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June 4th, 2019
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该协议描述了 ElectroMap 的设置和使用,这是一个基于 MATLAB 的开源软件平台,用于分析心脏光学映射数据。ElectroMap 提供了一个多功能的高通量工具,用于分析各种心脏实验模型的光学映射电压和钙数据集。
Transcript
多阵列和光学制图技术在心脏研究中的应用正在扩大。然而,目前缺乏的是用于分析电生理学数据的稳健、高通量开源软件。这就是为什么我们开发了名为"ElectroMap"的新软件,以帮助研究人员进行分析。
ElectroMap 采用了新的和已建立的方法来分析心脏映射数据,这些数据可以使用多个不同的摄像机、多种不同的荧光染料和不同的采集模式(包括光学映射和多电极阵列系统)从任何物种获取。除了测量标准 AP 参数(如动作电位持续时间、导电测定和形态)外,ElectroMap 还能够分析和量化活动。首先从最新的源代码版本 ElectroMap 从 GitHub 存储库下载所有文件。
将下载的内容解压缩到所需位置。打开 MATLAB 并导航到托管 ElectroMap 源代码的文件夹位置。然后打开文件电图。
m 和按编辑器中的运行以启动 ElectroMap 用户界面。接下来,要加载图像,请按选择文件夹并导航到要分析的数据文件的位置。选择要从接口中加载的文件,然后按加载图像。
加载后,将出现第一帧,红色轮廓将指示图像的自动阈值。如果需要,通过更改图像中用于阈值下拉菜单的选项,根据信号时间路线振幅修改此阈值。请注意,选择阈值后,将应用于整个图像堆栈。
如果需要,请将阈值选项更改为手动选项,该选项将激活滑块以手动调整图像阈值。此外,通过选择阈值选项以下的适当勾选框,选择感兴趣的自定义区域进行分析。请注意,从顶部菜单的 ROI 选择中可以获得感兴趣区域选择的高级选项,例如区域数。
应用适当的阈值后,按进程图像以应用处理。此时,请确保为帧速率和千赫以及像素大小(以千分尺)和信号处理选项(如窗口时间帧、空间和时间滤波)输入正确的摄像机设置。处理文件后,检查组织平均信号中由红色圆圈标记的峰值。
根据检测到的峰值对信号进行分段。按段信号。如果需要,通过放大感兴趣的时间并选择分段信号来应用信号的自定义分段。
处理图像后,生成映射按钮将变为活动状态。按生成图以应用动作电位持续时间、激活时间、传导速度和信噪比分析。从列表框中选择所需的段,以将分析应用于每个段。
接下来,选择获取像素信息以查看图像中任何像素的信号的详细显示,并将像素进行比较以同时绘制来自多达六个位置的信号。要获得对传导速度的更详细的分析,请按压传导。然后按单个向量,使用单向量法分析传导,其中梯度矢量是根据两点之间的延迟灭活时间计算的。
最后,按局部矢量以应用多向量方法,其设置与主接口中的设置相匹配。按激活曲线绘制作为时间函数激活的组织百分比。要使用 ElectroMap 量化其他参数,请从显示地图上方的下拉菜单中选择其他所需分析之一。
按单个文件分析打开专用模块,实现高吞吐量持续时间,并分析文件中每个已识别段的传导分析。对整个图像或所选区域或兴趣点执行分析。要从 ElectroMap 导出数据,请按导出值,以在主用户界面中保存当前显示的地图的值。
然后按导出地图,弹出一个包含当前显示的地图的弹出窗口,然后可以以各种图像格式保存。如果需要,通过选择颜色条图标添加颜色条。通过选择"编辑"然后选择颜色图来设置比例。
最后,按激活视频渲染激活序列的动画,该动画可以保存为动画 GIF 文件。这表明与使用先前报告的电压敏感染料记录的豚鼠心室相比,鼠皮动物的行动潜力形态。尽管动作潜力的形状不同,并且使用两个具有不同帧速率和像素大小的独立光学映射摄像机,但 ElectroMap 可以通过选择适当的参数成功分析两个数据集。
应用合奏平均代替其他方法可以改善SNR从孤立的穆林左阿里亚。起搏频率从3赫兹到10赫兹的变化并没有改变APD时,没有进行合奏平均,但观察到APD在10赫兹起搏时,从合奏平均数据测量。此外,鼠标左 atria 以 120 毫秒周期长度的步长运行,循环长度逐渐缩短 10 毫秒,直到达到 50 毫秒。
ElectroMap 可自动识别起搏周期长度,并相应地对组织平均峰值进行分组。APD 和舒张间隔缩短。光学测量峰值的振幅减少,而峰值时间增加。
该协议演示了如何在 ElectroMap 中安装和设置设置,以便快速分析动作潜在持续时间、传导速度、峰峰值变异性,以及如何组合平均值以提高信噪比。我们希望,这种免费软件的发布将有助于研究人员的分析需求,并导致心脏研究的一些重大发现。我们将继续构建我们开发的任何算法,并鼓励其他人帮助我们进一步扩展 ElectroMap 功能。
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