串行及OpenMP程序编译及运行 ¶

在本超算系统上可运行C/C++、Fortran的串行程序，以及与OpenMP和MPI结合的并行程序。编译程序时，用户只需在登录节点(login01、login02)上以相应的编译命令和选项进行编译即可（用户不应到其余节点上进行编译，以免影响系统效率。其它节点一般只设置了运行作业所需要的库路径等，未必设置了编译环境）。当前安装的编译环境主要为：

C/C++、Fortran编译器：Intel、PGI [ 1 ] 和GNU编译器，支持OpenMP并行。

MPI并行环境：HPC-X、Open MPI和Intel MPI并行环境。

安装目录为 /opt 等，系统设置采用module进行管理（参见 [module] ），用户可以采用下述方式之一等需设置自己所需的编译环境运行，如：

module load intel/2020

在中设置（设置完成后需要 source ~/.bashrc 或重新登录以便设置生效）：

. /opt/intel/2020/bin/compilervars.sh intel64
注意：在中设置的级别有可能要高于使用module load设置的，可以运行icc -v或which icc等命令查看实际使用的编译环境。
建议采用对一般程序来说性能较好的Intel编译器，用户也可以选择适合自己程序的编译器，以取得更好的性能。
本部分主要介绍串行C/C++
Fortran源程序和OpenMP并行程序的编译，MPI并行程序的编译将在后面介绍。
串行C/C++程序的编译¶
C/C++输入输出文件后缀与类型的关系¶
编译器默认将按照输入文件的后缀判断文件类型，见下表。
输入文件后缀与类型的关系¶
filename.c
filename.C
filename.CC
传给编译器
filename.cc
filename.cpp
filename.cxx
C++源文件
传给编译器
filename.a
filename.so
静态链接库文件
动态链接库文件
传递给链接器
filename.i
已预处理的文件
传递给标准输出
filename.o
传递给链接器
filename.s
传递给汇编器
将Fortran 77程序yourprog.for编译为可执行文件yourprog：
gcc 4.x系列：gfortran -o yourprog yourprog.for
gcc 3.x系列：g77 -o yourprog yourprog.for
将Fortran 90程序yourprog.f90编译为可执行文件yourprog：
gfortran -o yourprog yourprog.f90
将Fortran程序yourprog.f90编译为对象文件yourprog.o而不是可执行文件：
gfortran -c yourprog.f90
将Fortran程序yourprog.f90编译为汇编文件yourprog.s而不是可执行文件：
gfortran -S yourprog.f90
生成带有调试信息的可执行文件以用于调试：
gfortran -g yourprog.f90 -o yourprog
指定头文件路径编译：
gfortran -I/alt/include -o yourprog yourprog.f90
指定库文件路径及库名编译：
gfortran -L/alt/lib -lxyz -o yourprog yourprog.f90
OpenMP程序的编译¶
Intel、PGI和GNU编译器都支持OpenMP并行，只需利用相关编译命令结合必要的OpenMP编译选项编译即可。对应此三种编译器的OpenMP编译选项：
Intel编译器：-qopenmp（2015及之后版）
PGI编译器：-mp
GNU编译器：-fopenmp
采用这三种编译器的OpenMP源程序编译例子如下：
Intel编译器：
将C程序yourprog-omp.c编译为可执行文件yourprog-omp：
icc -qopenmp -o yourprog-omp yourprog.c
将Fortran 90程序yourprog-omp.f90编译为可执行文件yourprog-omp：
ifort -qopenmp -o yourprog-omp yourprog.f90
OpenMP程序的运行¶
OpenMP程序的运行一般是通过在运行前设置环境变量OMP_NUM_THREADS来控制线程数，比如在BASH中利用export OMP_NUM_THREADS=40设置使用40个线程运行。
注意，本系统为节点内共享内存节点间分布式内存的架构，因此只能在一个节点上的CPU之间运行同一个OpenMP程序作业，在提交作业时需要使用相应选项以保证在同一个节点运行。
[1]
目前尚未配置，等以后配置上