李云龙在1949年10月归队，中途遭遇土匪袭击。李云龙采用计谋消灭了这些土匪。回到部队后，他的主力C团（团长邢永生，参谋长董大海）在 金门战役 全团覆没，这使他加紧进行两栖登陆战和丛林作战的训练，还请来了2位苏联教官。期间他的妻子田雨怀孕，生下一个儿子。随后李云龙任 中国人民解放军福州军区 C军代理军长（因为军长生病，他代行军务）（政委孙泰安，参谋长田保华），因为申请入朝作战的要求被军区党委否决，他感到十分气闷，同时他做为农民出身的将领特有的短视、无知等缺点暴露了出来：他对岳父岳母妻子的“右倾”观点感到失望。随后他被调到 刘伯承 主办的 中国人民解放军军事学院 高级指挥系任学员，在课堂上他屡次顶撞教员，被院长 刘伯承 严厉批评，1955年初他去北京和 赵刚 相聚。同年他被授予少将军衔，获得二级 八一勋章 、二级 独立自由勋章 、一级 解放勋章 。1957年因为岳父岳母被错划为 右派 ，和妻子田雨发生了感情裂痕，同时组建了一支代号为“梁山”的特种兵分队，因为这支部队有108个人。

（ 段鹏 任 中校 分队长、林汉任 政治委员 、梁军任少校副分队长），1958年金门大炮战中，李云龙把这支部队派上 金门岛 ，和国民党 楚云飞 中将的部队发生了激烈战斗，最后双方各有损失，大炮战也变成了形式上的战斗。1960年，由于自然灾害和大跃进的严重失误，全国人民都在挨饿，李云龙开始反思党的错误。1966年元月，C军出现叛徒，李云龙遭到国防部长林彪等中央军事领导人的猛烈批评，他和福州军区司令员 皮定均 策划了作战行动，一举击落了台湾来犯飞机，除掉了叛徒。文化大革命期间，李云龙因坚决抵制两派造反组织冲击野战军机关的行为，并果断开枪镇压，被诬陷为 反革命 、大军阀，被隔离审查，他的特工队救出了李云龙但他还是让特工队把他送回家。

1968年，一代名将李云龙用楚云飞送给他的勃朗宁自杀而死，夜晚守备李云龙尸体的部队被 段鹏 、梁军、林汉3名特种队员偷袭，李云龙戴在身上的老将星和少将军衔被抢走。国民党金门驻防副司令官楚云飞沉痛哀悼了他的好朋友、老对手，高度赞扬了他在抗战期间的丰功伟绩。