如何固定VTK的addPoint循环(Python)

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当我开始用VTK为一些数据可视化建立一些基本的三维可视化的绘图方法时，我遇到了以下问题。

我的数据集通常大小为200e6-1000e6个数据点（传感器值）及其相应的坐标、点（X、Y、Z）。我的可视化方法运行良好，但至少有一个瓶颈。除了代码的其他部分，有2个for循环的schown例子是整个方法中最耗时的部分。

我对通过foor循环向VTK对象添加坐标（点，numpy(n,3)）和传感器值（强度，numpy(n,1)）感到不满意。

特殊代码的例子。

    vtkpoints = vtk.vtkPoints()                                                     # https://vtk.org/doc/nightly/html/classvtkPoints.html
    vtkpoints.SetNumberOfPoints(self.points.shape[0])
    # Bottleneck - Faster way?
    self.start = time.time()
    for i in range(self.points.shape[0]):
        vtkpoints.SetPoint(i, self.points[i])
    self.vtkpoly = vtk.vtkPolyData()                                                # https://vtk.org/doc/nightly/html/classvtkPolyData.html
    self.vtkpoly.SetPoints(vtkpoints)
    self.elapsed_time_normal = (time.time() - self.start) 
    print(f" AddPoints took : {self.elapsed_time_normal}")
    # Bottleneck - Faster way?
    vtkcells = vtk.vtkCellArray()                                                   # https://vtk.org/doc/nightly/html/classvtkCellArray.html
    self.start = time.time()
    for i in range(self.points.shape[0]):
        vtkcells.InsertNextCell(1)
        vtkcells.InsertCellPoint(i)
    map(vtkcells.InsertNextCell(1),self.points)
    self.elapsed_time_normal = (time.time() - self.start) 
    print(f" AddCells took : {self.elapsed_time_normal}")
    # Inserts Cells to vtkpoly 
    self.vtkpoly.SetVerts(vtkcells)
Times:
Convert DataFrame took: 6.499739646911621
AddPoints took : 58.41245102882385b
AddCells took : 48.29743027687073
LookUpTable took : 0.7522616386413574
所有的输入数据都是int类型的，基本是通过numpy_to_vtk方法将Dataframe转换为vtknumpy对象。
我很高兴，如果有人有办法加快这个速度。


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         个评论


           
            Mathieu Westphal
           
           ：


           
            vtkPoints::SetData和vtkCellArray::SetCells应该可以做到这一点。但不确定如何在Python中使用它们。


           
            嘿，@MathieuWestphal，vtkPoints.SetData(numpy_to_vtk(point))比我的第一个for循环快了很多，非常感谢！但是，当我尝试对单元格进行处理时，vtkcells = vtk.vtkCellArray()，vtkcells.SetCells(point.shape[0], cells)。然而，当我试图对单元格进行处理时，vtkcells = vtk.vtkCellArray()和vtkcells.SetCells(point.shape[0], cells_test)在我调用vtk.vtkPolyData.GetBounds()来处理多维数据的边界时失败了。也许我在做vtkcells.SetCells(point.shape[0], cells_test)时遗漏了什么，即使我在应用这个方法后没有直接得到任何错误。最好的建议


           
            Mathieu Westphal
           
           ：


           
            我想，ComputeBounds需要手动调用。


           
            我手动计算了边界，似乎还行。但是当我开始使用渲染器时（比如resetcamera）或者启动renderWindow.Render()时，就会出现异常。Windows致命的异常：访问违规--当前线程0x000043f8（最近一次调用在先）......。似乎我在通过SetCells(point.shape[0], numpy_to_vtkIdTypeArray(cell_test))添加单元时做错了。cells_test看起来像这样（numberofcells, [ 3,1x,1y,1z, ..., 3, Nx, Ny, Nz]）。暂时没办法了，有什么建议吗？BR


           
            Mathieu Westphal
           
           ：


           
            不知道，我需要测试一下。你可以在那里问。
            
             discourse.vtk.org


         python


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vtk


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           对于第一个Loop，@Mathieu Westphal给了我一个不错的解决方案。
          
          vtkpoints = vtk.vtkPoints()                                                  
vtkpoints.SetData(numpy_to_vtk(self.points))
self.vtkpoly = vtk.vtkPolyData()                                             
self.vtkpoly.SetPoints(vtkpoints)
新的加分时间。
AddPoints took :  0.03202845573425293
对于第二个循环，我花了一点时间来找到这个解决方案，但在vtk社区的一些提示下，我也得到了它的运行。下面是我用来设置vtkpoly的Verts的代码。
vtkcells = vtk.vtkCellArray()
cells_array_init = np.arange(len(self.points)).reshape(len(self.points),1)
cells_array_set = np.repeat(cells_array_init, repeats=3, axis=1)
cells_npy = np.column_stack([np.full(len(self.points), 3, dtype=np.int64), cells_array_set.astype(np.int64)]).ravel()
vtkcells.SetCells(len(self.points), numpy_to_vtkIdTypeArray(cells_npy) 
# Inserts Cells to vtkpoly 
self.vtkpoly.SetVerts(vtkcells)
增加细胞/Verts的新时间。
AddCells took :  2.73202845573425293