IEDB还提供有助于预测和分析表位的工具。
- IEDB使用:
- 检索已存在表位
- 预测新抗原表位
- 表位分析的工具
-
二.使用指南:
1.首页: http://www. iedb.org/
如图所示,首页除基本信息介绍外分为三个功能模块:
- 根据表位性质如是否线性、特定序列、间断序列、是否多肽、样本信息、MHC类型、宿主和相关疾病检索已入库的表位信息
- 预测新抗原表位,具体通过判断其与MHC结合能力、与MHC加工相关性、结合后免疫原性来实现
- 表位分析工具,可用来分析抗原表位在人群中的分布、之间的保守性以及相似性序列分析
2.对已知表位的检索结果筛选,选择需要的表位点击图中标记的漏斗图形进入详细信息界面
3.进入界面后得到该表位及其抗原、样本、受体、文献的信息
例:如在抗原这一栏,点击图中标记的图表图形,可得到抗原多肽序列应答频率的详细图表
4.表位的响应频率为高低边界的中位数,在表中还可以确定表位在多肽链上的位置信息